据《今县释名》：“五代时蛮置保靖州，明为保靖宣慰司”，清置保靖县。因此地古为少数民族居聚区，取永保安宁之意。
汉高祖五年（前202）属武陵郡，置迁陵县。西汉改迁陵为迁陆。东汉复名迁陵县。南朝齐改零陵县。南北朝祯明三年（589）并入大乡县。唐观贞九年（635）分大乡，置三亭县，治所迁陵镇；先后属辰州、溪州辖。天授二年（691）改洛浦县；先属溪州。唐至德三年（758）改溪州地。宋建隆六年（960）命名为羁縻保静州。元初，改静为靖，称保靖州。元二十六年（1366）置保靖州军民安抚司。
明洪武元年（1368）改保靖军民宣慰司，洪武六年（1373）升为保靖军民宣慰使司，属湖广行政使司，后改属湖广都司领长官司、五寨长官司及竿子坪长官司。清雍正七年置保靖县，属永顺府，1914－1922年属沅区道，1938－1939年属第八行政督察区。1949年属湘西行署永顺专署，1952年属湘西苗族自治区，1957年属湘西土家族苗族自治州。
1996年，保靖县面积1761平方千米，人口约26.7万人，其中少数民族占81%。辖5个镇、20个乡：迁陵镇、毛沟镇、复兴镇、水田河镇、葫芦镇、阳朝乡、梅花乡、水银乡、涂乍乡、仙仁乡、比耳乡、黄连乡、马王乡、拔茅乡、隆头乡、簸箕乡、野竹坪乡、清水乡、大妥乡、龙溪乡、普戎乡、昂洞乡、中心乡、堂朗乡、夯沙乡。县政府驻迁陵镇。
比耳乡、黄连乡（改清水坪镇）、野竹坪乡、普戎乡先后撤乡设镇。调整后，保靖县辖9个镇、16个乡：迁陵镇、复兴镇、毛沟镇、比耳镇、葫芦镇、普戎镇、野竹坪镇、水田河镇、清水坪镇、隆头乡、梅花乡、涂乍乡、中心乡、马王乡、水银乡、清水乡、龙溪乡、阳朝乡、拔茅乡、仙仁乡、夯沙乡、簸箕乡、堂朗乡、大妥乡、昂洞乡。
2000年第五次人口普查，保靖县常住总人口260034人，其中，迁陵镇12725人，比耳镇11218人，清水坪镇8911人，毛沟镇16558人，野竹坪镇10779人，复兴镇8495人，普戎镇12788人，水田河镇8903人，葫芦镇29428人，马王乡13633人，拔茅乡10846人，隆头乡8771人，簸箕乡7013人，清水乡3894人，大妥乡16702人，龙溪乡10318人，昂洞乡10538人，阳朝乡8782人，水银乡6673人，涂乍乡5999人，仙仁乡6036人，中心乡8608人，堂朗乡4562人，夯沙乡9176人，梅花乡8678人。
2005年8月17日，省政府行文批复同意保靖县乡镇行政区划调整方案，全县25个乡镇调整为16个乡镇，撤销原建制17个，新组建8个，保留8个：梅花乡、龙溪乡、迁陵镇合并设立迁陵镇，镇政府驻政兴路9号；马王乡、清水坪镇合并设立清水坪镇，镇政府驻清水坪；隆头乡、比耳镇合并设立比耳镇，镇政府驻比耳；簸箕乡、毛沟镇合并设立毛沟镇，镇政府驻毛沟寨；仙仁乡、阳朝乡合并设立阳朝乡，乡政府驻阳朝；中心乡、水田河镇合并设立水田河镇，镇政府驻水田河；堂朗乡、葫芦镇合并设立葫芦镇，镇政府驻葫芦寨；昂洞乡、拔茅乡合并设立碗米坡乡，并撤乡设镇，镇政府驻拔茅寨。6月22日，县政府行文对撤并村进行批复，全县368个行政村依法撤并为195个；其中清水乡由原14个村调整为9个。至此，保靖县区划调整工作基本完成。全县辖10个镇、6个乡：迁陵镇、水田河镇、葫芦镇、毛沟镇、普戎镇、比耳镇、清水坪镇、野竹坪镇、复兴镇、碗米坡镇、阳朝乡、水银乡、涂乍乡、大妥乡、夯沙乡、清水乡。
2010年第六次人口普查，保靖县常住总人口278169人，其中，普戎镇12256人，野竹坪镇9071人，复兴镇15661人，迁陵镇63403人，清水坪镇21700人，比耳镇13898人，毛沟镇26432人，水田河镇19591人，葫芦镇15236人，碗米坡镇19307人，水银乡8083人，涂乍乡6858人，大妥乡16813人，夯沙乡5246人，清水乡7566人，阳朝乡16637人，扁朝牧场213人，白云山农垦场74人，钟灵山工业园124人。
2015年11月30日，省民政厅（湘民行发[2015]114号）批复同意保靖县乡镇区划调整方案：撤销迁陵、毛沟、复兴、水田河、葫芦、野竹坪、比耳、清水坪、碗米坡9个镇以及阳朝、水银、涂乍、清水、大妥、夯沙6个乡，新设立迁陵、毛沟、复兴、水田河、葫芦、比耳、清水坪、碗米坡、吕洞山9个镇以及阳朝、长潭河2个乡。调整后，全县辖10个镇、2个乡：迁陵镇、水田河镇、葫芦镇、毛沟镇、普戎镇、比耳镇、清水坪镇、复兴镇、碗米坡镇、吕洞山镇、阳朝乡、长潭河乡。总面积1745.88平方千米，总人口31.26万人。