锦县（州）之名始于辽代，起源小凌河。据《奉天通志》载：“小凌河古名唐就水，又日参柳水，辽称小灵河，金、元易灵为凌，明迄今仍之，源出热河省凌源县，迳锦县城西北三里左受二郎泉河，又东南过北宁铁路，绕城西南而东，以其回旋如锦名日锦川，县名亦取于此”。据《明一统志》：“锦川丁在锦州西，亦日锦水，州以此得名”。（关于名称由来还有“养蚕织锦”、“袭唐锦州”等说）
锦州市历丈悠久。春秋时期锦州是山戎活动地区。战国属燕辽西郡。秦始皇统一申国后，推行郡县制，仍属辽西郡。西汉时因之。东汉属辽东属国。三国、魏、西晋均属昌黎郡。南北朝时期，北魏属营州昌黎郡。东魏属营丘郡。隋时西部地区属柳城郡（今朝阳），东部地区属燕郡（今义县）。唐属营州（今朝阳）。辽代始建锦州，东部属东京道（今北镇），西部属中京道（今宁城县的大明城）。金改道为路，东部属东京路，西部属北京路。元代东部属广宁路，西部属大宁路。
明属辽东都指挥使司，境内设广宁前屯卫、宁远卫；广宁申屯卫、广宁左屯卫、广宁右屯卫、义州卫；广宁后屯卫、广宁卫、广宁申卫、广宁左卫、广宁右卫。清属锦州府。民国隶奉天省辽沈道。1929年隶辽宁省。1931年“九·一八”事变后，日本帝国主义侵占期间属锦州省。1945年“九·三”胜利后，置辽西专署和锦州市政府。1946年至1948年10月为国民党占领，属辽宁省。1948年10月全区解放。1949年属辽西省。1954年属辽宁省。
1982年8月13日，国务院批准；1982年9月9日，辽宁省人民政府转发：调整锦州市部分行政区划：一、复设锦州市葫芦岛区，以锦西县葫芦岛镇和稻池公社的稻池大队、玉皇阁大队、齐家屯大队、岔沟大队、毛家屯大队、茨山大队、南荒地大队、跃进大队8个大队，及先锋渔业大队、望海寺渔业大队2个渔业大队为葫芦岛区行政区域。二、设立锦州市南票区，以锦西县的南票镇和沙锅屯公社为南票区行政区域。三、锦州市郊区更名为太和区。
1985年1月17日，国务院批准：撤销锦西县，设立锦西市。1986年12月，国务院批准：撤销兴城县，设立兴城市（县级），市政府驻兴城镇（1987年1月正式成立）。1989年6月12日，国务院（国函[1989]42号）批准：锦西市升格为地级市。将锦州市管辖的葫芦岛区、南票区、绥中县划归锦西市领导，原锦州市代管的兴城市由省直辖，由锦西市代管。1989年6月29日，国务院批准：撤销北镇县，设立北镇满族自治县。
1992年3月23日，锦州市人民政府批准：将原锦州港经济区与锦县天桥镇合并，正式组建锦州经济技术开发区，在行政管理方面享有县级权限（注：在锦州经济技术开发区成立之后，天桥镇名义上由锦州市直辖）。1992年5月13日，锦州市人民政府批准：撤销锦州经济技术开发区天桥镇，设立天桥街道办事处和王家街道办事处（注：在辽宁省人民政府2002年1月31日批准本变动之前，天桥街道办事处和王家街道办事处不是正式行政区，在正式行政区划上仍为锦州市直辖天桥镇）。1992年10月，辽宁省人民政府批准：设立锦州高新技术产业开发区（又名凌南新区），辖区面积45.3平方千米，将太和区凌南街道由凌南新区代管。1992年，设立盘锦市兴隆台区锦采街道，以锦县阎家镇部分行政区域为锦采街道行政区域（注：面积4平方千米，人口1.02万人）。1993年4月15日，锦州市人民政府批准：笔架山正式划归锦州经济技术开发区管理。
1993年11月16日，民政部（民行批[1993]231号）批准：撤销锦县，设立凌海市（县级）。1995年3月21日，民政部（民行批[1995]21号）批准：撤销北镇满族自治县，设立北宁市（县级）。？年，锦州市人民政府由古塔区迁驻太和区市府路68号。
2000年第五次人口普查，锦州市常住总人口3076735人。其中：古塔区251648人、凌河区371644人、太和区238699人、黑山县617664人、义县422553人、凌海市647310人、北宁市527217人。
2000年，省政府（辽政[2000]96号）批复同意撤销凌海市杏山乡，设立杏山镇。2002年1月31日，省政府（辽政[2002]34号）批复同意调整锦州市部分行政区划，3月正式实行，具体为： 一、太和区：撤销凌海市杏山镇，设立杏山街道办事处，并划入锦州市太和区；撤销原锦州市直辖的天桥镇（即锦州经济技术开发区），设立天桥、王家2个街道办事处（实际1992年5月13日变动），并划入锦州市太和区；撤销太和区大薛乡、薛家街道办事处，合并设立大薛街道办事处；天桥、王家、杏山3个街道办事处由锦州经济技术开发区（不是正式行政区）代管。 二、黑山县：撤销镇安满族乡、羊肠河镇，合并设立镇安满族乡；撤销胜利乡、太和镇，合并设立太和镇；撤销二道乡、绕阳河镇，合并设立绕阳河镇；撤销六合乡、英城子乡，合并设立英城子乡；撤销四间房乡、常兴镇，合并设立常兴镇；撤销李屯乡、芳山镇，合并设立芳山镇；撤销罗屯乡、薛屯乡，合并设立薛屯乡；撤销白厂门满族镇、无梁殿满族镇，分别设立白厂门镇、无梁殿镇。 三、义县：撤销冷家沟乡、瓦子峪镇，合并设立瓦子峪镇；撤销车坊满族乡、大榆树堡镇，合并设立大榆树堡镇；撤销石佛堡乡、张家堡乡，合并设立张家堡乡；撤销九道岭满族镇、罗家屯镇，合并设立九道岭镇；撤销城关乡、红墙子满族乡，合并设立城关满族乡；撤销稍户营子满族镇，设立稍户营子镇。 四、凌海市：撤销东花乡、金城街道办事处，合并设立金城街道办事处；撤销大中乡、三台子镇，合并设立三台子镇；撤销大有乡、西八千乡，合并设立西八千乡；撤销巧鸟乡、松山镇，合并设立松山镇；撤销大碾乡、沈家台镇，合并设立沈家台镇；撤销高峰乡、白台子乡，合并设立白台子乡；撤销右卫满族镇，设立右卫镇。 五、北宁市：撤销曹屯乡、廖屯镇，合并设立廖屯镇；撤销新立乡、吴家乡，合并设立吴家乡；撤销窟窿台镇、中安镇、五粮乡、高力板乡，合并设立中安镇；撤销广宁街道办事处、汪家坟乡，合并设立辽城乡；将原广宁街道办事处所辖的其余的村委会、社区居委会分设三个街道办事处：北镇街道办事处，观音阁街道办事处，广宁街道办事处。
2002年6月，锦州市总面积10111.45平方千米，总人口约308.71万人，辖3个市辖区、2个县，代管2个县级市，共有34个街道、48个镇、33个乡（其中9个民族乡），273个社区、1655个行政村，市政府驻解放路三段32号。
2003年7月，撤销凌海市松山镇，设立锦州市南站新区以及松山、巧鸟2个街道办事处。南站新区享有市级经济管理权限、县区级政府的行政管理职能，辖区面积165平方千米，下辖24个行政村，4万人口。2006年2月8日，民政部（民函[2006]32号）批准：同意将辽宁省北宁市更名为北镇市。2006年3月7日，辽宁省政府《关于同意将北宁市更名为北镇市的批复》（辽政[2006]44号）：经国务院批准，同意将北宁市更名为北镇市，其所辖行政区域不变，继续执行民族自治地方的有关政策。
2007年1月5日，撤销锦州市凌南新区和南站新区，合并设立松山新区。松山新区仍然保留锦州高新技术产业开发区的牌子，实行一套人马两个机构，总面积215平方千米，人口近10万。松山新区代管太和区凌南街道，凌海市松山街道和巧鸟街道。2007年3月，将凌海市娘娘宫镇划归锦州经济技术开发区代管。
2010年第六次人口普查，锦州市常住总人口3126463人，其中：古塔区287599人，凌河区409606人，太和区394594人，黑山县615085人，义县396602人，凌海市508079人，北镇市514898人。