汉景帝四年（公元前153年）置江都县，以“县临大江，为一都之会”故名。三国时废，西晋复建。1949年江都县与扬州市分治，县府迁仙女庙。1994年4月26日，国务院批准撤销江都县，设立江都市（县级）。2011年，撤销江都市，设立扬州市江都区。
1995年3月，将正谊乡的4个村划归江都镇管辖。1996年，江都市面积1332平方千米，人口107万人。辖25个镇、15个乡：江都镇、宜陵镇、砖桥镇、张纲镇、麾村镇、真武镇、小纪镇、嘶马镇、双沟镇、邵伯镇、吴桥镇、大桥镇、丁沟镇、丁伙镇、樊川镇、郭村镇、花荡镇、锦西镇、高徐镇、浦头镇、七里镇、武坚镇、杨庄镇、宗村镇、昭关镇、华阳乡、富民乡、滨湖乡、二姜乡、东汇乡、黄思乡、高汉乡、昌松乡、三周乡、塘头乡、吴堡乡、谢桥乡、中闸乡、永安乡、周西乡。市政府驻江都镇。
2000年，撤销砖桥镇并入江都镇，撤销锦西镇并入丁伙镇，撤销七里镇并入宜陵镇，撤销杨庄镇、滨湖乡并入真武镇，撤销宗村镇、华阳乡、富民乡并入小纪镇，撤销东汇乡并入樊川镇，撤销昌松乡、中闸乡并入大桥镇，撤销谢桥乡并入吴桥镇，撤销高汉乡并入浦头镇，撤销吴堡乡销设立吴堡镇，撤销三周乡、永安乡设立永安镇，撤销黄思乡、周西乡设立周西镇，撤销二姜乡、塘头乡设立塘头镇。调整后，江都市辖24个镇。
2000年第五次人口普查，全市总人口1053023人，其中：江都镇178780人，小纪镇40832人，吴堡镇21425人，武坚镇19102人，周西镇20017人，高徐镇28026人，樊川镇32138人，永安镇30875人，真武镇58145人，宜陵镇51821人，丁沟镇32659人，麾村镇27464人，郭村镇28610人，塘头镇54507人，邵伯镇54263人，昭关镇28963人，双沟镇33825人，丁伙镇44952人，大桥镇72419人，吴桥镇48018人，浦头镇46999人，嘶马镇35461人，花荡镇31343人，张纲镇32379人。
2001年9月，撤销张纲镇，并入江都镇。2002年，江都市面积1330平方千米，其中建成区面积18.15平方千米；辖23个镇：江都镇、邵伯镇、大桥镇、丁伙镇、小纪镇、樊川镇、嘶马镇、真武镇、丁沟镇、宜陵镇、郭村镇、吴桥镇、双沟镇、麾村镇、花荡镇、浦头镇、高徐镇、昭关镇、武坚镇、周西镇、永安镇、塘头镇、吴堡镇，共有52个居委会、310个村委会。
2003年底，江都市面积1330平方千米，其中建成区面积20平方千米；辖23个镇：江都镇、邵伯镇、大桥镇、丁伙镇、小纪镇、樊川镇、嘶马镇、真武镇、丁沟镇、宜陵镇、郭村镇、吴桥镇、双沟镇、麾村镇、花荡镇、浦头镇、高徐镇、昭关镇、武坚镇、周西镇、永安镇、塘头镇、吴堡镇，共有53个居委会、303个村委会。
2004年底，江都市辖23个镇，总人口106.46万人：江都镇98.80平方千米/201729人，小纪镇71.98平方千米/43828人，吴堡镇44.80平方千米/22466人，武坚镇42.00平方千米/20060人，周西镇19.80平方千米/21369人，高徐镇61.00平方千米/29561人，樊川镇46.20平方千米/37052人，永安镇61.50平方千米/33620人，真武镇54.20平方千米/56567人，宜陵镇59.86平方千米/51154人，丁沟镇55.00平方千米/31550人，麾村镇47.32平方千米/28717人，郭村镇40.15平方千米/30321人，塘头镇62.77平方千米/56784人，邵伯镇55.05平方千米/44333人，昭关镇59.60平方千米/33470人，双沟镇42.78平方千米/34258人，丁伙镇80.20平方千米/46363人，大桥镇84.41平方千米/70842人，吴桥镇55.00平方千米/50897人，浦头镇42.90平方千米/45966人，嘶马镇38.45平方千米/35173人，花荡镇32.80平方千米/30879人（数据来源：江苏省统计年鉴）。
2005年，经江苏省政府（苏政复[2005]29号文件）和扬州市政府（扬府复[2005]10号文件）批准，江都市进行乡镇行政区划调整：（1）将双沟镇与江都镇合并设立仙女镇，镇政府驻江都市城区。行政区划调整后，仙女镇行政区域面积140.38平方千米，人口23.6万人，辖19个居委会、43个村委会。（2）将花荡镇、嘶马镇与大桥镇合并设立大桥镇，镇政府驻大桥。行政区划调整后，大桥镇行政区域面积160.16平方千米，人口13.69万人，辖7个居委会、45个村委会。（3）将塘头镇与郭村镇合并设立郭村镇，镇政府驻周楼。行政区划调整后，郭村镇行政区域面积104.6平方千米，人口8.7万人，辖3个居委会、23个村委会。（4）将高徐镇、吴堡镇与小纪镇合并设立小纪镇，镇政府驻小纪。行政区划调整后，小纪镇行政区域面积178.23平方千米，人口9.6万人，辖4个居委会、36个村委会。（5）将周西镇与武坚镇合并设立武坚镇，镇政府驻武坚。行政区划调整后，武坚镇行政区域面积85.58平方千米，人口4.14万人，辖2个居委会、15个村委会。（6）将永安镇与樊川镇合并设立樊川镇，镇政府驻樊川。行政区划调整后，樊川镇行政区域面积116.11平方千米，人口7.1万人，辖3个居委会、21个村委会。（7）将麾村镇与丁沟镇合并设立丁沟镇，镇政府驻丁沟。行政区划调整后，丁沟镇行政区域面积99.93平方千米，人口6万人，辖2个居委会、22个村委会。（8）将昭关镇与邵伯镇合并设立邵伯镇，镇政府驻邵伯。行政区划调整后，邵伯镇行政区域面积95.83平方千米，人口7.8万人，辖4个居委会、23个村委会。
2009年末，江都市总面积1330平方千米、总人口37.59万户、106.59万人。其中：仙女镇面积141.58平方千米/136471人，小纪镇面积177.78平方千米/92876人，武坚镇面积61.8平方千米/41806人，樊川镇面积117.58平方千米/68977人，真武镇面积67.12平方千米/54276人，宜陵镇面积59.86平方千米/50439人，丁沟镇面积102.32平方千米/61514人，郭村镇面积104.5平方千米/87934人，邵伯镇面积114.65平方千米/77863人，丁伙镇面积80.2平方千米/45600人，大桥镇面积155.66平方千米/137071人，吴桥镇面积55.96平方千米/49966人，浦头镇面积42.9平方千米/43188人（数据来源：江苏省统计年鉴）。