1988年1月11日，经吉林省政府批准，撤销扶余市的扶余镇，设立新城乡及临江、文化、民主、团结、和平、前进、工农7个街道办事处。1995年，扶余区辖25个乡、10个镇、2个国营农场、10个街道办事处，483个行政村，全区总人口1145011人。
1995年12月，扶余县面积4608平方千米，人口约71.3万人。辖8个镇、18个乡：三岔河镇、五家站镇、三井子镇、蔡家沟镇、弓棚子镇、增盛镇、长春岭镇、陶赖昭镇、三义乡、永平乡、万发乡、肖家乡、二龙山乡、石桥乡、伊家店乡、徐家店乡、更新乡、大林子乡、新站乡、四马架乡、社里乡、新城局乡、大三家子乡、榆树沟乡、七家子乡、拉林乡。共有53个居委会、393个村委会。另有国营伊家店农场和两个灌区。县政府驻三岔河镇。
2000年第五次人口普查，全县总人口733746人，其中：长春岭镇32586人、五家站镇43057人、陶赖昭镇32235人、三岔河镇84194人、蔡家沟镇36833人、弓棚子镇28341人、三井子镇26854人、增盛镇34639人、四马架乡27018人、永平乡29294人、社里乡24296人、新站乡25204人、万发乡34304人、更新乡25199人、大林乡25715人、徐家店乡19155人、伊家店乡23620人、石桥乡20691人、三义乡18262人、肖家乡21162人、榆树沟乡22836人、新成局乡23936人、七家子乡17725人、大三家子乡21812人、二龙山乡16738人、拉林乡14428人、伊家店农场3612人。
2001年7月9日，经吉林省政府批准，吉林省民政厅下发（吉民行批[2001]2号）文件：撤销大林子乡，设立大林子镇；撤销万发乡，设立新万发镇；撤乡建镇后，所辖行政区域和政府驻地不变。2001年9月25日，经吉林省政府批准，吉林省民政厅下发（吉民行批[2001]9号）文件，撤销七家子乡，设立新源镇，辖原七家子乡行政区域；撤乡建镇后，镇政府驻地不变。至此，扶余县辖11个镇、15个乡。
2003年末，扶余县面积4673平方千米（根据《吉林年鉴2003》），总人口75万人，其中农业人口68万人。辖11个镇、15个乡：三岔河镇、三井子镇、蔡家沟镇、五家站镇、增盛镇、弓棚子镇、长春岭镇、陶赖昭镇、新万发镇、大林子镇、新源镇、三义乡、永平乡、肖家乡、二龙山乡、石桥乡、伊家店乡、徐家店乡、更新乡、四马架乡、新站乡、社里乡、新城局乡、大三家子乡、榆树沟乡、拉林乡。1个国营农场、2个灌区。
2004年，扶余县辖11个镇、15个乡：三岔河镇、长春岭镇、五家站镇、陶赖昭镇、蔡家沟镇、弓棚子镇、三井子镇、增盛镇、新万发镇、大林子镇、新源镇、四马架乡、永平乡、社里乡、新站乡、更新乡、徐家店乡、伊家店乡、石桥乡、三义乡、肖家乡、榆树沟乡、新城局乡、大三家子乡、二龙山乡、拉林乡。1个国营农场、2个灌区。
2005年9月9日，吉林省民政厅（吉民行批[2005]22号）批复，经省政府批准，同意对扶余县部分乡镇行政区划作如下调整：（一）撤销二龙山乡，将其所辖行政区域划归三井子镇管辖。（二）撤销拉林乡，将其所辖行政区域划归弓棚子镇管辖。（三）撤销榆树沟乡，将其所辖行政区域划归肖家乡管辖。（四）撤销石桥乡，将其所辖行政区域划归长春岭镇管辖。（五）撤销徐家店乡，将其所辖行政区域划归伊家店乡管辖。（六）撤销三义乡，将其所辖行政区域划归四马架乡管辖，合并后设立四马架满族蒙古族锡伯族乡。（七）撤销大三家子乡，将其所辖行政区域划归陶赖昭镇管辖。（八）撤销新城局乡，将其所辖行政区域划归三岔河镇管辖。2005年10月25日，吉林省民政厅（吉民行批[2005]39号）批复，经省政府批准，同意将扶余县四马架满族蒙古族锡伯族乡更名为三骏满族蒙古族锡伯族乡。
2006年，将社里乡划归松原市宁江区。2007年4月2日，经省政府批准，将扶余县社里乡所辖行政区域划归宁江区管辖。（是否实施？）
2006？年，扶余县辖三骏乡、永平乡、新站乡、更新乡、伊家店乡、肖家乡等6个乡，长春岭镇、五家站镇、陶赖昭镇、蔡家沟镇、三岔河镇、弓棚子镇、三井子镇、增盛镇、大林子镇、新万发镇、新源镇等11个建制镇。另有国营伊家店农场和两个灌区。共有415个行政村。全县总人口735727人，182696户，其中农业人口663106人、城镇人口72621人，少数民族有9740人。
2009年4月2日，吉林省民政厅（吉民行批[2009]2号）批复，经省政府批准，同意撤销伊家店乡，设立得胜镇，所辖行政区域不变。全县现辖12个镇、5个乡、1个民族乡：三岔河镇、长春岭镇、五家站镇、陶赖昭镇、蔡家沟镇、弓棚子镇、三井子镇、增盛镇、新万发镇、大林子镇、新源镇、得胜镇、三骏满族蒙古族锡伯族乡、永平乡、社里乡、新站乡、更新乡、肖家乡