县因卓资山得名，原名桌子山，因山顶平如桌面，故名。清属察哈尔正红旗、镶红旗牧地。清乾隆后期汉族属宁远、丰镇两厅，蒙族属正红、镶红、镶蓝旗（旗厅并存）。
1945年12月28日，中国共产党领导的绥蒙政府决定在此建置，由凉城、丰镇、陶林、集宁县部分区域析置。因解放卓资山的战斗为贺龙元帅亲自指挥，而命名为龙胜县。隶属绥远省集宁专署。“旗县并存，蒙汉分治”。1952年5月1日，龙胜县改称卓资县。
1996年?年，卓资县面积3119平方千米，人口23.9万人，其中蒙古族占9%。辖2个镇、18个乡：卓资山镇、旗下营镇、十八台乡、八苏木乡、三道营乡、大榆树乡、马盖图乡、六苏木乡、东河子乡、白银厂汉乡、印堂子乡、后房子乡、羊圈湾乡、红召乡、哈达图乡、保安乡、复兴乡、梅力盖图乡、碌碡坪乡、福生庄乡。县政府驻卓资山镇。
2000年第五次人口普查，卓资县总人口172867人，其中：卓资山镇26607人，旗下营镇15415人，哈达图乡9651人，八苏木乡8525人，十八台乡12454人，梅力盖图乡6037人，马盖图乡7226人，印堂子乡12904人，大榆树乡3609人，后房子乡12114人，六苏木乡9728人，白银厂汉乡9604人，福生庄乡7458人，三道营乡9559人，复兴乡11523人，碌碡坪乡3648人，东河子乡3319人，红召乡3486人。
2001年，全县总人口22.6万人。辖5个镇、9个乡：卓资山镇、旗下营镇、十八台镇、巴音锡勒镇、梨花镇、八苏木乡、梅力盖图乡、印堂子乡、大榆树乡、后房子乡、六苏木乡、福生庄乡、复兴乡、红召乡。共有110个行政村，933个村民小组。
2006年，将14个乡镇合并调整为7个乡镇：将巴音锡勒镇的和平村划归卓资山镇；撤销后房子乡、印堂子乡，将后房子乡原管辖的行政区域整建制和印堂子乡的2个村（羊圈湾、马莲坝）并入大榆树乡；撤销复兴乡，并入旗下营镇；撤销福生庄乡，将福生庄乡的4个村（丰恒、东壕赖、中壕赖、福胜）并入梨花镇；撤销八苏木乡、梅力盖图乡，将2苏木乡原管辖的行政区域整建制和印堂子乡的3个村（财神梁、白脑包、五犊亥）并入十八台镇；撤销六苏木乡，将六苏木乡原管辖的行政区域整建制和巴音锡勒镇的和平村、福生庄乡的南山顶村、印堂子乡的4个村（印堂子、广兴城、岱青、奎元）并入卓资山镇。
2009年，卓资县总面积3119平方千米，总人口22.3万人，其中少数民族0.5万人。辖卓资山、旗下营、巴音锡勒、梨花、十八台5个镇和大榆树、红召2个乡。
2012年恢复复兴乡。调整后，全县辖5个镇、3个乡：卓资山镇、旗下营镇、十八台镇、巴音锡勒镇、梨花镇、大榆树乡、红召乡、复兴乡。