1956年2月，将吉林省长岭县保康镇划归内蒙古自治区科尔沁左翼中旗管辖；吉林省榆树县与黑龙江省双城县的边界以拉林河主流为界，将拉林河以北的榆树县三个自然屯划归双城县管辖；7月，设立怀德专员公署，辖原省直辖的怀德、榆树、农安、扶余、德惠、九台、梨树、伊通、双阳、西安10县；将原省直辖的长岭县、双辽县、前郭尔罗斯蒙古族自治县划归白城专区管辖，将原省直辖的东丰县划归通化专区管辖；将西安县更名为东辽县；10月，将怀德专区更名为公主岭专区；设立公主岭市（县级），以原怀德县公主岭镇的行政区域为公主岭市的行政区域。
1957年1月，撤销长春市的大屯、净月、兴隆山、范家屯四个区，设立郊区；5月，撤销长春市的长春区和头道沟区，其行政区域分别并入南关区和宽城区；7月，撤销吉林市的白山、江南、大屯、九站四个区，设立郊区。
1958年3月，将榆树县光明乡曹大房子屯划归黑龙江省五常县；5月，撤销长白县，设立长白朝鲜族自治县，以原长白县的行政区域为长白朝鲜族自治县的行政区域；10月，撤销公主岭专区，将公主岭专区管辖的榆树县、九台县、农安县、德惠县、双阳县划归长春市管辖；扶余县划归白城专区；设立四平专区，辖原公主岭专区的怀德、梨树、伊通、东辽四县和公主岭市及原省直辖的四平市、辽源市；将原白城专区管辖的双辽县和原通化专区管辖的东丰县划归四平专区管辖，将原省直辖的敦化县划归延边朝鲜族自治州管辖；永吉、舒兰、磐石、桦甸、蛟河5县划归吉林市管辖；11月，设立白城市（县级），以原白城县的白城镇为白城市的行政区域；撤销大赉县与安广县，将大赉县与安广县合并设立大安县，县政府驻地设在大赉镇；撤销开通县与瞻榆县，合并设立通榆县，县政府驻地设在开通镇；撤销白城县与洮南县，合并设立洮安县，县政府驻地设在洮南镇。
1959年3月，撤销吉林市通天区，其行政区域分别并入昌邑区和船营区。
1960年1月，撤销临江县，设立浑江市（县级），以原临江县的行政区域为浑江市的行政区域；撤销通化县，将原通化县的行政区域划归通化市管辖；撤销东辽县，将原东辽县的行政区域划归辽源市管辖；撤销公主岭市，将原公主岭市的行政区域划归怀德县管辖。2月，梨树县驻地由梨树镇迁至郭家店镇；将珲春县的三岔河、小山、桦树枝子划归黑龙江省东宁县。
1962年6月，恢复东辽县，以原东辽县并入辽源市的行政区域为东辽县的行政区域，县政府驻地设在辽源市；恢复通化县，以原通化县并入通化市的行政区域为通化县的行政区域，县政府驻地设在通化市。
1964年4月，将梨树县驻地由郭家店镇迁回梨树镇。6月，撤销吉林市哈达湾区，其行政区域并入昌邑区；撤销吉林市丰满区，设立丰满街道办事处，一部分并入船营区。
1965年1月，将辑安县更名为集安县。3月，设立图们市（县级），以原延吉县的图们镇、汪清县的石砚镇为图们市的行政区域，属延边朝鲜族自治州。
1966年1月，设立德惠专区，辖原长春市管辖的榆树、农安、九台、德惠、双阳五县；设立永吉专区，辖原吉林市管辖的永吉县、舒兰县、磐石县、蛟河县、桦甸县。
1968年2月，吉林省人民委员会更名为吉林省革命委员会；12月，将安图县驻地由明月镇迁至松江镇。
1969年2月，撤销永吉地区，所辖的永吉、舒兰、磐石、蛟河、桦甸五县划归吉林市；5月，撤销东辽县，将其行政区域并入辽源市；7月，撤销德惠地区，所辖的榆树、农安、九台、德惠、双阳五县划归长春市；7月，将内蒙古自治区哲里木盟所辖的通辽市、通辽县、开鲁县、科尔沁左翼中旗、科尔沁左翼后旗、科尔沁右翼中旗、奈曼旗、库伦旗、扎鲁特旗和呼伦贝尔盟的突泉县、科尔沁右翼前旗划归吉林省管辖。10月，将通化县驻地由通化市迁至快大茂镇。
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