1994年9月，哈尔滨市委决定成立松北区开发建设管理办公室，为市政府派出机构，局级。1995年2月，经市编委批准，哈尔滨市松北区开发建设管理办公室更名为哈尔滨市松北区开发建设管理委员会。1995年7月，市委印发了《关于赋予松北区开发建设管理委员会有关市级管理权限的决定》（哈发[1995]10号）。1997年7月，黑龙江省编委批复组建哈尔滨市松北区开发建设管理委员会，作为市政府派出机构，负责松北区开发建设管理工作。2003年3月3日，市政府（第2次）常务会议，同意市民政局起草的《哈尔滨市市辖区调整意见》，将松花江北岸现属道外行政区域内的松北镇、松浦镇、万宝镇和呼兰县的乐业镇、对青山镇整建制合并，设立哈尔滨市新的市辖区，区名为松北区。
2004年2月4日，国务院批准（国函[2004]10号）同意调整哈尔滨市部分行政区划：设立松北区，辖原属道外区的松北、松浦、万宝3个镇，太阳岛、三电2个街道，以及原属呼兰县的乐业、对青山2个镇。松北区人民政府驻松北一路。3月24日，市委、市政府印发《关于道外区、松北区、呼兰区行政区划调整工作实施方案》（哈发[2004]5号）：设立松北区，松北区以松花江主航道为界，以松花江北岸松北镇、松浦镇、万宝镇、太阳岛街道办事处、三电街道办事处、乐业镇和对青山镇为行政区域，总面积736.3平方千米，总人口16.3万人，非农区人口3.6万人，区政府驻地设在松北一路18号。
2004年3月30日，松北区接收“五镇两街”仪式举行，“五镇两街”即松北镇、松浦镇、万宝镇、乐业镇和对青山镇、太阳岛街道办事处、三电街道办事处。9月24日，市政府第26次常务会议讨论通过《松北区保留松北镇、松浦镇、万宝镇同时设立松北、松浦、万宝街道办事处的意见》和《关于加快松北开发建设的决定》。2004年11月2日，哈尔滨市政府下发哈政综[2004]67号文件批准同意保留松北、松浦和万宝镇，同时设立松北、松浦和万宝街道，实行“一个机构、两块牌子”，原辖行政区域不变。11月19日，万宝街道办事处举行挂牌仪式；25日，松浦街道办事处举行挂牌仪式；26日，松北街道办事处举行挂牌仪式。
2006年，全区常住人口19.7万人，其中非农业人口5.9万人。辖5个街道、2个镇：三电街道、太阳岛街道、松浦街道、万宝街道、松北街道、对青山镇、乐业镇。