西周为黄国地，春秋战国先属吴后归楚。秦为安丰县地，属九江郡。西汉置雩娄县，隶庐江郡。南朝宋置苞信县，隋改殷城县，宋建隆元年（960）讳殷改商城县。古有殷商，市与殷意近，故名。1932年中国工农红军第三次解放商城，更名赤城县，1933年复名商城县。
1996年?，商城县面积2130平方千米，人口65万人。辖5个镇、17个乡：城关镇、上石桥镇、双椿铺镇、汪桥镇、余集镇、李集乡、鄢岗乡、武桥乡、白塔集乡、长竹园乡、达权店乡、冯店乡、伏山乡、吴河乡、汪岗乡、苏仙石乡、四顾墩乡、鲇鱼山乡、观庙乡、三里坪乡、河风桥乡、酆集乡。县政府驻城关镇。
？年，撤销鄢岗乡，设立鄢岗镇。调整后，商城县辖6个镇、16个乡。
2000年第五次人口普查，商城县总人口570181人，其中：城关镇36121人、上石桥镇20221人、鄢岗镇38392人、双椿铺镇29910人、汪桥镇44118人、余集镇35931人、武桥乡14947人、白塔集乡19439人、三里坪乡18860人、河风桥乡29290人、李集乡25954人、丰集乡31658人、四顾墩乡20038人、苏仙石乡10484人、汪岗乡18775人、伏山乡22250人、鲇鱼山乡34633人、观庙乡27781人、吴河乡21216人、冯店乡18405人、达权店乡23977人、长竹园乡26736人、汤泉池管理处1045人。
2005年，商城县乡镇区划调整：撤销白塔集乡、武桥乡，将其行政区域划归上石桥镇管辖，上石桥镇政府驻地不变；撤销三里坪乡，将其行政区域划归双椿铺镇管辖，双椿铺镇政府驻地不变。调整后，商城县辖6个镇、13个乡：城关镇、上石桥镇、双椿铺镇、汪桥镇、余集镇、鄢岗镇、四顾墩乡、丰(酆)集乡、冯店乡、李集乡、鲇鱼山乡、苏仙石乡、汪岗乡、吴河乡、达权店乡、长竹园乡、河凤桥乡、观庙乡、伏山乡。
2007年6月25日，信阳市人民政府根据《河南省民政厅关于商城县四顾墩乡更名为金刚台乡的批复》（豫民行批[2007]4号）通知商城县人民政府：同意商城县四顾墩乡更名为金刚台乡。8月正式更名。调整后，全县辖6个镇、13个乡：城关镇、上石桥镇、鄢岗镇、双椿铺镇、汪桥镇、余集镇、河风桥乡、李集乡、丰集乡、金刚台乡、苏仙石乡、汪岗乡、伏山乡、鲇鱼山乡、观庙乡、吴河乡、冯店乡、达权店乡、长竹园乡
2010年1月4日，经省政府批准，省民政厅批复同意达权店乡撤乡建镇，实行镇管村体制。同年，撤销丰集乡，设立丰集镇。
2012年8月31日，河南省民政厅（豫民行批[2012]25号）批复：经河南省政府批准，同意商城县行政区划作如下调整：一、撤销城关镇、鲇鱼山乡，对其原辖行政区域实行城市管理体制。二、将丰集镇的三里庙、何店2建制村，金刚台乡的柳坪建制村，河凤桥乡的十里头建制村纳入城区管理。三、设立赤城、鲇鱼山2街道办事处。赤城街道办事处辖原城关镇的东街、南街、西街、北街、车站街、三里桥、崇福7社区居委会，培山、何店、三里庙、柳坪4建制村，面积23.48平方公里，人口6.15万人，办公地址设在原城关镇人民政府；鲇鱼山街道办事处辖原鲇鱼山乡的新华、大碑、紫云山、柿子园、马岗、下马河、木头河、鲇鱼山、龙潭、平塘、欧楼、庙岗、石牛、陈畈、闵湾、土门、杨楼、匡店、十里头19建制村，面积98.28平方公里，人口4.1万人，办公地址在原鲇鱼山乡人民政府。