阜新蒙古族自治县俗称“蒙古贞”，阜新之名始于光绪二十九年（1903年）。在此地设县时，取“山阜日新”成语中的二字而得名。阜，即土山，有兴旺、昌盛之意；新，指焕然一新。战国时属燕国北境。汉代为匈奴左地，三国时县境南部属（魏）昌黎郡（今义县），东、北两境属鲜卑地。晋时属宇文氏和慕容氏领地。隋代属辽西郡和契丹地。唐代属营州奚都督府和契丹地。辽代县境先后为懿州，成州、徽州、豪州等州县。金立国后，县境初隶懿州，后属大定府。元为辽阳行省懿州境地。
明代县境西部为营州右屯卫，东部为广宁后屯卫。1401年后此地属蒙古游牧地。清初属扎萨克，后为土默特左翼旗，隶属卓索图盟（今朝阳境内）。康熙三十一年于此设养息牧场。乾隆三年蒙、汉分治归直隶承德府，乾隆十三年归塔子沟厅所属（今凌源）。乾隆三十九年县境属三座塔厅所辖。光绪二十九年，由朝阳析置阜新县（治所在今内蒙奈曼旗青龙山乡境内），隶属承德府。光绪三十年（1904年）升朝阳县为府，此时县境归朝阳府所属。民国三年撤销朝阳府，县境属热河特别区。
日本帝国主义侵占时期县境属锦州省所辖，1940年划至中心矿产区为阜新市，撤销县治，县境统由土默特左翼旗掌管（旗公署由今王府迁入今阜新镇境内）。国民党时期，属热河省管辖，并于1946年撤销阜新市，只设阜新县。此时在县境设有北、阜、义（北票、阜新、义县）联合政府和阜、彰（阜新、彰武）联合政府。1948年阜新解放，恢复市县建制，统归辽西省管辖。1954年辽西省、辽东省合并为辽宁省，归锦州专署领导。1958年4月成立阜新蒙古族自治县，继属辽宁省。现为阜新市辖县。
1996年，阜新蒙古族自治县面积6246.2平方千米，人口约72.2万人。辖14个镇、22个乡：阜新镇、十家子镇、于寺镇、大巴镇、王府镇、东梁镇、旧庙镇、务欢池镇、他本扎兰镇、伊玛图镇、佛寺镇、泡子镇、建设镇、富荣镇、七家子乡、八家子乡、大五家子乡、大板乡、大固本乡、太平乡、扎兰营子乡、化石戈乡、平安地乡、老河土乡、红帽子乡、苍土乡、沙拉乡、招束沟乡、国华乡、卧凤沟乡、哈达户稍乡、紫都台乡、塔营子乡、新民乡、福兴地乡、蜘蛛山乡。县政府驻阜新镇。
1998年，省政府（辽政[1998]12号）批复同意撤销平安地乡、新民乡，设立平安地镇、新民镇。
2000年第五次人口普查，阜新蒙古族自治县常住总人口714244人，其中（21个镇、15个乡）：阜新镇57665人，他本镇32081人，东良镇27175人，佛寺镇12621人，伊马图镇28491人，旧庙镇25377人，务欢池镇27926人，建设镇25734人，大巴镇24004人，泡子镇30103人，十家子镇21653人，王府镇23674人，于寺镇16395人，富荣镇21151人，新民镇17556人，福兴地镇16317人，平安地镇18970人，沙拉镇17286人，大固本镇23691人，大五家子镇18211人，大板镇12469人，蜘蛛山乡20573人，卧凤沟乡13544人，八家子乡12531人，哈达户销乡13331人，塔营子乡11773人，扎兰营子乡16394人，招束沟乡16554人，苍土乡13587人，老河土乡19177人，七家子乡14170人，红帽子乡13285人，子都台乡12607人，化石戈乡13435人，太平乡11208人，国华乡11081人，泡子农场2444人。
2002年3月4日，辽宁省政府（辽政[2002]60号）文件批准：撤销阜新镇、他本扎兰镇，合并设立他本扎兰镇，镇政府驻他本扎兰村。2003年7月7日，省政府批复同意他本扎兰镇更名为阜新镇。
2002年6月，阜新蒙古族自治县辖20个镇、15个乡，8个社区、523个行政村，面积6246平方千米，人口约73.03万人，县政府驻他本扎兰镇文化路东65号。
2010年第六次人口普查，阜新蒙古族自治县常住总人口664971人，其中：城区街道63494人，阜新镇30345人，东梁镇24435人，佛寺镇10845人，伊吗图镇25232人，旧庙镇23895人，务欢池镇25695人，建设镇24194人，大巴镇21083人，泡子镇27271人，十家子镇20274人，王府镇22271人，于寺镇14907人，富荣镇18970人，新民镇15513人，福兴地镇15767人，平安地镇18234人，沙拉镇15299人，大固本镇21564人，大五家子镇17118人，大板镇11319人，蜘蛛山乡18756人，卧凤沟乡12032人，八家子乡11754人，哈达户稍乡12325人，塔营子乡11169人，扎兰营子乡14594人，招束沟乡15814人，苍土乡12009人，老河土乡17743人，七家子乡12222人，红帽子乡13459人，紫都台乡11178人，化石戈乡12242人，太平乡10236人，国华乡9430人，泡子农场办事处2283人。
2011年末，阜新蒙古族自治县辖1个街道、27个镇、8个乡，8个社区、382个行政村。2012年，省政府（辽政[2012]168号）批复同意撤销紫都台乡、化石戈乡、哈达户稍乡、老河土乡，设立紫都台镇、化石戈镇、哈达户稍镇、老河土镇。2013年，省政府（辽政[2013]277号）批复同意撤销太平乡，设立太平镇。
全县现辖1个街道、32个镇、3个乡：城区街道、阜新镇、东梁镇、佛寺镇、伊玛图镇、旧庙镇、务欢池镇、建设镇、大巴镇、泡子镇、十家子镇、王府镇、于寺镇、富荣镇、新民镇、福兴地镇、平安地镇、沙拉镇、大固本镇、大五家子镇、大板镇、招束沟镇、八家子镇、扎兰营子镇、塔营子镇、红帽子镇、蜘蛛山镇、七家子镇、紫都台镇、化石戈镇、哈达户稍镇、老河土镇、太平镇、卧凤沟乡、苍土乡、国华乡。县政府驻城区街道文化路。