传说在很久以前，有一条大河横贯于此地，在河中曾经出现过一条纹龙，于是人们将这条河取名为蛟河。县名由此而得名。原名额穆取于上名额穆赫索罗。额穆赫索罗是旧时代的军事台站。“额穆赫”本为满语“俄摩贺”的音转，即“水滨”之意。“索罗”系满语“十人之戍所”。清乾隆元年（1736）设额穆索罗站，属宁古塔将军辖地。清宣统元年（1909）置额穆县，治所在额穆索罗，隶属吉林省东南路道。民国3年（1914）隶属吉林省延吉道，1929年属直隶省。额穆县政府改称额穆县公署，1934年迁治蛟河镇。
1939年10月改称蛟河县。1945年11月13日成立蛟河县民主政府，划归吉合区行政委员会吉林地区管辖。12月，划归吉林省永吉地区管辖。1946年2月，划归吉林省吉东专区管辖。1947年4月，划归吉敦专区管辖。9月改为吉林省直辖县。1949年8月成立蛟河县人民政府，1955年4月改为蛟河县人民委员会。1958年10月23日，将省直辖的蛟河县划归吉林市管辖。1966年1月10日，划归永吉专区管辖。
1967年3月5日，蛟河县委、县人委停止工作，由县武装部成立县生产指挥部，行使政府职权。1968年2月，撤销蛟河县人民委员会，成立蛟河县革命委员会。1969年2月23日，撤销永吉专区，蛟河县改为吉林市辖县。1980年10月，撤销蛟河县革命委员会，成立蛟河县人民政府。1989年9月28日，吉林省人民政府通知：经国务院批准，同意撤销蛟河县，设立蛟河市（县级），由省直辖。蛟河市设立后，暂由吉林市代管。
1945年12月，蛟河县辖蛟河、乌林、奶子山等12个区，区下辖114个村。1947年10月，将永吉县所辖天南、天北两区划归蛟河县管辖。12月，成立天岗特区，辖天南、天北、天岗、江密峰、烧锅区。1949年8月，将桦甸县横道子区划入蛟河县，天岗特区撤销，将江密锋，烧锅区划归永吉县。1950年，将各区名重新按序数命名，共分16个区。1954年9月12日，撤销14个区（保留一三区），划分为42个行政村。
1954年10月，将新站村改设为新站镇。调整后，全县辖2个区，1个镇，41个村。1955年4月，区、镇均改称人民委员会，6月一区改称蛟河镇。7月，撤销松花村。全县40个村改为乡。调整后，全县辖1个矿区（奶子山）、2个镇、40个乡。1956年，将矿区改为奶子山镇。1958年8月，将40个乡合并为15个乡。1958年10月1日，将3个镇、15个乡改称18个作业区。1959年4月，将18个作业区改称18个公社。
1967年3月，18个公社先后成立生产指挥小组。1968年，18个公社生产摧挥小组相继成立公社革委会。1979年3月，改蛟河、奶子山镇公社为蛟河镇、奶子山镇革委会。新站公社析出新站镇革委会，增设镇郊公社。至此全县共有20个社、镇。1980年12月，蛟河县辖3个镇，17个公社；242个生产大队、1454个生产小队。1983年7月，政社分开，全县辖3个镇、16个乡、1个镇郊公社。同年，横道子公社改称漂河乡。
1984年2月，镇郊公社并入蛟河镇。同年12月，将天岗、白石山、漂河3个乡改为天岗、白石山、漂河3个镇。1985年3月，新站乡并入新站镇。至此，全县辖6个镇、12个乡。1987年1日16日，经吉林省政府批准，撤销黄松甸乡，设立黄松甸镇。1988年9月16日，经吉林省政府批准，撤销奶子山镇，将其管辖区域并入蛟河镇。1989年12月23日，经吉林省政府批准，撤销蛟河镇，设立民主、长安、河南、中岗、奶子山5个街道。
1992年11月21日，经吉林省政府批准，撤销松江、天北、拉法3乡，设立松江、天北、拉法3镇。1995年12月，蛟河市辖5个街道、8个镇、8个乡：民主街道、河南街道、奶子山街道、中岗街道、长安街道、新站镇、天岗镇、天北镇、白石山镇、漂河镇、拉法镇、松江镇、黄松甸镇、龙凤乡、南岗子乡、前进乡、青背乡、乌林朝鲜族乡、天南乡、池水乡、新农乡；共有129个居委会、258个村委会。市政府驻民主街道。
1997年10月29日，经吉林省政府批准，将池水乡的团结村、德河沟村、拉法镇的新民村、先锋村、新农乡的西荒地村、新屯村划入蛟河城区；同时对蛟河市各街道所辖的村进行调整。1998年3月12日，经吉林省政府批准，撤销天南乡，设立庆岭镇。至此，蛟河市辖5个街道、9个镇、6个乡。
2000年第五次人口普查，全市总人口474109人，其中：民主街道35272人、长安街道45464人、河南街道14643人、中岗街道30231人、奶子山街道17026人、新站镇39629人、天岗镇32139人、白石山镇43680人、漂河镇21879人、黄松甸镇22492人、拉法镇22767人、天北镇24728人、松江镇21954人、庆岭镇18853人、乌林乡11771人、南岗子乡12697人、前进乡13741人、池水乡12249人、青背乡15565人、新农乡17329人。
2000年，撤销中岗街道，并入奶子山街道。2001年，撤销龙凤乡，并入新站镇管辖。2002年，蛟河市辖5个街道、9个镇、6个乡。总人口46．7万人，其中非农业人口为17万人；朝鲜、满、回、蒙古、锡伯、壮、土家等18个少数民族人口约4万余人。
2003年底，蛟河市面积6429平方千米。总人口约47万人，其中农业人口29万人。辖4个街道、9个镇、6个乡：河南街道、奶子山街道、民主街道、长安街道、新站镇、天岗镇、白石山镇、漂河镇、黄松甸镇、拉法镇、天北镇、松江镇、庆岭镇、南岗子乡、前进乡、池水乡、青背乡、新农乡、乌林朝鲜族乡。共有256个行政村。
2005年，经吉林省政府批准、吉林市政府同意，蛟河市撤销池水乡，设立河北街道。撤乡设街后，将原河南街道的团结村和新立屯并入河北街道，原河南街道新胜村的仁和社、姜家崴子汉族社并入团结村，原河南街道先锋村的河北社和姜家崴子朝鲜族社并入新立屯。调整后的河北街道辖两个村，面积13.46平方千米，总人口5260人，其中非农人口640人。原河南街道小八家子村划归长安街道，原奶子山街道的新立、安乐等7个村并入河南街道，原池水乡的8个村全部并入河南街道。调整后的河南街道辖26个村，面积315.4平方千米，总人口31171人，其中非农人口2348人。长安街道、奶子山街道所辖村也做了相应调整。
2005年9月9日，吉林省民政厅（吉民行批[2005]29号）批复，经省政府批准，同意对蛟河市部分乡镇行政区划作如下调整：（一）撤销青背乡，将其所辖行政区域划归漂河镇管辖。（二）撤销新农乡，设立新农街道办事处，将原新农乡所辖行政区域划归新农街道办事处管辖。（三）撤销拉法镇，设立拉法街道办事处，将原拉法镇所辖行政区域划归拉法街道办事处管辖。（四）撤销南岗子乡，将其所辖行政区域划归乌林朝鲜族乡管辖。
2006年，正式撤销青背乡、南岗子乡、新农乡和拉法镇：青背乡整体并入漂河镇；南岗子乡的16个行政村分别划入前进乡和乌林乡；新农乡和拉法镇则变更为街道办事处。至此，全市乡镇数量已由16个撤并到10个，平均面积由原来的379平方千米增加到550平方千米，平均人口由原来的20627人增加到27737人。