春秋时期为晋国东阳地的“边陲之地”。西汉初年始置南宫县，属巨鹿郡，位今址西北部，境域约为今域一半。因周代“八士”之一的南宫适（kuo）封邑于此，汉高祖取其复姓为县名。吕后元年（公元前187年）张买以其父有功绩被封为南宫侯，南宫县改称南宫国，建置仍与县同。汉武帝建元年间（公元前140-135年）复置南宫县，属冀州刺史部信都国。新莽时期（9-24年）南宫改称序下。
东汉初恢复南宫县名。东汉后期境域扩大，缭县（今境域中部一带）、信城县北部（今境域东南部一带）、堂阳县东南部（今境域西北部一带）陆续纳入南宫县境，时与今境域基本一致。西晋初，废南宫县。晋武帝太康五年（284年）复置南宫县，属冀州长乐国。东晋大兴二年（319年），南宫县归属后赵政权。此后，先后归属前燕、前秦、后燕、北魏政权。北朝太武帝太平真君二年（441年），经县（今河北省威县一带）并入南宫县。不久复析出。北齐天保七年，南宫县被废。
隋开皇六年（586年）复设南宫县，仍隶属冀州。北宋皇佑四年（1052年）南宫县省入新河县，熙宁六年（1073年）复置南宫县，新河县省入为镇。金属河北东路冀州。元太宗四年（1232年），析南宫原新河地设新河县。实行“行省制度”后，南宫县属中书省真定路冀州。明隶属真定府冀州。明成化十四年（1478年），浊漳河泛滥，南宫县城被淹，迁址至飞凤岗（即今址）。清隶属直隶省冀州。
1913年，属冀南观察使辖。1928年改直隶省为河北省，南宫县直属河北省。八路军东进纵队于1938年2月进驻南宫县城，建立“南宫县抗日政府”，8月14日在南宫建立冀南行政主任公署，辖51个县。1940至1944年，曾析设垂杨县，后还属。1945年5月南宫解放，恢复南宫县制，隶属冀南四专署。1949年8月1日河北省人民政府和邢台专区建立，南宫划归邢台专区；1958年4月邢台专区撤销，南宫县归为邯郸专区；1961年5月复设邢台专区（1970年改称邢台地区），南宫县还属。1958年威县、清河县并入南宫县。1961年析出复置威县、清河县，同时新河县并入，东南部分乡镇归清河县；1962年均还属。
1986年3月5日，南宫县撤县设市。下辖凤岗、南杜、北胡、西丁4个街道，苏村、大高村、垂杨、段芦头4个镇和小石柏、大召、大村、陈村、南便村、独水张家庄、高家寨、大潘庄、大屯、王道寨、开河、孙村、前刘邱村、西乔村、后双炉、明化镇、红庙狼冢、薛吴村、郝家屯、王门庄、张侯疃、徐马寨、董家庙、前紫冢24个乡。
1990年，明化镇乡改为明化镇。1996年，扩镇并乡，全市调整为4个街道、5个镇、6个乡，即凤岗街道、南杜街道、北胡街道、西丁街道、苏村镇、大高村镇、明化镇、垂杨镇、段芦头镇、前紫冢乡、南便村乡、大村乡、大屯乡、王道寨乡、薛吴村乡。全市面积854平方千米，人口约45.8万人，市政府驻凤岗街道。
2000年第五次人口普查，南宫市常住总人口467356人，其中：凤岗街道68040人，南杜街道12360人，北胡街道22065人，西丁街道12079人，苏村镇24084人，太高村镇23236人，垂杨镇40459人，明化镇33017人，段芦头镇48642人，大村乡26789人，南便村乡31885人，大屯乡23817人，王道寨乡25907人，薛吴村乡33848人，前紫冢乡41128人。
2004年，前紫冢乡改为紫冢镇。调整后，全市辖4个街道、6个镇、5个乡：凤岗街道、南杜街道、北胡街道、西丁街道、苏村镇、大高村镇、垂杨镇、明化镇、段芦头镇、紫冢镇、大村乡、南便村乡、大屯乡、王道寨乡、薛吴村乡。
2010年第六次人口普查，南宫市常住总人口469030人，其中：凤岗街道74821人，南杜街道10816人，北胡街道20340人，西丁街道11097人，苏村镇22061人，大高村镇21344人，垂杨镇41567人，明化镇33787人，段芦头镇53364人，紫冢镇42196人，大村乡24468人，南便村乡30395人，大屯乡22557人，王道寨乡25377人，薛吴村乡34840人。