“商都”系满语，意为“水漩”。清初属察哈尔部镶黄旗牧地。1917年设商都招垦局，1918年建商都县。1958～1961年曾撤销，1962年由河北省改隶内蒙古自治区。
1996年?，商都县面积4353平方千米，人口33.8万人，其中蒙古族占1%。辖1个镇、21个乡：城关镇、西坊子乡、十大顷乡、三虎地乡、大南坊子乡、小海子乡、屯垦队乡、二道洼乡、大库伦乡、三面井乡、玻璃忽镜乡、卯都乡、范家村乡、十八顷乡、高勿素乡、四台坊子乡、大黑沙土乡、大拉子乡、西井子乡、八股地乡、格化司台乡、章毛勿素乡。县政府驻城关镇。
2000年第五次人口普查，商都县总人口276156人，其中：城关镇48336人，十八顷镇15646人，西坊子乡14698人，三虎地乡4248人，大拉子乡12729人，西井子乡13033人，大南坊子乡10874人，屯垦队乡13722人，二道洼乡9653人，格化司台乡9881人，大库伦乡6755人，章毛勿素乡4986人，八股地乡5601人，卯都乡14165人，玻璃忽镜乡16290人，三面井乡6915人，小海子乡12591人，高勿素乡17999人，范家村乡6202人，四台坊子乡10191人，大黑沙土乡18086人，十大顷乡3555人。
2000年，全县总面积4353平方千米，总人口9.5万户34.7万人，其中农业人口24万人。辖2个镇、20个乡，216个行政村，717个自然村。
2001年撤乡并镇，将22个乡镇合并为6个镇、9个乡：商都镇、十八顷镇、小海子镇、大黑沙土镇、屯垦队镇、西井子镇、三虎地乡、西坊子乡、大南坊子乡、三面井乡、玻璃忽镜乡、格化司台乡、大库伦乡、大拉子乡、卯都乡。共有216个行政村，717个村民小组。全县总面积4353平方千米，总人口341851人，其中常住人口239886人。
2006年，撤销商都镇、三虎地乡、西坊子乡，合并设立七台镇；撤销大拉子乡、格化司台乡，将大拉子乡原管辖的行政区域整建制和格化司台乡的6个村（元宝山、大西沟、七号地、芦草沟、牌楼、新建）并入西井子镇；撤销大南坊子乡，并入屯垦队镇；将格化司台乡的7个村（三喇嘛营子、一卜树、赛书记、章毛乌素、太平堡、南沟子、郭明）并入大库伦乡（划入卯都乡的1个村除外）；撤销三面井乡，并入玻璃忽镜乡；将大库伦乡的泉子沟村并入卯都乡。
2009年末，全县总面积4353平方千米。总人口350052人。辖6镇3乡，211个行政村、18个社区，717个村民小组。
2012年设立三大顷乡。调整后，全县辖6个镇、4个乡：七台镇、十八顷镇、大黑沙土镇、西井子镇、屯垦队镇、小海子镇、大库伦乡、卯都乡、玻璃忽镜乡、三大顷乡。