扎赉特，系蒙古语，为古代蒙古族部落的名称。据《满洲地名考》：“扎赉”为洼地之意。清初，分蒙古科尔沁部部分区域为扎赉特部，亦即扎赉特旗，旗府驻音德尔镇，隶属哲里木盟。光绪二十八年（1902年），设扎赉特荒务行局，并相继出放莫勒红岗子街基。光绪三十年十二月（1905年1月），于嫩江右岸设置大赉厅，驻莫勒红岗子（今大赉镇）。
民国成立后，隶属黑龙江省管辖。东北沦陷后，初隶黑龙江省，后划归兴安南分省。1946年6月，隶属兴安省纳文慕仁盟。1949年改隶内蒙古自治区兴安盟。1953年4月，隶属内蒙古自治区东部行政公署。1954年5月，隶属呼伦贝尔盟。1969年7月，随同呼伦贝尔盟一并划归黑龙江省管辖。1979年7月，划归内蒙古自治区管辖，初隶呼伦贝尔盟，1980年1月改隶兴安盟。
1996年?，扎赉特旗辖4个镇、9个苏木、8个乡：音德尔镇、新林镇、巴彦高勒镇、胡尔勒镇、图牧吉苏木、巴达尔胡苏木、巴彦乌兰苏木、阿尔本格勒苏木、绰勒苏木、宝力根花苏木、阿拉达尔吐苏木、阿拉坦花苏木、都尔本新苏木、巴彦扎拉嘎乡、二龙山乡、好力保乡、小城子乡、五家户乡、巴岱乡、努文木仁乡、罕达罕乡。
1999年?，撤销阿尔本格勒苏木、巴达尔胡苏木、绰勒苏木、图牧吉苏木，设立阿尔本格勒镇、巴达尔胡镇、绰勒镇、图牧吉镇。调整后，扎赉特旗辖8个镇、8个乡、5个苏木。
2000年第五次人口普查，扎赉特旗总人口392979人，其中：音德尔镇64977人，新林镇16299人，巴彦高勒镇28257人，胡尔勒镇14180人，阿尔本格勒镇17919人，巴达尔胡镇18805人，绰勒镇12006人，图牧吉镇14324人，五家户乡16869人，巴岱乡16413人，好力保乡16091人，都尔本新苏木4316人，努文木仁乡6732人，小城子乡16101人，二龙山乡20758人，宝力根花苏木12339人，巴彦扎拉嘎乡19256人，罕达罕乡16609人，阿拉坦花苏木6640人，阿拉达尔吐苏木10834人，巴彦乌兰苏木18149人，图牧吉劳管所3470人，保安沼监狱3501人，乌兰监狱3344人，乌塔其监狱6144人，扎旗种畜场2740人，八一牧场3286人，巴达尔胡农场2620人。
2001年调整后，全旗辖8个镇、8个乡、3个苏木：音德尔镇、新林镇、巴彦高勒镇、胡尔勒镇、阿尔本格勒镇、巴达尔胡镇、绰勒镇、图牧吉镇、五家户乡、巴岱乡、好力保乡、努文木仁乡、小城子乡、二龙山乡、宝力根花苏木、巴彦扎拉嘎乡、罕达罕乡、阿拉达尔吐苏木、巴彦乌兰苏木。
2006年，全旗总面积11155平方千米。总人口39.3万人，其中蒙古族人口15.8万人；农业人口31.8万人。人口密度35.2人/平方千米。辖7个镇（含10个乡级工作部）、1个苏木、1个乡和1个乡级国营种畜场，194个嘎查村，705个自然屯。
2009年末，全旗总面积11155平方千米。常住人口399289人，其中蒙古族16.5万人；城镇人口80259人，乡村人口319030人。辖7个镇、1个苏木、1个乡、10个乡级工作部和1个乡级国营种畜场，194个嘎查村，705个自然屯。
2011年，恢复宝力根花苏木、阿拉达尔吐苏木、巴彦扎拉嘎乡、努文牧仁乡。调整后，全旗辖7个镇、3个乡、3个苏木：音德尔镇、新林镇、巴彦高勒镇、胡尔勒镇、阿尔本格勒镇、巴达尔胡镇、图牧吉镇、好力保乡、巴彦乌兰苏木、宝力根花苏木、阿拉达尔吐苏木、巴彦扎拉嘎乡、努文牧仁乡。