1945年11月初，中共嫩江地区工作委员会派干部到达黑河，成立黑河地区行政办事处，始冠“嫩江省”，同年12月4日正式改为黑龙江省政府黑河地区行政办事处，驻瑷珲县黑河镇。1946年8月12日，黑龙江省政府决定，改为黑河行政督察专员公署，驻黑河镇，领导瑷珲、呼玛、鸥浦、漠河、孙吴、逊克、乌云7县。1947年2月，黑龙江、嫩江两省合并成立黑嫩联合省，全省划分为5个专区。第五专区设在黑河，管辖原黑河行政区所属各县。之后，鸥浦、漠河、乌云3县相继撤销。同年9月，黑嫩联合省重新划分为黑龙江省和嫩江省，原黑嫩联合省第五专区改为黑河专区，隶属黑龙江省，管辖瑷珲、呼玛、逊克、孙吴4县。1949年5月，省市建制调整时，将松江省的佛山县划归黑龙江省后，隶属黑河专区管辖，全专区共辖5县，黑龙江省俗称“北五县”。
1949年12月，东北行政委员会根据佛山县系金矿地区的特点，为便于领导金矿生产，决定将佛山县划归松江省管辖，于1950年3月正式办理移交手续。是年，按照中央人民政府政务院的规定，将黑河行政督察专员公署改为黑河专员公署，为黑龙江省人民政府的派出机关。由于佛山县距松江省政府所在地较远，领导不便，经两省协商，并经东北人民政府层报中央人民政府政务院于1952年12月核准，1953年3月又将松江省的佛山县划归黑龙江省管辖，仍隶黑河专区。1954年8月，松江、黑龙江两省合并为黑龙江省后，仍保留黑河专区，管辖范围不变。1955年和1956年，佛山县更名为嘉荫县，瑷珲县改为爱辉县。1960年1月，将新设置的北安市划归黑河专区管辖。1963年6月，撤销北安市，恢复北安、德都两县。是时，全专区共辖爱辉、呼玛、逊克、孙吴、嘉荫、北安、德都7县。
1967年4月，黑龙江省革命委员会批准，成立黑河地区革命委员会，黑河专员公署正式撤销，黑河专区遂改为黑河地区，地区革委会驻爱辉县黑河镇。1969年10月，为适应战备形势的需要，黑河地区革委会迁驻北安县北安镇。1970年4月，将嘉荫县划归伊春地区管辖，将呼玛县划归大兴安岭地区管辖，将嫩江地区所属的嫩江县划归黑河地区管辖。翌年7年，黑河地区革委会迁驻嫩江县嫩江镇，1972年7月迁回爱辉县黑河镇。1979年2月，根据新《宪法》的规定，将黑河地区革命委员会改为黑河地区行政公署，“由实变虚”，为省政府的派出机关，行政公署驻爱辉县黑河镇。1980年11月，将爱辉县黑河镇等划出设置黑河市。1983年4月，撤销爱辉县，并入黑河市；撤销北安县，设置北安市。同年10月，以德都县五大连池镇设置五大连池市，由黑河地区管辖。至此，黑河地区共辖3市、4县，即黑河、北安、五大连池市，嫩江、德都、逊克、孙吴县。（以上摘自《黑龙江省志·地名录》，有改动）
1993年2月8日，《国务院关于黑龙江省撤销黑河地区设立黑河市（地级）的批复》（国函[1993]12号）：同意撤销黑河地区，设立黑河市（地级）；撤销黑河市，设立黑河市爱辉区，新设的黑河市和爱辉区人民政府均驻原黑河市市区内。将爱辉区和原黑河地区的嫩江、德都、孙吴、逊克4县划归黑河市领导，原黑河地区所辖的北安市、五大连池市由省直辖。3月15日，黑龙江省人民政府《关于转发国务院〈国函[1993]12号〉文件的通知》（黑政函[1993]28号）决定撤销黑河地区，设立黑河市（地级）。原黑河市（县级）改设爱辉区。北安市和五大连池市改由省直辖，由黑河市（地级）代管。黑河市辖爱辉区、孙吴县、德都县、逊克县和嫩江县。上述决定自本年4月1日起施行。
1996年1月31日，民政部批复（民行批[1996]19号）：撤销德都县，将其行政区域并入五大连池市，五大连池市人民政府驻地迁至原德都县政府驻地青山镇。
1999年末，黑河市总人口168.3万人，其中，城镇人口51.0万人，农村人口117.3万人，分别占总人口的30.3%和69.7%。辖1市辖区、2县级市、3县，23镇、56乡、7民族乡。（根据《黑河年鉴2000》，原出处缺爱辉区4个街道、北安市6个街道）
2000年第五次人口普查，黑河市总人口1671811人。其中：爱辉区192764人、嫩江县500201人、逊克县101816人、孙吴县95867人、北安市442474人、五大连池市338689人。
2001年上半年，黑河市进行了撤乡并村工作。全市乡镇总数由原来的86个精简到64个，调整比例为25.5%；行政村总数由原来的859个减少到650个，调整比例为24.4%。
2001年末，黑河市全市人口172.9万人，其中城镇人口61.1万人，占总人口比重35.4%，乡村人口111.8万人，占总人口的64.6%。有36个少数民族62611人，占人口总数的3.75%。辖1个区、2个县级市、3个县，21个镇、43个乡（其中7个民族乡），625个行政村、139个社区。（根据《黑河年鉴2002》，原出处缺爱辉区4个街道、北安市6个街道、五大连池市1个街道）
2002年7月26日完成了嫩江县长福乡、科洛乡撤乡建镇翻牌工作。全市6个县（市）区都按社区要素，重新划分了社区，调整和扩大了社区居委会规模，全市由原来的328个居委会重新调整为143个社区居委会，调整后的社区居委会平均户数由原来的500户左右扩大为1200-1500户。
2002年末，黑河市全市人口173.8万人，其中城镇人口63.2万人，占总人口比重36.4%，乡村人口110.6万人，占总人口的63.6%。有39个少数民族63493人，占人口总数的3.65%。辖1个区、2个县级市、3个县，23个镇、41个乡（其中7个民族乡），625个行政村、139个社区。（根据《黑河年鉴2003》，原出处缺爱辉区4个街道、北安市6个街道、五大连池市1个街道）