长垣在西周时属卫国，春秋时为卫国的蒲邑、匡邑，蒲邑即今长垣县城所在地。战国时魏国并匡、蒲，置首垣邑。长垣、首垣，据《水经注》是因“县有防垣，故县氏之。”防垣即防御齐、赵入侵的城郭。秦置长垣县。西汉改长固县，东汉改长垣侯国，晋复名长垣县。之后境域因时而异，县名亦屡更屡变。
1949年中华人民共和国成立，长垣县属平原省濮阳专区，1952年12月划入河南省。1954年6月改属新乡专区，1983年属濮阳市，1986年3月划归新乡市至今。
1996年?，长垣县面积1050平方千米，人口73.5万人，辖5镇12乡：城关镇、樊相镇、丁栾镇、魏庄镇、恼里镇、苗寨乡、武邱乡、常村乡、芦岗乡、满村乡、孟岗乡、张三寨乡、总管乡、方里乡、佘家乡、张寨乡、赵堤乡。
2000年第五次人口普查，长垣县总人口765740人，其中：城关镇59151人、丁栾镇40735人、樊相镇56838人、魏庄镇44716人、恼里镇52992人、张寨乡55751人、总管乡20729人、芦岗乡53553人、孟岗乡46699人、苗寨乡43962人、方里乡40475人、武邱乡46124人、赵堤乡30552人、佘家乡47963人、张三寨乡30538人、满村乡43461人、常村乡51501人。
2004年，全县面积1051平方千米，人口80万人，辖7镇10乡1个办事处、598个行政村。
2005年，长垣县乡镇区划调整：撤销总管乡，将其行政区域划归魏庄镇管辖，魏庄镇人民政府驻地不变。调整后，长垣县辖7个镇、9个乡：城关镇、丁栾镇、恼里镇、魏庄镇、樊相镇、常村镇、赵堤镇；方里乡、佘家乡、张寨乡、苗寨乡、芦岗乡、孟岗乡、张三寨乡、满村乡、武邱乡。
2010年1月，经省政府批准，省民政厅批复同意长垣县孟岗乡、满村乡撤乡建镇，实行镇管村体制。调整后，全县辖4个街道、8个镇、6个乡：蒲西街道、蒲东街道、南蒲街道、蒲北街道、丁栾镇、樊相镇、魏庄镇、恼里镇、常村镇、赵堤镇、孟岗镇、满村镇、芦岗乡、苗寨乡、方里乡、武邱乡、佘家乡、张三寨乡。
2010年，撤销苗寨乡、张三寨乡，设立苗寨镇、张三寨镇。2012年8月31日，河南省民政厅（豫民行批[2012]28号）批复：经省政府批准，同意长垣县撤销魏庄镇，设立魏庄街道，办事处办公地址设在原魏庄镇政府。调整后，全县辖5个街道、9个镇、4个乡：蒲西街道、蒲东街道、南蒲街道、蒲北街道、魏庄街道、丁栾镇、樊相镇、恼里镇、常村镇、赵堤镇、孟岗镇、满村镇、苗寨镇、张三寨镇、芦岗乡、方里乡、武邱乡、佘家乡。