汉初是匈奴牧地，汉武帝时属朔方郡，清为阿拉善旗地。1929年设磴口县，因磴口镇得名。1964年曾更名巴彦高勒市。
1996年?，磴口县面积4167平方千米，人口10.9万人，其中蒙古族占3%。辖2镇3苏木6乡：巴彦高勒镇、隆盛合镇、哈腾套海苏木、沙金套海苏木、小官井苏木、渡口乡、坝塄乡、补隆淖尔乡、协城乡、粮台乡、公地乡。县政府驻巴彦高勒镇。
2000年第五次人口普查，磴口县总人口117561人，其中（4个镇、4个乡、3个苏木）：巴彦高勒镇44124人，补隆淖镇4557人，协成镇4605人，隆盛合镇7935人，粮台乡8348人，坝楞乡3044人，渡口乡11268人，公地乡4679人，沙金套海苏木2830人，哈腾套海苏木3662人，小官井苏木3321人，乌兰布和农场4133人，巴彦套海农场2345人，哈腾套海农场4437人，包尔盖农场3605人，纳林套海农场2893人，沙漠林业实验中心1775人。
2000年末，磴口县总面积4166.6平方千米。总人口111344人，其中城镇44417人，农业19962人，牧区9177人，国营农场16635人；汉族占总人口的91.6%，蒙古族5003人，回族4485人。辖4个镇、4个乡、3个苏木，48个村（嘎查）、5个办事处，240个村民小组(独贵龙)、14个居委会。有5个国营农场和1个林科院沙漠林业中心。
2001年，全县辖4个镇、2个乡、2个苏木：巴彦高勒镇、补隆淖尔镇、协城镇、隆盛合镇、渡口乡、公地乡、沙金套海苏木、哈腾套海苏木。
2006年末，全县总面积4166.6平方千米。总人口12.38万人，其中：农牧业人口6.88万人，非农业人口5.5万人；蒙古族占总人口的3.63%，汉族占91%。辖3个镇、1个苏木，5个街道办事处，45个嘎查（村）、23个居委会，250个独贵龙（村民小组）；5个市属国营农场和2个林科院沙漠森林实验分场。
2009年末，全县总面积4166.6平方千米。户籍总人口12.45万人，其中：少数民族11230人（蒙古族5154人，回族5378人）；非农业人口5.5万人，农业人口6.95万人。辖3个镇、1个苏木、1个乡级办事处，46个行政村（嘎查），253个村民小组（独贵龙）；5个市属国有农场和2个林科院沙漠林业实验分场。
2012年，恢复补隆淖镇。调整后，全县辖4个镇、1个苏木：巴彦高勒镇、隆盛合镇、渡口镇、补隆淖镇、沙金套海苏木。