春秋时为晋国冠氏邑。西汉平帝二年（公元2年）置馆陶县，属魏郡，因其城西北七里有陶丘，赵置驿馆于其侧，故名馆陶。隋大业二年（606），徙治于北馆陶（山东省冠县），属武阳郡。唐大历中期改名永济县，不久又复名馆陶县。1949年8月1日，河北省人民政府成立，馆陶县划归河北省邯郸专区管辖。1952年馆陶县划归山东省聊城专区管辖。1958年并入冠县，1961年复置馆陶县。
1965年3月12日，国务院批准将山东省馆陶县的建制连同馆陶县卫运河左岸的杨草厂、邮寨、王二厢、西魏僧寨、滩上、陈路桥、房儿寨、东河寨、南留庄、王桥、西芦里、寿山寺、南徐村、前市庄、柴庄、柴堡、浅口、陈范庄、东卜（宝）村、刘沿村、西馆陶、马头22个公社共248个自然村，划归河北省邯郸专区。县政府驻地仍在南馆陶。馆陶县其余行政区域分别划归山东省临清、冠县二县。
1996年，撤销沿村乡，并入馆陶镇；撤销河寨乡，并入房寨镇；撤销柿庄乡、柴庄乡，并入柴堡镇；撤销草厂乡、滩上乡，并入魏僧寨镇；撤销王二厢乡、油寨乡，并入路桥乡；撤销东马头乡，并入南徐村乡；撤销浅口乡、范庄乡，并入寿山寺乡；撤销留庄乡、芦里乡，并入王桥乡。调整后，馆陶县辖4个镇、4个乡：馆陶镇、魏僧寨镇、房寨镇、柴堡镇、南徐村乡、路桥乡、王桥乡、寿山寺乡。面积456.3平方千米，人口约27万人。县政府驻馆陶镇。
2000年第五次人口普查，馆陶县常住总人口280877人，其中：馆陶镇55030人，房寨镇25149人，柴堡镇40043人，魏僧寨镇31097人，寿山寺乡38278人，王桥乡34117人，南徐村乡24582人，路桥乡32581人。
2003年末，馆陶县辖馆陶、房寨、魏僧寨、柴堡4个镇和寿山寺、王桥、路桥、南徐村4个乡，1个居委会、277个行政村。
2010年第六次人口普查，馆陶县常住总人口309032人，其中：馆陶镇66372人，房寨镇25437人，柴堡镇42991人，魏僧寨镇35824人，寿山寺乡39381人，王桥乡35513人，南徐村乡26625人，路桥乡36889人。