托克托，系蒙古族人名，意为“保住”，“传宗接代”。公元前4世纪，战国赵武侯筑云中城（今托克托县古城村），赵武灵王置云中郡。后经秦、汉、北魏、隋、唐，云中郡名一直延用，唐贞观十四年（公元640年）徙云中治所于今大同后，该地军、政、经济中心遂移往新筑之东受降城（地点在今中滩乡）。
辽、金、元时期易名东胜州，明代撤州改卫。明嘉靖中期，土默特部托克托（亦可音译为脱脱）驻牧此地，城因人名，称托克托城。清中叶蒙旗土地大量放垦，乾隆元年（1736年）设托克托厅，民国初年改为托克托县。
1996年，托克托县面积1313平方千米，人口约18.6万人（根据《政区大典》），其中蒙古族0.5万人，汉族居多数，其他少数民族有回、羌等。辖3个镇、8个乡：城关镇、五申镇、新营子镇、南坪乡、黑城乡、中滩乡、古城乡、燕山营乡、乃只盖乡、伍什家乡、永圣域乡。县政府驻城关镇。
1999年，托克托县面积1416.8平方千米（《内蒙古年鉴》），辖3镇、8乡，13个居委会、120个行政村，总人口18.98万人，其中农业人口16.28万人。2000年总人口18.9万人。
2000年第五次人口普查，总人口185582人，其中：城关镇36537人，新营子镇14954人，五申镇13946人，中滩乡16798人，南坪乡18513人，燕山营乡15379人，黑城乡14031人，伍什家乡14176人，永圣域乡9455人，古城乡13877人，乃只盖乡17916人。
2001年，撤销南坪乡，并入双河镇；撤销黑城乡，并入新营子镇。调整后，托克托县辖3个镇、6个乡：双河镇、新营子镇、五申镇、中滩乡、燕山营乡、伍什家乡、永圣域乡、古城乡、乃只盖乡。共有13个居委会、120个行政村。全县面积1416.8平方千米，总人口19.1万人。
2006年，撤销中滩乡，将其原管辖的行政区域整建制并入双河镇；撤销燕山营乡，将其原管辖的行政区域整建制并入新营子镇；撤销乃只盖乡，将其原管辖的行政区域整建制并入五申镇；撤销古城乡、永圣域乡，将2乡原管辖的行政区域整建制合并设立古城镇；撤销伍什家乡，改设伍什家镇。调整后，全县辖5个镇：双河镇、新营子镇、五申镇、伍什家镇、古城镇。共有13个居委会、120个行政村。全县总面积1416.8平方千米，总人口19.6万人。