楚置苦县，县境西部另有鸣鹿城。鸣鹿城传说即是因麇鹿众多，以常有鹿鸣为名的。北朝省“鸣”宇，为鹿城。以后各代先后称过赖陵县、父阳县、武平县、鹿邑县、真源县、仙源县、卫真县。
隋开皇十八年（598年)在“故鹿城地”置鹿邑县。元代鹿邑、卫真两县合并为鹿邑县。1965年由商丘地区划归周口地区。
1996年?，鹿邑县面积1245.5平方千米，人口107.2万人。辖9个镇、13个乡：城关镇、马铺镇、试量镇、辛集镇、太清宫镇、王皮溜镇、玄武镇、涡北镇、枣集镇、城郊乡、生铁冢乡、邱集乡、郑家集乡、观堂乡、高集乡、穆店乡、唐集乡、张店乡、贾滩乡、赵村乡、杨湖口乡、任集乡。县政府驻城关镇。
2000年第五次人口普查，鹿邑县总人口1068984人，其中：城关镇25336人、玄武镇55744人、枣集镇46593人、太清官镇38750人、王皮溜镇56435人、试量镇56572人、辛集镇50672人、马铺镇47919人、涡北镇33323人、城郊乡84335人、郑家集乡26204人、观堂乡46843人、生铁冢乡45490人、张店乡50198人、赵村乡53639人、任集乡57482人、唐集乡34347人、高集乡43265人、邱集乡38497人、穆店乡49594人、杨湖口乡65726人、贾滩乡62020人。
2005年11月16日，将鹿邑县辛集镇孔集村和唐集乡张老一村正式归属淮阳县四通镇所管辖。调整后，鹿邑县辖9个镇、13个乡：城关镇、枣集镇、玄武镇、试量镇、辛集镇、马铺镇、王皮溜镇、太清宫镇、涡北镇、高集乡、穆店乡、贾滩乡、邱集乡、观堂乡、任集乡、杨湖口乡、唐集乡、赵村乡、郑家集乡、生铁冢乡、张店乡、城郊乡。
2009年，经省政府批准，鹿邑县撤销城关镇、城郊乡，设立卫真、谷阳、鸣鹿、真源4个街道办事处。调整后，全县辖4个街道、8个镇、12个乡。
2009年，杨湖口乡撤乡建镇（豫民行批[2009]3号）（2月19日周政[2009]3号）；枣集镇更名为宋河镇（豫民行批[2009]4号）（2月19日周政[2009]4号）；贾滩乡撤乡建镇（豫民行批[2009]10号）（2月19日周政[2009]2号）。2010年11月，经河南省政府批准，观堂乡撤乡设镇。2011年，生铁冢乡撤乡设镇（豫民行批[2011]11号）（4月19日周政[2011]24号）。
全县现辖4个街道、13个镇、7个乡：真源街道、谷阳街道、卫真街道、鸣鹿街道、涡北镇、玄武镇、宋河镇、太清宫镇、王皮溜镇、试量镇、辛集镇、马铺镇、贾滩镇、杨湖口镇、张店镇、观堂镇、生铁冢镇、郑家集乡、赵村乡、任集乡、唐集乡、高集乡、邱集乡、穆店乡。县政府驻真源街道。