“额济纳”系西夏语，意为“黑水”。1753年始设额济纳土尔扈特旗，直属清理藩院。1949年改额济纳旗。
1996年，额济纳旗面积11.5万平方千米，人口1.6万人，其中蒙古族占32.5%。辖1个镇、7个苏木：达来呼布镇、赛汉陶来苏木、马鬃山苏木、温图高勒苏木、苏泊淖尔苏木、古日乃苏木、吉日嘎郎图苏木、巴彦宝格德苏木。旗政府驻达来呼布镇。
2000年第五次人口普查，额济纳旗总人口22326人，其中，达来呼布镇11278人，赛汉陶来苏木1237人，苏泊淖尔苏木877人，吉日嘎郎图苏木1466人，巴彦宝格德苏木619人，温图高勒苏木381人，古日乃苏木436人，马鬃山苏木447人，东风场区5585人。
2001年，撤销吉日嘎郎图苏木，并入达来呼布镇。2005年1月设立东风镇。
2006年，额旗将原有的8个苏木镇调整为5个苏木镇，撤销合并苏木镇3个。其中，将温图高勒苏木并入达来呼布镇；撤销古日乃苏木和巴彦宝格德苏木并入新建的东风镇。此外，原苏泊淖尔苏木、赛汉桃来苏木、马鬃山苏木保留，行政区域不变。
2009年末，额济纳旗总面积11.46万平方千米，总人口17108人，其中非农业人口11738人，农业人口5370人；汉族11312人，蒙古族5512人，回族141人，满族56人，其他少数民族87人。辖2个镇、3个苏木、1个农牧业产业化示范园区（下设8个农业生产队），13个嘎查、5个居委会。（内蒙古年鉴数据）
2009年，自治区民政厅《关于阿拉善盟额济纳旗设置哈日布日格德音乌拉（黑鹰山）镇的批复》（内民政批[2009]105号）同意将马鬃山苏木的乌兰乌拉嘎查从马鬃山苏木分离出来，设置哈日布日格德音乌拉（黑鹰山）镇。2012年初，从达来呼布镇划出部分区域设立巴彦陶来苏木、温图高勒苏木。至此，全旗辖3个镇、5个苏木：达来呼布镇、东风镇、哈日布日格德音乌拉（黑鹰山）镇、赛汉陶来苏木、马鬃山苏木、苏泊淖尔苏木、巴彦陶来苏木、温图高勒苏木。
全旗现辖2个街道、3个镇、6个苏木：航空街道、东风街道、达来呼布镇、东风镇、哈日布日格德音乌拉镇、赛汉陶来苏木、马鬃山苏木、苏泊淖尔苏木、巴彦陶来苏木、温图高勒苏木、巴音陶海苏木。