县在酉水支流花垣河流域，故名。秦属黔中郡。汉属武陵郡。隋属辰州。唐为溪州。宋属辰州沪溪郡。元为沪溪郡和保靖县宣慰司辖地。明设崇山卫。清设永绥直隶厅，1913年废厅设永绥县，1953年更名花垣县。
1996年，花垣县面积1108.69平方千米，人口约25.7万人，苗族占总人口的89%。辖7个镇、14个乡：花垣镇、茶洞镇、团结镇、民乐镇、龙潭镇、吉卫镇、麻栗场镇、长乐乡、窝勺乡、雅酉乡、雅桥乡、排碧乡、猫儿乡、排料乡、补抽乡、排吾乡、两河乡、道二乡、董马库乡、大河坪乡、大龙洞乡。县政府驻花垣镇。
2000年第五次人口普查，花垣县常住总人口253750人，其中，花垣镇51110人，茶洞镇14040人，龙潭镇12845人，民乐镇12162人，团结镇18304人，吉卫镇14715人，麻力场镇14208人，长乐乡12329人，大河坪乡6587人，雅酉乡6887人，雅桥乡7517人，排碧乡8717人，董马库乡9632人，猫儿乡12730人，窝勺乡9345人，补抽乡8932人，道二乡8553人，排吾乡7785人，排料乡5627人，两河乡8900人，大龙洞乡2825人。
2004年，花垣县辖8个镇、13个乡：花垣镇、茶洞镇、龙潭镇、民乐镇、团结镇、吉卫镇、麻栗场镇、雅酉镇、长乐乡、大河坪乡、两河乡、大龙洞乡、排碧乡、董马库乡、猫儿乡、窝勺乡、补抽乡、道二乡、排吾乡、排料乡、雅桥乡。
2005年，花垣县调整乡镇行政区划：将4个乡、2个镇合并设立1个乡、2个镇，1个镇更名，共减少3个乡。具体调整如下：茶峒镇更名为边城镇；大龙洞乡、补抽乡合并设立补抽乡，乡政府驻大哨；大河坪乡、边城镇合并设立边城镇，镇政府驻小桥；窝勺乡、花垣镇合并设立花垣镇，镇政府驻登高楼。调整后，花垣县辖8个镇、10个乡：龙潭镇、民乐镇、团结镇、吉卫镇、麻栗场镇、雅酉镇、边城镇、花垣镇、长乐乡、两河乡、排碧乡、董马库乡、猫儿乡、道二乡、排吾乡、排料乡、雅桥乡、补抽乡。
2010年第六次人口普查，花垣县常住总人口288581人，其中，龙潭镇14599人，民乐镇15739人，团结镇19278人，吉卫镇15731人，麻栗场镇13640人，雅西镇7406人，边城镇21860人，花垣镇81199人，长乐乡12916人，两河乡9909人，排碧乡8712人，董马库乡9970人，猫儿乡13933人，道二乡9899人，排吾乡8469人，排料乡5373人，雅桥乡7662人，补抽乡12286人。
2015年11月30日，省民政厅（湘民行发[2015]116号）批复同意花垣县乡镇区划调整方案：团结镇、道二乡、花垣镇成建制合并设立花垣镇；两河乡、民乐镇成建制合并设立民乐镇。排料乡、排碧乡和董马库乡成建制合并，合并后撤乡设镇设双龙镇；排吾乡、雅桥乡成建制合并，合并后撤乡设镇设石栏镇。调整后，花垣县辖9个镇、3个乡：龙潭镇、民乐镇、吉卫镇、麻栗场镇、雅酉镇、边城镇、花垣镇、双龙镇、石栏镇、长乐乡、猫儿乡、补抽乡。总面积1108.69平方千米，总人口30.9万人。