春秋时称延陵。西汉高祖五年（公元前202年）改为毗陵县，三国吴嘉禾三年（234年）置典农校尉屯田垦殖。西晋大康二年（281年）置郡，统辖丹徒、曲阿（丹阳）、武进（分曲阿、丹徒东部地区置）、延陵、毗陵、暨阳（江阴）、无锡7县。永兴元年（304年）改毗陵为晋陵。隋开皇九年（589年）于常熟县置常州，后割常熟县入苏州，遂移常州治于晋陵，常州之名由此始。历代为郡、州、府、路所在地。清雍正四年（1726年）析武进另置阳湖，析无锡另设金匮，析宜兴另立荆溪，加上原领江阴、靖江，常州府统领8县。
1912年，民国成立，废常州府，阳湖县并入武进县，城区一度称武进市，沿称常州。1949年4月23日，常州解放，城乡分别建立常州市和武进县。1953年常州市改为省辖市。1958年，镇江专区改名为常州专区，常州市划归常州专区领导，专署由镇江市迁至常州市。1959年，常州专区改为镇江专区，专署由常州市仍迁驻镇江市，常州市划归镇江专区领导。1960年，镇江专区的武进县划归常州市领导。1962年，常州市改为省辖市，武进县划归镇江专区领导。
1983年3月1日，实行市管县体制，镇江地区的武进、金坛、溧阳3县划归常州市领导，市区设广化、天宁、钟楼、戚墅堰、郊区5个市辖区。1986年9月起，经国务院批准，先后撤销广化区，将原行政区域分别归到钟楼区和天宁区。1990年8月，撤销溧阳县，改设溧阳市（县级）。1993年11月，撤销金坛县，设立金坛市（县级）。1995年，将武进县的龙虎塘镇、新桥镇、百丈乡、圩塘镇划入常州市郊区管辖；7月，撤销武进县，设立武进市（县级），市政府驻湖塘镇（6月8日国务院批准）。1999年经省政府批准，撤销郊区太 乡，将其原辖区域并入武进市雪堰镇。
2002年4月3日，国务院批准（国函[2002]22号）：调整常州市部分行政区划。（1）撤销县级武进市，设立常州市武进区。武进区辖原县级武进市的湖塘、牛塘、洛阳、礼嘉、南夏墅、前黄、寨桥、潘家、漕桥、雪堰、奔牛、邹土区、卜弋、夏溪、嘉泽、湟里、东安、横林、遥观、横山桥、芙蓉、焦溪、郑陆23个镇。区人民政府驻湖塘镇。（2）常州市郊区更名为新北区。新北区辖原常州市郊区的河海街道、三井乡和龙虎塘、新桥、百丈、圩塘4个镇以及原县级武进市的薛家、安家、魏村、罗溪、西夏墅、小河、孟河7个镇。区人民政府驻河海中路。（3）将原常州市郊区的永红、五星、西林、北港4个乡和新闸镇划归钟楼区管辖。（4）将原常州市郊区的茶山、雕庄、红梅、青龙4个乡划归常州市天宁区管辖。 行政区划调整前：钟楼区面积18平方千米，人口25万；天宁区面积20平方千米，人口27万；原郊区面积120平方千米，人口28万人。邮政编码213001；原县级武进市面积1581平方千米，人口120万。
1983年，常州市共辖3县5区，共有18个街道、7个镇、136个乡，236个居委会、1868个村委会。1984年，全市共有18个街道、 7个镇、136个乡，265个居委会、1886个村委会。1985年，全市共有19个街道、16个镇、125个乡，288个居委会、1914个村委会。1986年，全市共辖1市2县4区，全市共有18个街道、16个镇、125个乡，303个居委会、1922个村委会。1987年，全市共有18个街道、22个镇、119个乡，329个居委会、1918个村委会。1988年，全市共有19个街道、35个镇、106个乡，336个居委会、1922个村委会。1989年，全市共有18个街道、39个镇、102个乡，339个居委会、1969个村委会。1990年，全市共有18个街道、39个镇、102个乡，363个居委会、1920个村委会。1991年，全市共有18个街道、48个镇、 93个乡，375个居委会、1919个村委会。1992年，全市共有18个街道、49个镇、 88个乡，388个居委会、1913个村委会。1993年，全市共辖2市1县4区，共有20个街道、65个镇、 72个乡，414个居委会、1913个村委会。1994年，全市共有19个街道、71个镇、 66个乡，429个居委会、1915个村委会。1995年，全市共辖3市4区，共有18个街道、74个镇、 63个乡，450个居委会、1908个村委会。1996年，全市共有18个街道、81个镇、 56个乡，460个居委会、1907个村委会。1997年，全市共有19个街道、81个镇、 56个乡，471个居委会、1903个村委会。
1998年，全市共有19个街道、81个镇、 55个乡，482个居委会、1902个村委会；其中市辖区19个街道、7个镇、10个乡，341个居委会、164个村委会；天宁区辖8个街道，152个居委会；钟楼区辖8个街道，149个居委会；戚墅堰区辖2个街道、2个镇，35个居委会、19个村委会；郊区辖4个镇、1个乡，5个居委会、89个村委会；溧阳市辖16个镇、20个乡，45个居委会、559个村委会；金坛市辖18个镇、9个乡，29个居委会、428个村委会；武进市辖40个镇、16个乡，67个居委会、751个村委会。
2003年，钟楼区撤销五星乡和西仓桥街道，以原五星乡所辖区域与原西仓桥街道街道管理的南运桥、南河沿、三堡街、勤业第一、勤业第二5个居委会合并设立五星街道，原西仓桥街道的机械第一、机械第二两个居委会划归西新桥街道，原西仓桥街道的红星、虹桥、龙船浜、新市路4个居委会划归怀德路街道；撤销永红乡和清潭街道，以原永红乡所辖区域与原清潭街道管理的区域合并设立永红街道；撤销北港乡，以其原辖区域设立北港街道；撤销西林乡，以其原辖区域设立西林街道。天宁区撤销雕庄乡，以其原辖区域设立雕庄街道；撤销青龙乡，以其原辖区域设立青龙街道；撤销茶山乡，以其原辖区域设立茶山街道；撤销红梅乡，以其原辖区域设立红梅街道。新北区圩塘、魏村、百丈、安家4个镇合并设立春江镇，镇政府驻圩塘；孟河、小河两个镇合并设立孟河镇，镇政府驻小河；撤销三井乡，以其原辖区域设立三井街道；撤销龙虎塘镇，以其原辖区域设立龙虎塘街道。
2004年底，全市总人口348.96万人。2005年末，全市户籍人口351.6万人，外来暂住人口总数为130.3万人。辖武进、新北、天宁、钟楼、戚墅堰五区，代管金坛、溧阳二市。武进、新北、天宁、钟楼、戚墅堰五区辖24个街道、32个镇，金坛、溧阳二市辖32个镇。
2006年9月30日，常州市召开中心城区街道区划调整动员大会，会议宣布了市政府关于调整中心城区街道行政区划的决定，对天宁、钟楼、戚墅堰三辖区街道区划调整工作进行部署。其中，钟楼区行政区划将作如下调整： 撤销马公桥街道办事处，其花园路以北区域划归五星街道办事处，其花园路以南区域划归永红街道办事处；撤销怀德路街道办事处，将其与南大街街道办事处合并设立南大街街道办事处；撤销西新桥街道办事处，将其与荷花池街道办事处合并设立荷花池街道办事处；北港、西林街道办事处和新闸镇原行政区划不变。调整后，钟楼区辖1个镇、6个街道办事处。同年，常州市行政中心从市区原局前街180号整体搬迁至位于常州高新技术产业开发区内的龙江大道1280号新址；10月8日起全面对外办公。2006年末全市户籍人口354.67万人，常住人口425.69万人。
2007年，常州市行政区划调整共涉及2个辖市、3个区：金坛市由15个镇调整为7个镇；溧阳市由17个镇调整为10个镇；武进区由23个镇调整为14个镇、1个街道；此外，钟楼区新闸镇，戚墅堰区丁堰镇、潞城镇成建制改设街道办事处。按照以上方案进行调整，全市镇的数量将减少42.2%%，平均面积从调整前的45.8平方千米增至100.38平方千米，平均人口从4.1万人增至6.67万人。完成调整后，全市共有37个镇、20个街道。
2013年末，常州市户籍人口365.91万人，其中市区人口231.73万人。辖武进、新北、天宁、钟楼、戚墅堰5区，代管金坛、溧阳2市，共有37个镇、21个街道。
2015年4月28日，《国务院关于同意江苏省调整常州市部分行政区划的批复》（国函[2015]75号）：一、同意撤销常州市武进区和戚墅堰区，设立新的武进区，以原武进区（不含奔牛镇、郑陆镇、邹区镇）和戚墅堰区的行政区域为设立的武进区的行政区域，武进区人民政府驻湖塘镇延政中大道28号。二、同意撤销县级金坛市，设立常州市金坛区，以原金坛市的行政区域为金坛区的行政区域，金坛区人民政府驻西城街道华阳南路88号。三、同意将原武进区的奔牛镇划归常州市新北区管辖，将原武进区的郑陆镇划归常州市天宁区管辖，将原武进区的邹区镇划归常州市钟楼区管辖。在撤销戚墅堰区的同时，经省政府批准，将戚墅堰经济开发区更名为江苏常州经济开发区。市政府决定，常州经开区管委会作为市政府的派出机构，委托新的武进区管理，新的武进区所属戚墅堰、丁堰、潞城三个街道和横山桥、横林、遥观三镇委托常州经开区管理。