1991年5月，经国务院批准，南通市郊区更名为港闸区。
2000年第五次人口普查，港闸区（辖3个镇、6个乡）总人口224448人，其中：秦灶镇25513人，唐闸镇25759人，天生港镇7719人，闸东乡24233人，永兴乡28837人，芦泾乡27648人，闸西乡27665人，陈桥乡29454人，幸福乡27620人。
2003年，港闸区辖1个街道、3个镇、4个乡。唐闸镇辖大南、新工房、新华、西洋桥、闸北、疏航桥、公园、大桥、闸港桥9个社区。天生港镇辖三八、通燧、泽生、果园、江海5个社区秦灶镇辖秦灶、桥北、桥东、八里庙、西安桥、袁桥、费桥、秦北8个行政村。闸东乡辖闸东、横河、花墙、长岸、尖沟头、高店、新园7个行政村。永兴街道辖曙光社区和永兴、节制闸、曙光、东港、芦泾港、窑墩坝6个行政村。闸西乡辖五星、福利、国庆、八一、新闸、龙潭、爱国、白龙庙8个行政村。陈桥乡辖陈桥、陈桥北、树北、育爱、集成、河口、五里树、长路、葆华9个行政村。幸福乡辖幸福、管园、文俊、秦西、施店、祖望、花桥、转水、蒋坝9个行政村。港闸开发区。（根据《江苏省2003年底村及村以上代码》整理）
2004年末，秦灶镇面积19.63平方千米，人口32122人。闸东乡面积14.89平方千米，人口19069人。闸西乡面积23.99平方千米，人口28060人。陈桥乡面积29.09平方千米，人口27851人。幸福乡面积20.48平方千米，人口23469人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）
2005年8月，撤销天生港镇和闸西乡，设立天生港镇街道，管理5个居委会、8个行政村，办事处驻高墩圩桥西原闸西乡政府；撤销唐闸镇和闸东乡，设立唐闸镇街道，管理9个居委会、7个行政村，办事处驻唐闸镇；撤销秦灶镇，设立秦灶街道，管理8个行政村，办事处驻秦灶镇。区划调整后，港闸区辖4个街道、2个乡。
2009年，撤销幸福乡，设立幸福街道；撤销陈桥乡，设立陈桥街道。2009年末，港闸区总面积134平方千米、总人口18.68万人（数据来源于《江苏省统计年鉴》）。辖6个街道：永兴街道、唐闸镇街道、天生港镇街道、秦灶街道、陈桥街道、幸福街道。