宋永初元年（420年）改南康郡为南康国，宁都隶之。大明五年（461年），析宁都虔化屯（今东山坝镇大布村）置虔化县（旧志载：县西五里有石状如虎，传由虎化为石。虎为凶物，改为虔，故名虔化，县以此得村名），并属南康国。齐永明元年（483年）南康国复为南康郡，宁都、虔化均属南康郡。隋开皇九年（589年）灭陈，改南康郡为虔州；虔化并入宁都，隶虔州。开皇十三年，陂阳县（今石城县西）并入宁都县。开皇十八年（598年），改宁都为虔化县，迁县治于雪竹坪（今梅江镇）。
唐武德五年（公元622年），虔化属洪州总管府虔州。贞观元年（627年），虔化属江南道虔州。开元二十一年（733年），虔化属江南西道虔州。元和六年（811年），升虔州为上州，虔化为上县。咸通七年（公元866年），升虔州为节镇，号百胜军，虔化隶之。南唐保大十一年（953年），析虔化之石城场置石城县。宋至道三年（997年），虔化属江南路虔州。天禧四年（1020年），虔化属江南西路虔州。大观元年（1107年），升虔州为望郡，虔化为上县。绍兴二十三年（1153年），改虔州为赣州，虔化为宁都。
元至元十四年（1277年），宁都属江西行中书省赣州路。元贞元年（1295年）十一月，升宁都县为州，辖石城县，属赣州路。明洪武二年（1369年），改赣州路为府，改宁都州为宁都县。洪武九年（1376年），宁都县属江西布政使司赣州府。清初沿明制。乾隆十九年（1754年），升宁都县为直隶州，辖瑞金、石城二县。民国二年（1913年），宁都复改为县。民国三年，宁都县属赣南道。民国十五年，废道，宁都县直属江西省政府。民国二十三年十月，宁都县属第十二行政区，并为专署驻地。民国二十四年四月，属第八行政区，为专署驻地。
第二次国内革命战争时期：1929年，宁都为中央苏区属县。1931年9月，宁都县分为宁都、彭湃两县。1932年2月，宁都、彭湃两县复并为宁都县。1933年1月13日，为纪念赵博生烈士，宁都县改为博生县。1933年7月，根据中华苏维埃共和国中央人民委员会《关于重新划分行政区划的决定》，宁都分为博生、洛口、长胜三县。
1949年8月27日，宁都解放，29日成立宁都县人民政府。同年9月，省人民政府决定设瑞金分区，后未成立，改为宁都分区（1951年6月改称宁都专区）。宁都县隶之，并为专署驻地。1952年8月29日，属赣州专区。1954年6月，属赣南行政区。1964年5月，属赣州专区，1971年2月，属赣州地区。1999年7月1日，属赣州市。
1984年，设立员布乡（赣府厅字[1984]251号）。1987年4月5日，青塘乡、长胜乡、黄陂乡改设青塘镇、长胜镇、黄陂镇（赣府厅字[1987]165号批复）。
1988年12月10日，撤销刘坑乡，其行政区域划归梅江镇管辖（赣民函[1988]138号批复）。1995年9月29日，撤销固村乡、赖村乡，设立固村镇、赖村镇（赣民字[1995]185号批复）。1997年1月14日，撤销石上乡、东山坝乡，设立石上镇、东山坝镇（赣民字[1997]12号批复）。
1997年，全县面积4053平方千米，人口65.9万，辖8个镇、17个乡：梅江镇、固村镇、长胜镇、赖村镇、青塘镇、东山坝镇、石上镇、黄陂镇、肖田乡、东韶乡、员布乡、洛口乡、小布乡、大沽乡、钓峰乡、安福乡、蔡江乡、湛田乡、会同乡、田埠乡、竹笮乡、固厚乡、田头乡、黄石乡、对坊乡。
1998年4月7日，梅江镇析置刘坑乡，乡政府驻刘坑村（赣民字[1998]50号批复）。1998年8月5日，撤销洛口乡，设立洛口镇（赣民字[1998]126号批复）。2000年6月27日，撤销小布乡，设立小布镇（赣民字[2000]145号批复）。至此，全县辖10个镇、16个乡。
2000年第五次人口普查，全县总人口657241人，其中：梅江镇81633人、青塘镇31452人、长胜镇48323人、黄陂镇30370人、固村镇34199人、赖村镇39986人、石上镇28843人、东山坝镇21545人、洛口镇21657人、小布镇14116人、竹笮乡25290人、田头乡30716人、黄石乡28848人、对坊乡21723人、固厚乡20047人、田埠乡20564人、会同乡28367人、湛田乡15383人、安福乡10416人、东韶乡18617人、肖田乡9102人、钓峰乡9524人、大沽乡13036人、蔡江乡11271人、员布乡3970人、刘坑乡38243人。
2001年10月20日，撤销员布乡，划归洛口镇；撤销刘坑乡，划归梅江镇；撤销黄石乡、田头乡，设立黄石镇、田头镇（赣民字[2001]483号批复）。2002年底，宁都县辖12个镇、12个乡，17个居委会、348个行政村。2003年底，全县辖12镇12乡，总人口71.4万人。2006年末，全县总人口741156人，其中非农业人口131409人。
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