原系无锡县大同、和平、靖复、博爱4镇地。1951年设立无锡市第三区。1956年改名为南长区，以境内道路南长街命名。1958年西新区南片并入。1960年改南长公社。1962年复称南长区。
1996年，南长区面积13.2平方千米，人口21.3万人。辖6个街道：长街街道、迎龙桥街道、 谈渡桥街道、 通扬桥街道、 清扬路街道、清名桥街道。区政府驻南长街86号。
2000年第五次人口普查，南长区总人口214407人，区划：迎龙桥街道27227人，谈渡桥街道23126人，长街街道57576人，清名桥街道21394人，清扬路街道44630人，通扬桥街道40454人。
2002年春，将滨湖区的扬名镇、中桥街道、芦庄街道划归南长区管辖。调整后，南长区辖8个街道、1个镇：长街街道、迎龙桥街道、谈渡桥街道、通扬桥街道、清扬路街道、清名桥街道、中桥街道、芦庄街道、扬名镇。
2004年，南长区行政区划调整：谈渡桥街道并入迎龙桥街道；原长街街道和通扬桥街道合并为南禅寺街道；清扬路街道并入清名桥街道；撤销扬名镇，设立扬名街道办事处，管理9个村委会；原扬名镇划出两部分区域，一部分与芦庄街道合并改建为金匮街道，一部分与中桥街道合并改建为金星街道。
2005年，南长区辖6个街道：南禅寺街道、迎龙桥街道、清名桥街道、金星街道、金匮街道、扬名街道。共有50个社区、4个家委会、3个村委会。
2009年末，南长区总面积22平方千米、总人口33.58万人。
2011年末，南长区面积23.9平方千米，人口328670人。辖扬名、金星、金匮、迎龙桥、清名桥、南禅寺6街道，共有55个社区。区政府驻永丰路1号。
附：2003年南长行政区划（根据《江苏省2003年底村及村以上代码》整理）迎龙桥街道：辖社区（锡惠里、水车湾、开源、湖滨、梁溪、迎南、德溪、锡山、五爱家园第一、五爱家园第二）。
谈渡桥街道：辖社区（宋巷、前夹城、新夹城、振新路、耕渎桥、谈渡桥）。
清名桥街道：辖社区（清名桥、界泾桥、伯渎港、叙丰里、广南里、锦江苑、大窑路、前塘浜、水仙里、塘泾桥）。
长街街道：辖社区（永胜、风光里、新桥、井亭、柴机、北长街、日晖桥、跨塘桥、塘南新村第一、塘南新村第二、兴竹、南苑、杨巷、妙光、槐古桥、绿塔路）。
清扬路街道：辖社区（南扬新村、清名新村、翠云新村、清扬新村第一、清扬新村第二、沁园新村第一、沁园新村第二、沁园新村第三、沁园新村第四、沁园新村第五、沁园新村第六、沁园新村第七）。
通扬桥街道：辖社区（扬名、通扬、新江南、大庄里、扬北、曹张新村第一、曹张新村第二、曹张新村第三、曹张新村第四、曹张新村第五、银杏苑、新世纪花园）。
中桥街道：辖社区（中桥一村、中桥二村第一、中桥二村第二、中南新村、中桥三村、中联新村、金城新村、翠园新村、新中北、中星苑）；家委会（无锡职业技术学院、无锡市纺织供应站、地质部无锡钻探工具厂）。
芦庄街道：辖社区（芦庄第一、芦庄第二、芦庄第三、芦庄第四、芦庄第五、芦庄第六、芦庄第七、芦庄第八、芦庄第九）；新苏机械厂家委会。
扬名镇：辖村委会（五爱、五星、清一、清二、扬名、金星、新联、芦村、梁中）。
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