永修，古艾地，秦隶九江郡。汉高祖六年置海昏县（县治设今吴城镇芦潭西北1千米处）。南朝宋元嘉二年（425）“废海昏，移建昌居焉”，改名建昌县（县治在今艾城）。元元贞元年（1295）升建昌为州。明朝改称建昌县。民国三年（1914），因与四川省建昌道同名，改为永修县，因境内修水得名，取其“泮临修水，永受其利”之意。
1979年，设立城山公社（赣革发[1979]10号）。1987年3月30日，设置南岗乡、八角岭乡（赣府厅字[1987]1158号批复）。1990年10月22日，撤销虬津乡，设立虬津镇（赣民字[1990]140号批复）。1993年1月3日，撤销艾城乡、白槎乡、江益乡，设立艾城镇、白槎镇、江益镇；撤销南岗乡、八角岭乡；立新乡政府驻地由杨泗村迁至中村杜家山（赣民字[1993]3号批复）。1995年3月10日，撤销滩溪乡、三溪桥乡、梅棠乡，设立滩溪镇、三溪桥镇、梅棠镇（赣民字[1995]35号批复）。
1996年，全县面积2035平方千米，人口约34万人。辖10个镇、8个乡：涂埠镇、三溪桥镇、江益镇、白槎镇、柘林镇、吴城镇、梅棠镇、虬津镇、艾城镇、滩溪镇、江上乡、九合乡、三角乡、永兴乡、立新乡、燕坊乡、马口乡、城丰乡。县政府驻涂埠镇。
1999年3月4日，撤销燕坊乡、马口乡，设立燕坊镇、马口镇（赣民字[1999]50号批复）。至此，全县辖12个镇、6个乡。
2000年第五次人口普查，永修县常住总人口351457人，其中，涂埠镇45570人、柘林镇12467人、三溪桥镇12228人、白槎镇12660人、梅棠镇13585人、虬津镇21421人、滩溪镇16700人、燕坊镇11417人、艾城镇21133人、马口镇17351人、吴城镇14300人、江益镇11328人、江上乡12472人、立新乡23566人、城丰乡6650人、永兴乡10068人、九合乡18379人、三角乡21656人、云山集团公司35835人、恒丰企业集团12671人。
2002年1月11日，撤销永兴乡，划归涂埠镇（赣民字[2002]10号批复）。2002年末，永修县辖12个镇、5个乡，26个居委会、187个行政村。
2003年10月10日，撤销城丰乡，成建制划归马口镇管辖；撤销三溪桥镇，成建制划归柘林镇管辖（赣民字[2003]260号批复）。2003年末，全县总人口36.1万人。辖11个镇、4个乡：涂埠镇、吴城镇、柘林镇、虬津镇、艾城镇、滩溪镇、白槎镇、梅棠镇、燕坊镇、马口镇、江益镇（共青）、三角乡、九合乡、立新乡、江上乡。
2006年9月20日，恢复三溪桥镇。2006年末，全县总人口36.95万人，其中非农业人口10.9万人。
2010年第六次人口普查，永修县常住总人口376107人，其中，涂埠镇66285人，吴城镇15024人，三溪桥镇12932人，虬津镇17899人，艾城镇18748人，滩溪镇18519人，白槎镇13741人，梅棠镇14342人，燕坊镇12480人，马口镇26516人，柘林镇8861人，江益镇（共青开放开发区）11324人，三角乡23389人，九合乡20600人，立新乡24901人，江上乡10362人，江西永修云山经济技术开发区2481人，云山企业集团33372人，恒丰企业集团13348人，八角岭垦殖场4668人，永丰垦殖场6315人。
2012年，江西省批准将永修县江西恒丰集团部分区域划归该市管辖（9月10日，恒丰企业集团部分区域划归共青城市工作会议召开）。