2013年2月8日，《国务院关于同意江苏省调整南京市部分行政区划的批复》（国函[2013]24号）同意撤销南京市鼓楼区、下关区，设立新的南京市鼓楼区。以原鼓楼区、下关区的行政区域为新的鼓楼区的行政区域。鼓楼区人民政府驻宁海路街道山西路124号。调整前，鼓楼区面积24.65平方千米，人口64.62万人，辖7个街道；下关区面积28.35平方千米，人口31.04万人，辖6个街道。调整后，新的鼓楼区面积53平方千米，人口95.66万人，辖13个街道。
【原鼓楼区沿革】
鼓楼区历史源远流长，是南京城区开发较早的地区之一，五六千年前就有许多处原始村落存在。周显王三十六年前（前333年），楚威王熊商打败越军后，在石头山置金陵邑，此为鼓楼区境第一个行政建置，也是南京城区建置之始。秦始皇赢政三十七年（前210年），始皇东巡，途经金陵，改金陵邑为秣陵县，并增设江乘县。
汉献帝建安十六年（211年），吴侯孙权自京口（今镇江）移治秣陵，次年改秣陵为建业。晋改建业为秣陵、建邺、建康，南朝均都于此。隋唐降低建康政治地位，由郡降为州，再降为县，兴废无常，名称多变。现区境自五代杨吴天祐十四年（917年）至清末，始终为江宁、上元两县管辖。明初，筑南京城墙，区境主体部分圈入内城，其余部分也在外廓之内。
鼓楼建区始于民国22年（1933年）3月，始称南京市第六区，当时所辖范围，汉口路以南和草场门以西不在现区内。1939年，伪维新政府时南界始推至汉中路。1945年，玄武湖一带划入区境，区域范围扩大。解放后，1950年成立新五区时，中央路以东及玄武湖全部划出。1955年始建鼓楼区。因境内有明代所建“鼓楼”而得名。1960年，实行人民公社政社合一体制时，城区带郊区，栖霞人民公社的燕子矶镇、迈皋桥镇、晓庄农（林）场及下关人民公社的小市镇划归鼓楼人民公社管辖，1961年后陆续交还栖霞区或市管。
1995年，将雨花台区江东镇建制及江东镇所辖的清江、江东、河北3个行政村和中保村南半部分，以及江东门、新河口、二道桥3个居委会，划归鼓楼区管辖。将鼓楼区中央路东侧廖家巷、大树根、后大树根、中央门4个居委会划入玄武区玄武门街道办事处管辖。
1996年，鼓楼区面积25.8千米，人口44万人，区政府驻山西路124号。10个街道：华侨路街道、五台山街道、宁海路街道、鼓楼街道、丁家桥街道、中央门街道、三牌楼街道、水佐岗街道、挹江门街道、江东街道。
2000年第五次人口普查，鼓楼区常住总人口633188人，其中：水佐岗街道68498人、华侨路街道36588人、五台山街道68941人、宁海路街道64756人、鼓楼街道41611人、湖南路街道38913人、中央门街道62461人、三牌楼街道63836人、挹江门街道71396人、江东街道116188人。
2002年10月，南京市委、市政府对建邺、白下、鼓楼、雨花台四区行政区划做部分调整，其中：将建邺区（莫愁湖街道办事处）汉中门大街及其西延至长江段以北部分划归鼓楼区江东街道办事处管辖；鼓楼区汉中门大街及其西延至长江段以南部分划归建邺区兴隆街道办事处管辖。
2003年末，鼓楼区面积25.44平方千米，总人口638224人，总户数171479户。辖7个街道：华侨路街道、宁海路街道、湖南路街道、中央门街道、挹江门街道、江东街道、莫愁湖街道。
鼓楼区位于南京城区西北部，长江下流南岸。东以中央路、中山路为界，与玄武区为邻；南以汉中路、汉中门大街为界，分别与白下区、建邺区接壤；西至长江夹江，与建邺区的江心洲隔水相望；北以护城河、明城墙、定淮门大街一线为界，与下关区相连。是江苏省委、省政府机关所在地。总面积25.44平方千米，其中主城区16.82平方千米，河西新区8.62平方千米。
2007年，南京市政府决定对建邺区、鼓楼区部分行政区划进行调整，将建邺区兴隆街道办事处江东村委会划归鼓楼区江东街道办事处管理。行政区划调整后，两区此段行政区域界线走向为：自汉中门大街中心线与清河路交会处起，折向西南沿清河路中心线至规划的集庆门大街中心线，折向东沿规划的集庆门大街西段中心线至规划的燕山路北段中心线，折向北沿规划的燕山路北段中心线至汉中门大街中心线。行政区划调整后，鼓楼区行政区域面积26.62平方千米，人口68.83万人，辖7个街道办事处；江东街道办事处面积5.21平方千米，人口10.12万人，管理12个居委会、3个村委会；建邺区兴隆街道办事处面积7.03平方千米，人口2.54万人，管理7个居委会、4个村委会。