今阿拉善右旗，古为禹贡雍之域，春秋时属秦，秦始皇时置北地郡，汉时属北地、武威、张掖三郡，晋为前凉、后凉、北凉所据，唐属河西节度使，宋景德中入于西夏，元隶甘肃行中书省，明永乐初为西部反剌地区，清康熙时和硕特部迁之。清王朝将阿拉善和硕特部按内蒙古49旗之例，编为阿拉善和硕特旗，阿拉善旗由此始建，驻定远营（今巴彦浩特）。清代直属理藩院，中华民国时属蒙藏委员会管辖。
1949年9月23日，阿拉善旗和平解放，阿拉善和硕特旗人民政府成立，归宁夏省管辖。1954年4月改名为宁夏省蒙古自治区，同年9月，宁夏省建制撤销，合并于甘肃省，改称甘肃省蒙古自治州。1955年，改称甘肃省巴彦浩特蒙族自治州。1956年4月，巴彦淖尔盟成立，下辖阿拉善旗、额济纳旗、磴口县和巴彦浩特市，归内蒙古自治区管辖。1960年8月，中共阿拉善旗西部地区工作委员会成立，筹建阿拉善右旗，由巴彦淖尔盟、阿拉善旗双重领导。
1961年4月22日，国务院全体会议第110次会议通过《关于设立阿拉善左旗和阿拉善右旗，撤销阿拉善旗的决定》；同年5月25日，中共阿拉善旗西部地区工作委员会撤销，建立阿拉善右旗，驻呼和达布苏（今雅布赖盐场旧址），属巴彦淖尔盟管辖。1965年9月，旗址迁至额肯呼都格。1969年7月，划归甘肃省武威地区管辖。1979年7月，划归内蒙古自治区巴彦淖尔盟管辖。1980年4月，阿拉善盟成立，阿拉善右旗归阿拉善盟管辖至今。
1996年，阿拉善右旗面积7.3万平方千米，人口2.4万人，其中蒙古族占49.1%。辖2个镇、11个苏木：额肯呼都格镇、雅布赖镇、莎日台苏木、巴音温都日苏木、孟根布拉格苏木、努日盖苏木、额日布盖苏木、阿拉腾朝格苏木、树贵苏木、阿拉腾敖包苏木、笋布日苏木、塔木素格布拉格苏木、雅布赖苏木。旗政府驻额肯呼都格镇。
1999年，撤销巴音温都日苏木，并入额肯呼都格镇；撤销雅布赖苏木、莎日台苏木，并入雅布赖镇；撤销笋布日苏木（固日班图拉嘎嘎查划归阿拉腾敖包苏木管辖除外）、树贵苏木，并入塔木素格布拉格苏木。调整后，阿拉善右旗辖2个镇、6个苏木。
2000年第五次人口普查，阿拉善右旗总人口25281人，其中，额肯呼都格镇13947人，雅布赖镇4294人，额日布盖苏木755人，阿拉腾朝格苏木574人，努日盖苏木752人，孟根布拉格苏木1582人，阿拉腾敖包苏木1528人，塔木素格布拉格苏木1849人。
2001年，撤销塔木素格布拉格苏木，设立塔木素格布拉格镇；将孟根布拉格苏木的浩木肯高勒嘎查划出设立曼德拉苏木。调整后，阿拉善右旗辖3个镇、6个苏木：额肯呼都格镇、雅布赖镇、塔木素格布格镇、额日布盖苏木、阿拉腾朝克苏木、努日盖苏木、孟根布拉格苏木、阿拉腾敖包苏木、曼德拉苏木。
2006年，阿右旗将原有的9个苏木镇调整撤并为5个。其中，撤销额日布盖苏木整建制并入额肯呼都格镇；撤销塔木素格布拉格镇整建制并入阿拉腾敖包苏木（改为阿拉腾敖包镇）；撤销曼德拉苏木整建制并入孟根布拉格苏木；撤销努日布盖苏木整建制并入阿拉腾朝格苏木；保留雅布赖镇。调整撤并后，阿右旗苏木镇行政区划结构为镇建制3个，苏木建制2个，即额肯呼都格镇、雅布赖镇、阿拉腾敖包镇和孟根布拉格苏木（曼德拉苏木）、阿拉腾朝克苏木。
2009年末，阿拉善右旗总面积73443平方千米，总人口24577人，其中非农业人口15372人，少数民族7928人，辖3个镇（额肯呼都格、雅布赖、阿拉腾敖包）、2个苏木（曼德拉、阿拉腾朝格）、1个管委会（巴彦高勒），39个嘎查，9个居委会。（内蒙古年鉴数据）
2011年5月24日，根据内政字[2011]143号《内蒙古自治区人民政府关于阿拉善右旗额肯呼都格镇更名为巴丹吉林镇的批复》，额肯呼都格镇更名为巴丹吉林镇。2012年1月，从阿拉腾敖包镇、巴丹吉林镇划出部分区域设立塔木素布拉格苏木、巴彦高勒苏木（内政字〔2012〕31号）。调整后，全旗辖3个镇、4个苏木：巴丹吉林镇、雅布赖镇、阿拉腾敖包镇、曼德拉苏木、阿拉腾朝克苏木、巴音高勒苏木、塔木素布拉格苏木。旗政府驻巴丹吉林镇。