“科尔沁”系蒙古语译音，意为“带弓箭的卫队”。清顺治七年（1650）设科尔沁左翼后旗，简称“科左后旗”。咸丰五年（1855）僧格林沁晋升为亲王，赐“博多勒噶台”号，又称博多勒噶台亲王旗，简称“博王旗”。中华民国时期，先后划入奉天省，辽北省。1947年划入内蒙古自治区。1969～1979年曾属吉林省辖。
1996年?，科尔沁左翼后旗面积11533平方千米，人口37.8万人，其中蒙古族占70%。辖5镇26苏木3乡：甘旗卡镇、吉尔嘎朗镇、金宝屯镇、伊胡塔镇、常胜镇、哈日乌苏苏木、满斗苏木、潮海苏木、散都苏木、胡勒顺淖尔苏木、海斯改苏木、浩坦苏木、海鲁吐苏木、乌顺艾勒苏木、公河来苏木、巴雅斯古愣苏木、查日苏苏木、巴彦茫哈苏木、阿古拉苏木、努古斯台苏木、额莫勒苏木、阿都沁苏木、茂道吐苏木、花灯苏木、沙日塔拉苏木、哈日额日格苏木、乌兰敖道苏木、朝鲁吐苏木、巴彦毛都苏木、布敦哈日根苏木、巴嘎塔拉苏木、向阳乡、双胜乡、铁牛乡。
2000年第五次人口普查，科尔沁左翼后旗总人口387577人，其中：甘旗卡镇50343人，盒宝屯镇23015人，吉尔嘎朗镇19371人，常胜镇9527人，伊胡塔镇10749人，查日苏镇14465人，散都镇8015人，哈日乌苏苏木4375人，满斗苏木7211人，潮海苏木4762人，铁牛乡9059人，胡勒顺淖尔苏木8326人，海斯改苏木9956人，乌顺艾里苏木6328人，公河来苏木10990人，浩坦苏木18137人，巴雅斯古楞苏木9372人，阿古拉苏木10367人，向阳乡21675人，双胜乡19660人，巴彦茫哈苏木5887人，布敦哈日根苏木8987人，巴嘎塔拉苏木6751人，努古斯台苏木6555人，花灯苏木5372人，额奠勒苏木10621人，阿都沁苏木7453人，茂道吐苏木8593人，乌兰敖道苏木5786人，朝鲁吐苏木6098人，巴彦毛都苏木6920人，沙日塔拉苏木5627人，海力吐苏木8272人，哈日额日格苏木6689人，胜利农场7538人，孟根达坝牧场2027人，查金台牧场2698人。
2000年，撤销哈拉勿苏、满斗、潮海3个苏木，并入甘旗卡镇；撤销铁牛乡、胡勒顺淖尔苏木，并入常胜镇；撤销乌顺艾里苏木，并入吉尔嘎朗镇；撤销布敦哈拉根苏木，并入金宝屯镇；撤销海力吐苏木、巴彦茫哈苏木，合并设立海力吐镇；撤销阿古拉苏木、哈日格苏木，合并设立阿古拉镇；撤销努古斯台苏木、花灯苏木，合并设立努古斯台镇；撤销朝鲁吐苏木、沙日塔拉苏木，合并设立朝鲁吐镇。
2000年末，科左后旗总人口103345户389474人，其中蒙古族279011人，占全旗总人口的71.6%。2001年，科左后旗总面积11576.4平方千米，总人口389920人，其中蒙古族人口占全旗总人口的72.6%。
2005年，科尔沁左翼后旗辖12个镇、10个苏木、2个乡：甘旗卡镇、金宝屯镇、吉尔嘎朗镇、常胜镇、伊胡塔镇、查日苏镇、散都镇、阿古拉镇、努古斯台镇、朝鲁吐镇、海鲁吐镇、胜利镇、海斯改苏木、公河来苏木、浩坦苏木、巴雅斯古楞苏木、向阳乡、双胜乡、巴嘎塔拉苏木、额莫勒苏木、阿都沁苏木、茂道吐苏木、乌兰敖道苏木、巴彦毛都苏木。
2006年，撤销伊胡塔镇、海斯改苏木，并入甘旗卡镇；撤销散都镇、公河来苏木，并入常胜镇；撤销巴嘎塔拉苏木，并入努古斯台镇；撤销巴彦毛都苏木，并入朝鲁吐镇；撤销巴雅斯古楞苏木，并入海鲁吐镇；撤销额莫勒苏木，并入阿都沁苏木；撤销乌兰敖道苏木，并入茂道吐苏木；撤销浩坦苏木，并入查日苏镇；撤销双胜乡、向阳乡、胜利镇，合并设立双胜镇。调整后，全旗辖10个镇、2个苏木：甘旗卡镇、吉尔嘎朗镇、金宝屯镇、常胜镇、查日苏镇、双胜镇、阿古拉镇、朝鲁吐镇、努古斯台镇、海鲁吐镇、阿都沁苏木、茂道吐苏木。
2006年末，全旗总面积11543.13平方千米。辖10个镇、2个苏木、12个国营农牧林渔场，262个嘎查村。总人口398149人，其中，蒙古族290793人，占人口总数的73%，其他少数民族2314人，占人口总数的0.58%。
2009年末，全旗总面积11570平方千米。总人口40.65万人。其中，蒙古族人口30.08万人，汉族人口9.84万人，满族人口0.62万人，回族0.07万人。辖10个镇、2个苏木、12个国营农牧林渔场、1个街道办事处，10个社区、15个居委会、262个嘎查村、21个分场。
2012年，设立巴胡塔苏木、散都苏木、巴彦毛都苏。调整后，全旗辖10个镇、5个苏木：甘旗卡镇、吉尔嘎朗镇、金宝屯镇、常胜镇、查日苏镇、双胜镇、阿古拉镇、朝鲁吐镇、努古斯台镇、海鲁吐镇、阿都沁苏木、茂道吐苏木、巴胡塔苏木、散都苏木、巴彦毛都苏木。