商、周时称取虑国，秦时设取虑县，自汉代起先后称睢陵县、陵县、北陵县、晋陵县等。金兴定二年（1218年）以宿迁县古城置睢宁县，取“睢水安宁”之意。1949年后先后隶属淮阴专区、徐州专区，1983年改属徐州市至今。
2000年4月1日，徐州市人民政府批准调整睢宁县乡镇行政区划：（1）撤销苏塘乡，将其原辖区域并人王集镇，实行镇管村体制，镇政府驻王西村。区划调整后王集镇行政区域131.5平方千米，人口7.31万，辖44个村委会、1个场圃。（2）撤销张圩乡、姚集乡，将这两个乡的原辖区域合并设立姚集镇，实行镇管村体制，镇政府驻郭卢村。区划调整后姚集镇行政区域167.7平方千米，人口9.32万，辖58个村委会、1个场圃。（3）撤销龙集乡、庆安乡，将这两个乡的原辖区域合并设立庆安镇，实行镇管村体制，镇政府驻匡桥村。区划调整后庆安镇行政区域127.2平方千米，人口6.81万，辖50个村委会。（4）撤销刘圩乡、梁集乡，将这两个乡的原辖区域合并设立梁集镇，实行镇管村体制，镇政府驻梁北村。区划调整后梁集镇行政区域98.9平方千米，人口7.24万，辖40个村委会。（5）撤销睢河镇，将其原辖区域并入睢城镇，镇政府驻睢城。区划调整后睢城镇行政区域109.6平方千米，人口17.4万，辖10个居委会、40个村委会。（6）撤销高集乡，将其原辖区域并入岚山镇，实行镇管村体制，镇政府驻岚山村。区划调整后岚山镇行政区域128.2平方千米，人口7.44万，辖46个村委会。（7）撤销朱集乡，将其原辖区域并入桃园镇，实行镇管村体制，镇政府驻桃园村。区划调整后桃园镇行政区域119.2平方千米，人口8.02万，辖49个村委会。（8）撤销官山乡、黄圩镇，将这两个乡镇的原辖区域合并设立官山镇，实行镇管村体制，镇政府驻官北村。区划调整后官山镇行政区域125.2平方千米，人口7.46万，辖40个村委会。（9）撤销王林镇，将其原辖区域并入邱集镇，镇政府驻邱集村。区划调整后邱集镇行政区域143平方千米，人口10.1万，辖50个村委会、1个场圃。（10）撤销浦棠乡，将其原辖区域并入魏集镇，实行镇管村体制，镇政府驻集北村。区划调整后魏集镇行政区域130平方千米，人口7.41万，辖43个村委会、1个场圃。（11）保留李集镇、凌城镇、沙集镇、高作镇、古邳镇、沟镇，其行政区域和镇政府驻地不变。（12）行政区划调整后，全县辖16个镇：睢城镇、王集镇、姚集镇、庆安镇、梁集镇、岚山镇、桃园镇、官山镇、邱集镇、魏集镇、李集镇、凌城镇、沙集镇、高作镇、古邳镇、双沟镇。
2000年第五次人口普查，睢宁县总人口1217820人，其中：睢城镇175615人，王集镇73472人，双沟镇56104人，岚山镇72109人，李集镇50026人，桃园镇76389人，官山镇73662人，高作镇55698人，沙集镇55794人，凌城镇71930人，邱集镇95506人，古邳镇63920人，姚集镇90368人，魏集镇70075人，粱集镇70840人，庆安镇66312人。
2005年1月，睢宁县面积1767平方千米，人口131.8万人。辖16个镇，15个居委会、386个村委会。
2009年末，睢宁县总面积1767平方千米、总人口34.49万户、132.91万人，其中：睢城镇面积107.6平方千米、人口192570人，王集镇面积131.52平方千米、人口77160人，双沟镇面积95.27平方千米、人口57332人，岚山镇面积128.37平方千米、人口74945人，李集镇面积63.68平方千米、人口52282人，桃园镇面积109平方千米、人口74523人，官山镇面积125.28平方千米、人口77428人，高作镇面积62.27平方千米、人口53725人，沙集镇面积40平方千米、人口55007人，凌城镇面积93.65平方千米、人口76434人，邱集镇面积140.79平方千米、人口104008人，古邳镇面积112平方千米、人口73002人，姚集镇面积167平方千米、人口92046人，魏集镇面积129.38平方千米、人口72397人，梁集镇面积98.89平方千米、人口76380人，庆安镇面积115.71平方千米、人口72337人。（数据来源于《江苏省统计年鉴》）