县名敦化，取自四书《中庸》“大德敦化”一语。含有“以德治理”之意。一说敦化建县伊始首任知事赵敦諴取其名中“敦”字。原名敖东城（亦称阿克敦城）保留清代古城池的名字。“敖东”系满语“鄂多哩”（又称额多力）的转音，其语意不详。
唐初为忽汗州治。渤海为中京显德府治。公元742～756年为渤海王都城。辽为顺化王部。金属会宁府。元属古州千户所。明清时期称作敖东城，是满清皇室发祥地。清初为额穆赫佐罗，属吉林将军，清光绪八年（1882）为敦化县，属吉林府。1914年属吉林延吉道。1958年划入延边朝鲜族自治州，1985年建敦化市（县级）。
1945年9月成立敦化县民主政府；10月划归吉合区行政委员会延边地区行署管辖；11月10日划归吉林省永吉地区管辖。1946年1月成立敦化县政府，划归吉辽省吉东分省管辖。1946年7月划归吉东专区管辖；将敦化县北部的黄泥河、黑石、额穆、官地、沙河站等地域划出，另置额穆县。1947年2月15日，敦化县隶属吉敦专区（驻敦化）。1947年9月25日属吉东专区，下辖6个区。
1948年3月，吉林省政府撤销额穆县，其所辖地域仍旧划归敦化县建制；3月27日．吉东专区改为延边专区；敦化县下辖12个区，86个村。1948年6月22日，吉林省政府奉东北行政委员会命令，撤销吉南、吉北两个专区，敦化县从延边专区划出，归省直辖。1949年，成立敦化县人民政府。
1954年8月，敦化县辖12个区，85个村。1956年9月，敦化县辖3个镇、27个乡、16个街道；同年，敦化县人民政府更名为敦化县人民委员会。乡、镇人民政府更名为乡、镇人民委员会。1958年，成立18个公社，95个管理区。1962年5月，敦化县辖3个镇、18个公社，计95个生产大队。
1958年10月，敦化县由省直辖划归延边朝鲜族自治州管辖。1968年，撤销敦化县人民委员会，成立敦化县革命委员会。1980年，撤销敦化县革命委员会，成立敦化县人民政府。1980年初，敦化县辖17个公社、3个镇，计327个生产大队，999个生产小队。
1985年2月28日，吉林省人民政府（吉政发[1985]36号）文件通知，国务院2月11日国函字[1985]24号文件批准，撤销敦化县，设立敦化市（县级）。新设立的敦化市，仍由延边朝鲜族自治州管辖。
1985年12月，敦化市辖5个镇、8个乡，计213个生产大队。1988年9月，敦化市辖4个街道、9个镇、11个乡，计182个居委会、380个村委会。1993年10月12日，经吉林省政府批准，撤销马号乡，设立江源镇。
1996年，敦化市面积11962平方千米，人口约47.2万人。辖4个街道、10个镇、10个乡：民主街道、渤海街道、胜利街道、丹江街道、大石头镇、黄泥河镇、官地镇、沙河沿镇、秋梨沟镇、额穆镇、贤儒镇、大蒲柴河镇、大山嘴子镇、江源镇、江东乡、江南乡、大桥乡、沙河桥乡、林胜乡、太平岭乡、黑石乡、青沟子乡、翰章乡、红石乡。共有186个居委会、393个村委会。市政府驻民主街道。
1999年12月13日，省民政厅批复同意，撤销林胜乡，将其所辖行政区域划归官地镇管辖；撤销沙河桥乡，将其所辖行政区域划归沙河沿镇管辖；撤销太平岭乡、江东乡、江南乡，设立江南镇，将原太平岭乡、江东乡、江南乡管辖的行政区域划归江南镇管辖，镇人民政府驻江东。至此，敦化市辖4个街道、11个镇、5个乡：渤海街道、胜利街道、民主街道、丹江街道；官地镇、大石头镇、额穆镇、黄泥河镇、贤儒镇、沙河沿镇、江源镇、秋梨沟镇、江南镇、大蒲柴河镇、大山嘴子镇；大桥乡、黑石乡、翰章乡、黑沟子乡、红石乡。
2000年第五次人口普查，全市总人口480834人，其中：渤海街道54664人、胜利街道47206人、民主街道35505人、丹江街道51456人、大石头镇58987人、黄泥河镇49267人、官地镇36968人、沙河沿镇16765人、秋梨沟镇9335人、额穆镇10696人、贤儒镇12215人、大蒲柴河镇9773人、大山嘴子镇10088人、江源镇10186人、江南镇22870人、大桥乡7482人、黑石乡11040人、青沟子乡5887人、翰章乡11592人、红石乡8852。
2003年10月27日，吉林省民政厅《关于敦化市红石乡政府驻地迁址的批复》（吉民行批[2003]9号）批复，经省政府批准，同意将红石乡政府驻地迁移到红石乡临江村。2003年10月27日，吉林省民政厅《关于敦化市大山嘴子镇更名为雁鸣湖镇的批复》（吉民行批[2003]10号）批复，经省政府批准，同意将大山嘴子镇更名为雁鸣湖镇。2003年11月19日，延边州政府《关于敦化市红石乡政府驻地迁址及大山嘴子镇更名为雁鸣湖镇的批复》（延州政函[2003]283号）同意将红石乡政府驻地迁移到红石乡临江村，并将大山嘴子镇更名为雁鸣湖镇。
2003年末，敦化市面积11957平方千米，总人口483738人，其中非农人口265228人。辖4个街道、11个镇、5个乡：渤海街道、胜利街道、民主街道、丹江街道、大石头镇、黄泥河镇、官地镇、沙河沿镇、秋梨沟镇、额穆镇、贤儒镇、大蒲柴河镇、雁鸣湖镇、江源镇、江南镇、大桥乡、黑石乡、青沟子乡、翰章乡、红石乡，及1个省级经济开发区。
？年，撤销额穆镇发展、丹北、公益3村，分别改为村民小组后并入额穆、靠山、新集3村，同时将原靠山村第一村民小组划到黎明村。至此，全市共有299个行政村。