县以锦屏山为名。元置亮寨、湖耳、新化、欧阳寨蛮夷长官司，属思州安抚司。明洪武三年（1370年）改置湖耳、亮寨、欧阳、新化四蛮夷长官司，属湖广靖州卫；五年（1372年）置中林验洞蛮夷长官司；十八年（1385年）废以上五司；二十年（1387年）置铜鼓、新化、亮寨二千户所，属五开卫；三十年（1397年）改铜鼓千户所为卫，隶湖广都司；永乐元年复置以上五司，属思州宣慰司；十一年（1413年）以五司属新化府；宣德九年（1434年）改隶黎平府。
清雍正五年改隶贵州，并撤销铜鼓卫，改设锦屏县，属黎平府；道光十二年（1832年）撤销锦屏县，改由开泰县锦屏乡县丞分驻。民国二年（1913年）移开泰县治于锦屏，改为锦屏县，属黔东道；十二年（1923年）直属于省；二十四年（1935年）属第十行政督察区；二十五年（1936年）属第七行政督察区；二十六年（1937年）以后属第一行政督察区。1950年属镇远专区，1956年划入黔东南苗族侗族自治州，1958年将天柱县并入锦屏县，1961年将天柱县分出。
1996年，锦屏县辖5个镇、10个乡： 三江镇、平秋镇、启蒙镇、敦寨镇、茅坪镇、大同乡、铜鼓乡、钟灵乡、隆里乡、新化乡、平略乡、偶里乡、河口乡、固本乡、彦洞乡。县政府驻三江镇。
2000年第五次人口普查，锦屏县总人口190429人，其中：三江镇31161人，茅坪镇4100人，敦寨镇19613人，启蒙镇21282人，平秋镇12830人，大同乡12240人，铜鼓乡12740人，新化乡7863人，隆里乡4841人，钟灵乡9624人，平略乡11354人，偶里乡9927人，固本乡10713人，河口乡13236人，彦洞乡8905人。
2003年末，锦屏县总人口22.33万人，其中非农业人口2.11万人；少数民族人口占总人口的85.2%。辖7个镇、8个乡，207个村委会和5个社区居委会。
2007年末，锦屏县总面积1596.9平方千米，总人口22万人，其中少数民族19.29万人，非农业人口2.49万人，辖7个镇、8个乡，205个行政村、1个居委会、4个社区，1481个村民小组。县政府驻三江镇。
2010年第六次人口普查，锦屏县常住总人口154869人，其中：三江镇38425人，茅坪镇3015人，敦寨镇14859人，启蒙镇15729人，平秋镇9096人，铜鼓镇8377人，平略镇8670人，大同乡8630人，新化乡6275人，隆里乡3753人，钟灵乡7078人，偶里乡7092人，固本乡8210人，河口乡9381人，彦洞乡6279人。2010年末，锦屏县常住人口15.51万人。
2011年末，锦屏县面积1597平方千米。常住人口15.26万人；户籍人口22.73万人，其中农业人口20.11万人、非农业人口2.62万人；少数民族人口占总人口的88.5%。辖7个镇、8个乡，4个社区、1个居委会、205个行政村，1484个村民小组。