因地处长江入海门户，故名海门。公元前，长江大量泥沙沉积于长江口，形成大小不等的沙洲，大约经过800多年，至唐末，出现东洲和布洲两大洲及成群小沙洲，沙洲渐次连片。五代后周显德五年（958）置海门县，县治设于东洲镇。明朝，由于长江主泓道北移，境内大片土地坍没，坍至吕四、余东、四甲一线，县治迁于徐涧（今通州市兴仁镇），并废县归并通州建静海乡。
清初，江流主泓道南倾，长江北岸开始涨积，涨出40多个新沙，绵亘百余里。乾隆三十三年（1768）置海门直隶厅，设治于茅家镇。民国元年（1912）复称海门县。1949年后属南通专区（地区）。1983年属南通市。1994年6月撤县设市。为江苏省辖县级市，由南通市代管。
1996年，海门市面积1102平方千米，人口103万人。辖20镇10乡：海门镇、三星镇、三阳镇、货隆镇、三厂镇、四甲镇、包场镇、常乐镇、天补镇、悦来镇、余东镇、万年镇、德胜镇、国强镇、三和镇、六匡镇、瑞祥镇、麒麟镇、正余镇、江滨镇、 王浩乡、汤家乡、东兴乡、 东灶乡、海洪乡、海永乡、平山乡、临江乡、刘浩乡、树勋乡。市政府驻海门镇。
2000年第五次人口普查，海门市（辖18个镇、4个乡）总人口942952人，其中：海门镇139713人，三星镇37315人，天补镇32333人，三和镇31061人，德胜镇45881人，三厂镇82318人，常乐镇46863人，麒麟镇30707人，悦来镇50528人，万年镇27899人，三阳镇29429人，四甲镇51980人，货隆镇29774人，余东镇28309人，正余镇33732人，包场镇51150人，刘浩镇48571人，东灶港镇31821人，海永乡4813人，临江乡28481人，王浩乡23831人，树勋乡30336人，海门市经济技术开发区17285人，江心沙农场5904人，海门棉花原种场2483人，海门港435人。
2000年4月，撤销国强镇并入四甲镇。2002年2月撤销树勋乡设立树勋镇。2004年，将天补镇宝兴村划归三星镇管辖。2004年末，海门市总人口101.82万人。辖21个镇、1个乡。海门镇面积61.00平方千米，人口147784人。三星镇面积30.69平方千米，人口35459人。天补镇面积31.73平方千米，人口29101人。三和镇面积36.38平方千米，人口35663人。德胜镇面积54.62平方千米，人口47744人。三厂镇面积63.29平方千米，人口82964人。常乐镇面积60.01平方千米，人口51430人。麒麟镇面积38.09平方千米，人口31509人。悦来镇面积54.26平方千米，人口55743人。万年镇面积28.00平方千米，人口30729人。三阳镇面积45.00平方千米，人口32545人。四甲镇面积59.90平方千米，人口61285人。货隆镇面积37.05平方千米，人口33184人。余东镇面积30.00平方千米，人口31921人。正余镇面积35.80平方千米，人口36961人。包场镇面积43.58平方千米，人口55481人。刘浩镇面积54.30平方千米，人口62098人。东灶港镇面积38.80平方千米，人口35284人。临江镇面积41.66平方千米，人口32643人。王浩镇面积20.28平方千米，人口29406人。海永乡面积3.68平方千米，人口4926人。树勋镇面积37.91平方千米，人口36368人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2006年末，海门市总人口101.05万人，辖21个镇、1个乡：海门镇、三星镇、天补镇、三和镇、德胜镇、三厂镇、常乐镇、麒麟镇、悦来镇、万年镇、三阳镇、四甲镇、货隆镇、余东镇、正余镇、包场镇、刘浩镇、东灶港镇、临江镇、王浩镇、树勋镇、海永乡。市政府驻海门镇。
2009年末，海门市总面积939平方千米、总人口35.36万户、99.84万人。其中：海门镇面积106平方千米、人口222305人，三星镇面积36平方千米、人口65404人，天补镇面积31.73平方千米、人口28088人，三和镇面积36.38平方千米、人口30824人，德胜镇面积54.62平方千米、人口44932人，三厂镇面积63.29平方千米、人口85878人，常乐镇面积60.01平方千米、人口49459人，麒麟镇面积38.09平方千米、人口31928人，悦来镇面积54.26平方千米、人口52486人，万年镇面积28平方千米、人口30178人，三阳镇面积45平方千米、人口30715人，四甲镇面积59.9平方千米、人口58312人，货隆镇面积37.05平方千米、人口31947人，余东镇面积30平方千米、人口29496人，正余镇面积35.8平方千米、人口36487人，包场镇面积38.58平方千米、人口53286人，刘浩镇面积44.3平方千米、人口59300人，东灶港镇面积38.8平方千米、人口36085人，临江镇面积35.66平方千米、人口29328人，王浩镇面积20.28平方千米、人口29360人，树勋镇面积37.91平方千米、人口34933人，海永乡面积8平方千米、人口5084人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2011年，海门镇与三和镇合并设立新的海门镇，三星镇与天补镇合并设立新的三星镇。调整后，全市辖19个镇、1个乡：海门镇、三星镇、德胜镇、三厂镇、常乐镇、麒麟镇、悦来镇、万年镇、三阳镇、四甲镇、货隆镇、余东镇、正余镇、包场镇、刘浩镇、东灶港镇、临江镇、王浩镇、树勋镇、海永乡。
2012年末，海门市调整行政区划：撤销海门镇、德胜镇、三星镇，设立海门街道、滨江街道和新的三星镇；撤销三厂镇、临江镇，以八匡河为界，分别设立三厂街道、新的临江镇；撤销常乐镇、麒麟镇，设立新的常乐镇；撤销悦来镇、万年镇、三阳镇，设立新的悦来镇；撤销四甲镇、货隆镇，设立新的四甲镇；撤销余东镇、树勋镇，设立新的余东镇；撤销正余镇、王浩镇，设立新的正余镇；将包场镇、东灶港镇、刘浩镇合并设立新的包场镇。调整工作自12月16日实施，到2013年2月底结束。调整后，全市辖3个街道、8个镇、1个乡：海门街道、滨江街道、三厂街道、三星镇、常乐镇、悦来镇、四甲镇、余东镇、正余镇、包场镇、临江镇、海永乡。