红旗区人民政府前身为新乡市第三区公所，此后先后更名为二区、和平区人民委员会、和平人民公社、红旗区革命委员会。1980年9月，恢复红旗区人民政府，撤销红旗区革命委员会。
1996年，红旗区面积15平方千米，人口19.5万人。辖10个街道：西街街道、东街街道、北干道街道、渠东街道、东干道街道、南干道街道、荣校路街道、向阳小区街道、卫河街道、花园街道。区政府驻平原路新生巷。
2000年第五次人口普查，红旗区总人口330170人，其中：西街街道16791人、东街街道28676人、渠东街道73554人、花园街道30007人、北干道街道37415人、东干道街道48071人、南干道街道33579人、荣校路街道27500人、向阳小区街道8930人、开发区街道23950人、卫河街道1697人。
2003年12月25日，国务院批准（国函[2003]134号）：将新乡县的关堤乡、洪门镇（不含王湾、李村、赵村、贾屯、梁任旺、定国、吕村、堡上、孙村、东聂庄、秦庄11个村）划归红旗区管辖；将原郊区平原乡的孟营一村、孟营二村、孟营三村、城关、东关、骆驼湾、马小营、张庄、段村、留庄营、饮马口、西马小营、臧营13个村划归红旗区管辖。将红旗区的东干道、北干道、荣校路、花园4个街道划归牧野区管辖。调整后，红旗区辖东街、西街、渠东、南干渠、向阳5个街道和关堤乡、洪门镇。区人民政府驻新生巷。
2004年1月，新乡市区划调整后，红旗区北部以卫河—兴隆街—东二环—平原路为界，与牧野区隔河相望，西部以胜利路—化工路—和平路为界，与卫滨区毗邻，东南与新乡县交界，辖关堤乡、洪门镇2个乡（镇），以及东街、西街、渠东、南干道、向阳5个街道，共33个行政村、23个社区，3个实业公司。总面积92平方千米，总人口226327人。
2005年末，红旗区辖5个街道、1个镇、1个乡：渠东街道、南干道街道、东街街道、向阳小区街道、西街街道、洪门镇、关堤乡。
2006年7月26日，新乡市人民政府《关于调整市高新技术产业开发区和小店工业园区管理范围的通知》（新政文[2006]109号）：将红旗区关堤乡整建制划归市高新技术产业开发区管理，将红旗区小店镇的邢庄、贾李庄、李胡寨、北张兴庄、张兴庄、夏庄、贾堤、冯堤、魏堤、第五疃、樊庄等11个建制村划归小店工业园区管理；红旗区的行政区划不变。
2006年8月13日，新乡市人民政府《关于调整红旗区延津县新乡县原阳县部分行政区划的通知》（新政文[2006]104号）：根据《河南省民政厅关于调整新乡县原阳县部分行政区划的批复》（豫民行批[2006]13号）和《河南省民政厅关于调整新乡市红旗区延津县新乡县部分行政区划的批复》（豫民行批[2006]14号），红旗区、延津县、新乡县、原阳县部分行政区划进行调整。其中：将延津县的小店镇整建制划归红旗区管辖；将新乡县朗公庙镇的油坊堤建制村和红旗区洪门镇的南马庄、东台头、西台头、东杨、西杨5建制村，共6建制村划归红旗区关堤乡管辖；将关堤乡的关堤、申店、东陈庄3建制村划归洪门镇管辖。调整后红旗区辖洪门镇、关堤乡、小店镇3个乡（镇），5个街道办事处；洪门镇辖原堤、张堤、保安堤、赵楼、洪门、乔谢、公村、留庄营、段村、张庄、骆驼湾、东关、孟营一村、孟营二村、孟营三村、马小营、城关、关堤、申店、东陈庄，共计20个建制村，镇政府驻地不变；关堤乡辖张八寨、庄岩、任庄、大介山、小介山、郭小庄、刘庄、司马、柿园、白马、塔小庄、刘堤、马堤、油坊堤、南马庄、东台头、西台头、东杨村、西杨村，共计19个建制村，乡政府驻地暂不变。红旗区与延津县、新乡县的边界线：红旗区北部边界以卫河—兴隆街—东二环—平原路—小店镇的北部边界为界，西部边界以胜利路—化工路—和平路为界，南部边界以关堤乡的南边界、小店镇的南边界为界，东部边界以小店镇的东边界为界；延津县西边界以调整后的红旗区东边界为界；新乡县北边界以市区的南边界为界。