新城区是由清代建造的绥远城的俗称“新城”而得名。清乾隆四年（1739年）山西右卫“绥远将军”王昌率军移驻，在“归化城”东北5千米处建造了一座军事驻防屯兵城，取名“绥远城”，俗称“新城”。1953年建新城区。辖区以“绥远城”为中心扩展。
1951年7月3日，将原新城的五区和火车站的六区合并为第一区，在火车站设有办事处，区政府驻关帝庙街。1953年11月8日，第一区正式改称新城区。1954年，区政府迁往建设西街。
1966年8月20日，新城区更名为东风区。1973年，东风区机关迁往新城西街。1979年3月20日，恢复新城区称谓。
1996年，全区面积35.0平方千米，人口约35.6万人（根据《中国政区大典》），占市区总人口55.5%。辖西街街道、迎新路街道、人民路街道、海拉尔路街道、锡林郭勒北路街道、中山东路街道、东风路街道、东街街道、大学西路街道等9个街道。区政府驻西街72号。
2000年5月14日，国务院（国函[2000]42号）批准同意呼和浩特市调整市辖区行政区划：将新城区的人民路、大学西路2个街道办事处，中山东路街道办事处位于健康街、乌兰察布西路以南的部分，东风路街道办事处和迎新路街道办事处位于东风路以南的部分划归赛罕区管辖。行政区划调整后，新城区辖锡林郭勒北路、新城东街、新城西街、海拉尔东路4个街道办事处，中山东路街道办事处位于健康街以北、呼伦贝尔南路以西的部分，东风路街道办事处和迎新路街道办事处位于东风路以北的部分，以及从原郊区划入的毫沁营、保合少、小井3个乡，巴彦镇的塔利、生盖营、讨思浩、榆树沟、姚家湾、古路板、甲兰板、野马图8个村委会，巧报乡的府兴营、麻花板、新城、三合村4个村委会。区人民政府驻新城西街。（实际是1999年7月1日调整；全区面积699.6平方千米）
2000年第五次人口普查，新城区总人口409629人，其中：西街街道51085人，中山东路街道22916人，东街街道36469人，锡林郭勒北路街道28978人，海拉尔东路街道72937人，东风路街道47177人，迎新路街道24522人，毫沁营乡108486人，保合少乡10798人，小井乡6261人。
2001年4月，撤销毫沁营乡，设立毫沁营镇；撤销小井乡，并入保合少乡。调整后，新城区辖7个街道、1个镇、1个乡：海东路街道、锡林路街道、中山东路街道、东街街道、西街街道、东风路街道、迎新路街道、毫沁营镇、保合少乡。
2002年，新城区政府迁至呼伦北路，成吉思汗大街9号。2003年村居调整后，全区辖30个行政村、60个社区。
2006年，撤销毫沁营镇、保合少乡，合并设立保合少镇【实际可能是：撤销保合少乡，设立保合少镇；撤销毫沁营镇，设立成吉思汗街道】；开展麻花板、府兴营、三合村、新城村四个村的“村改居”工作。全区面积700平方千米，其中城区31平方千米，农区669平方千米；总人口45万余人，其中农业人口为5万人；辖1个镇、7个街道，26个行政村、47个社区。
2009年，将成吉思汗大街街道的东护城河南街社区（原新城村）划归东街街道管辖。全区面积700平方千米，其中城区55平方千米，农区645平方千米；总人口56万人。辖8个街道、1个镇：海东路街道、锡林路街道、中山东路街道、东街街道、西街街道、东风路街道、迎新路街道、成吉思汗街道、保合少镇。共有26个行政村、46个社区。
2010年，西街街道的护城河社区更名为星火巷社区。