2013年2月8日，《国务院关于同意江苏省调整南京市部分行政区划的批复》（国函[2013]24号）同意撤销南京市秦淮区、白下区，设立新的南京市秦淮区，以原秦淮区、白下区的行政区域为新的秦淮区的行政区域。秦淮区人民政府驻五老村街道太平南路69号。
调整前，白下区面积26.39平方千米，人口46.24万人，辖7个街道；秦淮区面积22.72平方千米，人口25.38万人，辖5个街道。调整后，新的秦淮区面积49.11平方千米，人口71.62万人，辖12个街道。
【原秦淮区历史沿革】
1933年为南京市第三区，1949年为南京市第四区，1950年改为第三区。1955年更名秦淮区，因秦淮河而得名。1966年改为遵义区，1973年复名秦淮区。
1995年，将雨花台区红花镇和大校场机场用地范围，划归秦淮区管辖。秦淮区面积22.3平方千米，人口约22.2万人，辖5个街道、1个镇：夫子庙街道、饮虹园街道、双塘街道、钓鱼台街道、中华门街道、红花镇。
2000年第五次人口普查，秦淮区总人口292260人，其中：秦虹街道43566人、夫子庙街道44075人、饮虹园街道41473人、双塘街道51736人、钓鱼台街道32967人、中华门街道23929人、红花镇54514人。
2009年末，秦淮区总面积23平方千米、总人口25.33万人。辖5个街道：秦虹街道、夫子庙街道、红花街道、双塘街道、中华门街道。
2010年第六次人口普查，秦淮区常住总人口405955人，其中：秦虹街道81332人，夫子庙街道73308人，红花街道112254人，双塘街道101553人，中华门街迫37508人。
【原白下区历史沿革】
明、清属上元县。1931（一说1933）年为南京市第二区。1955年改称白下区。因唐白下县治、白下路（1930年国民政府第96次国务会议改中正街名白下路）位于境内，故以“白下”作区名。1960年建白下区人民公社， 1962年复称白下区。1967年改名朝阳区，1973年复称白下区。
1995年，将雨花台区石门坎镇，栖霞区孝陵卫镇的苜蓿园、后庄2个行政村，划归白下区管辖。
1996年，白下区面积27.2平方千米，人口30万人。辖7个街道、1个镇：洪武路街道、淮海路街道、建康路街道、五老村街道、大光路街道、瑞金路街道、苜蓿园街道、石门坎镇。区政府驻洪武路街道太平南路太平巷20号。
2000年第五次人口普查，白下区常住总人口369448人，其中：洪武路街道46919人、淮海路街道18265人、建康路街道42255人、五老村街道40513人、大光路街道63199人、瑞金路街道71195人、苜蓿园街道29671人、石门坎镇（光华路街道）57431人。
2002年，将建邺区朝天宫、止马营2个街道划归白下区管辖。
2006年上半年，白下区进行街道体制改革试点，并逐步撤消了具有近50年历史的淮海路街道办事处，由区政府相关职能部门直接派人进驻新成立的社区事务受理中心，为辖区居民服务。
2009年末，白下区总面积26平方千米、总人口46.65万人。辖7个街道：五老村街道、洪武路街道、大光路街道、瑞金路街道、月牙湖街道、光华路街道、朝天宫街道。
2010年第六次人口普查，白下区常住总人口601961人，其中：五老村街道72881人，洪武路街道109385人，大光路街道78475人，瑞金路街道75756人，月牙湖街道70546人，光华路街道84085人，朝天宫街道110833人。