考古发现，“宜”为镇江最早地名，是3000年前周康王封给宜侯的领地；春秋时期称朱方，后曾用谷阳、丹徒、京口、润州等名称。北宋建镇江府（1113年），始称镇江。辛亥革命后称丹徒县，1928年改为镇江县。1929年至1949年2月为江苏省政府所在地（其中1937年至1945年镇江沦陷期间，省政府迁往苏北）。1949年4月23日镇江解放。划城区和近郊为镇江市，划四乡为丹徒县，均隶属苏南行政区镇江专署。
1953年1月1日，江苏省人民政府正式成立，设镇江专区，同时撤销常州专区，原所属武进、溧阳、金坛3县划归镇江专区管辖。镇江专区辖镇江市和丹徒、扬中、丹阳、江宁、句容、溧水、武进、溧阳、金坛、高淳11个市县，专署驻镇江市。1954年，镇江市改为省辖市。
1956年，武进县（驻常州市）划归苏州专区，原属苏州专区的宜兴县划入镇江专区；扬中县划归扬州专区，后复划回镇江专区；原属扬州专区的仪征、六合、江浦3县划入镇江专区，后复划回扬州专区。1958年8月，镇江专区改名为常州专区，辖2市9县，专署由镇江市迁至常州市；原由省直辖的常州、镇江2市划归常州专署领导；将江宁县划归南京市领导；撤销丹徒县，并入镇江市；原属苏州专区的武进县划入常州专区。
1959年9月，常州专区改名镇江专区，专署由常州市迁驻镇江市，辖镇江、常州2市及武进、扬中、丹阳、金坛、溧阳、宜兴、高淳、溧水、句容9县。1960年，武进县划归常州市领导。1962年，常州市改为省辖市，常州市领导的武进县划归镇江专署领导；恢复丹徒县；原由南京市领导的江宁县划入镇江专区。镇江专区辖1市11县。1970年，镇江专区改称镇江地区，专署驻镇江市。辖镇江市及丹徒、扬中、丹阳、武进、宜兴、金坛、溧阳、江宁、句容、溧水、高淳1市11县。1971年，将江宁县划归南京市领导。
1983年3月，镇江地区的丹徒、丹阳、句容、扬中县划归镇江市（省辖市）领导。镇江市改由省直辖。市区设城区、郊区2个市辖区。镇江市共辖4县2区。6月9日，镇江市区设金山区、北固区为县级单位；撤销谏壁区改为谏壁镇，由市直接领导；撤销原郊区建制，设立郊区办事处，作为市人民政府的派出机构。8月17日，撤销金山区、北固区，以原区域设立城区；撤销郊区办事处，设置郊区，市属的谏壁镇划归郊区领导。
1984年10月，经江苏省人民政府批准，原城区更名为京口区，郊区更名为润州区。1987年12月，经国务院批准，撤销丹阳县，改设丹阳市。1994年撤销扬中县，以其原辖区域设立扬中市。1995年撤销句容县，以其原辖区域设立句容市。2002年4月3日，国务院批准（国函[2002]24号）：撤销丹徒县，设立镇江市丹徒区，以原丹徒县的行政区域为丹徒区的行政区域。区人民政府驻谷阳镇。
1997年经省人民政府批准，撤销丹徒县谏壁乡，将其原辖区域划归京口区谏壁镇管辖；将丹徒县丁岗镇的魏家墩、段家、巷岗、唐巷、厚角、郜家等6个村和大路镇的勤廉、勤余2个村划归大港镇管辖；将丹徒县三山乡的平山、秀山、大山3个村及丹徒县茶场划归润州区官塘桥乡管辖；将润州区官塘桥乡的驸马庄村、缪家甸村、蒋乔镇的诈输村及马山村的大地巷村民小组划归丹徒县西麓乡管辖。
2001年，全市乡镇数由89个调整为67个，其中：镇66个，乡1个。街道办事处10个。 京口区将丹徒镇、汝山乡合并为丹徒镇，镇政府驻丹徒镇。 润州区将蒋乔镇、韦岗镇合并为蒋乔镇，镇政府驻蒋乔镇；撤销金江乡，将其辖行政区域由和平路街道办事处管理。 丹徒区将高资镇、石马乡合并为高资镇，镇政府驻高资；将姚桥镇、石桥镇合并为姚桥镇，镇政府驻姚桥；将西麓镇、三山镇合并为谷阳镇，镇政府驻谷阳。 丹阳市将云阳镇、大泊镇、荆林镇、前艾镇合并为云阳镇，镇政府驻云阳；将埤城镇、胡桥镇合并为埤城镇，镇政府驻埤城；将后巷镇、建山镇合并为后巷镇，镇政府驻后巷；将珥陵镇、云林镇合并为珥陵镇，镇政府驻珥陵。 句容市将华阳镇、石狮镇合并为华阳镇，镇政府驻华阳；将下蜀镇、亭子乡合并为下蜀镇，镇政府驻下蜀；将二圣镇、三岔乡合并为二圣镇，镇政府驻二圣。将后白镇、茅西镇合并为后白镇，镇政府驻后白；将天王镇、磨盘乡合并为天王镇，镇政府驻天王。 扬中市将三茅镇、丰裕镇合并为三茅镇，镇政府驻三茅；将新坝镇、联合镇合并为新坝镇，镇政府驻新坝；将兴隆镇、三跃镇合并为兴隆镇，镇政府驻兴隆；将油坊镇、长旺镇合并为油坊镇，镇政府驻油坊；将八桥镇、永胜镇合并为八桥镇，镇政府驻八桥。 调整后，丹阳市辖23个镇，丹徒县辖14个镇，句容市辖17个镇，扬中市辖6个镇，京口区辖2个镇、1个乡、4个街道办事处，润州区辖3个镇、4个街道办事处。镇江新区（1998年设立）代管1个镇、2个街道办事处。全市总面积3843平方千米，占全省3.74%。其中，市区333.3平方千米，丹徒县749.75平方千米，丹阳市1043平方千米，句容市1385平方千米，扬中市332平方千米。
2004年末，全市辖12个街道、65个镇、1个乡。总面积3847平方千米，其中市辖区1082平方千米。全市户籍人口267.21万人，其中市辖区户籍人口101.36万人。 京口区辖4个街道、3个乡镇，人口34.77万人；润州区辖4个街道、3个乡镇，人口23.71万人；镇江新区代管2个街道、1个乡镇，人口6.77万人；丹徒区辖14个乡镇，人口36.11万人；丹阳市辖1个街道、23个乡镇，人口80.16万人；句容市辖1个街道、16个乡镇，人口58.44万人；扬中市辖6个乡镇，人口27.24万人。
2005年，全市乡镇（街道）行政区划由原来的66个乡镇、10个街道，调整为41个镇10个街道，调减率为31％（其中乡镇调减率为38％）。调整后乡镇的平均面积由55.46平方千米增至89.27平方千米，平均人口由3.23万人增至5.21万人。 丹徒区由14个镇调整为7个镇：保留世业镇、高资镇、谷阳镇，撤销江心镇、高桥镇，合并设立高桥镇，镇政府驻地为高桥镇；撤销黄墟镇、辛丰镇，合并设立辛丰镇，镇政府驻地辛丰镇；撤销荣炳镇、宝堰镇，合并设立宝堰镇，镇政府驻地宝堰镇；撤销上会镇、上党镇，合并设立上党镇，镇政府驻地为上党镇。调整后各镇平均面积87.32平方千米，人口3.84万人。此外，大路镇、姚桥镇、丁岗镇划归京口区管辖，并委托镇江新区管理。
2007年末户籍总人口268.78万人，其中市区总人口102.82万人。