巴尔虎，系蒙古族喀尔喀部之一部落名，因该旗的巴尔虎人比陈巴虎旗的巴尔虎人进驻呼伦贝尔的时间迟两年，故名新巴尔虎。蒙古语称西为右。1732年清政府分两批从布特哈和喀尔喀蒙古车臣汗部，将巴尔虎部落迁来呼伦贝尔驻牧，寓兵于牧。编为左、右两翼八旗，隶属呼伦贝尔副都统衙门。1948年建立新巴尔虎右旗。
1996年?，新巴尔虎右旗面积25102平方千米，人口3.2万人，其中蒙古族占79%。辖1个镇、11个苏木：阿拉坦额莫勒镇、阿敦础鲁苏木、呼伦苏木、达来苏木、达来东苏木、克尔伦苏木、杭乌拉苏木、宝格德乌拉苏木、赛汉塔拉苏木、阿尔山苏木、额尔敦乌拉苏木、贝尔苏木。旗政府驻阿拉坦额莫勒镇。
2000年第五次人口普查，新巴尔虎右旗总人口36764人，其中：阿拉坦额莫勒镇18081人，达来东苏木2326人，达来苏木1099人，额尔敦乌拉苏木909人，阿敦础鲁苏木2229人，克尔伦苏木1461人，赛汉塔拉苏木1752人，杭乌拉苏木1524人，宝格德乌拉苏木1996人，呼伦苏木1895人，贝尔苏木1736人，阿尔山苏木980人，敖尔金牧场776人。
2001年，全旗辖1个镇、9个苏木：阿拉坦额莫勒镇、达来东苏木、达来苏木、阿敦础鲁苏木、克尔伦苏木、赛汉塔拉苏木、杭乌拉苏木、贝尔苏木、宝格德乌拉苏木、呼伦苏木。
2006年，撤销呼伦苏木，将呼伦苏木的3个嘎查（海拉斯、白音德日斯、单德）并入阿拉坦额莫勒镇；撤销宝格德乌拉苏木，将其原管辖的行政区域整建制和呼伦苏木的2个嘎查（白音陶力木、勃迪乌拉）并入贝尔苏木；撤销杭乌拉苏木、克尔伦苏木、将2苏木原管辖的行政区域整建制并入赛汉塔拉苏木；撤销达来苏木、达来东苏木，将2苏木原管辖的行政区域整建制合并设立呼伦镇；撤销阿敦楚鲁苏木，设立阿日哈沙特镇。
2006年，全旗总面积25194平方千米。总人口为33814人，其中蒙古族27707人。辖3镇2苏木1个牧场。
2009年末，全旗总面积25194平方千米。总人口12942户34484人，其中，非农业人口19922人，农业人口14562人；蒙古族28369人、汉族5356人。辖3个镇、2个苏木、1个牧场。
2011年，将呼伦镇的布日德等6个嘎查划出设立达赉苏木，将贝尔苏木的宝格德乌拉等6个嘎查划出设立宝格德乌拉苏木，将贝尔苏木的勃迪乌拉、巴彦陶日木2个嘎查划归阿拉坦额莫勒镇。调整后，全旗辖3个镇、4个苏木：阿拉坦额莫勒镇、阿日哈沙特镇、呼伦镇、贝尔苏木、克尔伦苏木、达赉苏木、宝格德乌拉苏木。