县以境内岑巩山得名。元初思州安抚司由龙泉坪迁清江，至元十七年（1280年）回龙泉坪旧治，又置都坪，台蓬若洞注溪等处长官司，隶思州安抚司。明洪武六年改台蓬若洞溪等处蛮夷长官司为都坪峨异溪蛮夷长官司，属思州宣慰司；永乐十一年（1413年）置思州府，属贵州布政司；十二年（1414年）以都坪峨异溪蛮夷长官司来属，又置都素长官司。清乾隆三十五年（1752年）废思州府；三十六年（1771年）复思州府。
民国二年（1913年）改思州府为思县，属黔东道；十二年（1923年）直属于贵州省；十九年（1930年）改思县为岑巩县；二十四年（1935年）属第八行政督察区；二十五年（1936年）属第七行政督察区；二十六年（1937年）以后属第一行政督察区。1950年属镇远专区，1956年划入黔东南苗族侗族自治州，1958年撤销岑巩县并入镇远县，1962年恢复岑巩县。
1996年，岑巩县辖4个镇、7个乡（其中1个民族乡）：思旸镇、水尾镇、天马镇、龙田镇、大有乡、注溪乡、天星乡、羊桥土家族乡、凯本乡、平庄乡、客楼乡。县政府驻思旸镇。
2000年第五次人口普查，岑巩县总人口187734人，其中：思旸镇32420人，水尾镇16531人，天马镇18895人，龙田镇17352人，大有乡15312人，注溪乡17404人，天星乡11974人，羊桥乡21236人，凯本乡14125人，平庄乡13557人，客楼乡8928人。
2003年末，岑巩县总人口22.08万人，其中少数民族人口8.63万人；非农业人口1.57万人。辖4个镇、7个乡（其中1个民族乡）：思旸镇、水尾镇、天马镇、龙田镇、大有乡、注溪乡、天星乡、羊桥土家族乡、凯本乡、平庄乡、客楼乡。共有129个村委会、15个居委会。
2007年末，岑巩县总面积1486.5平方千米，总人口22.17万人，其中少数民族99304人，非农业人口19458人，辖4个镇、7个乡（其中1个土家族乡）、1个经济技术开发区，129个行政村、10个居委会、3个社区，1689个村民小组。
2010年第六次人口普查，岑巩县常住总人口162444人，其中：思旸镇38261人，水尾镇13162人，天马镇15670人，龙田镇13828人，大有乡12407人，注溪乡13558人，天星乡9074人，羊桥乡16656人，凯本乡11879人，平庄乡10670人，客楼乡7279人。2010年末，岑巩县常住人口16.22万人。
2011年末，岑巩县面积1486.5平方千米。常住人口16.04万人；户籍人口22.65万人，其中少数民族10.67万人，非农业人口1.98万人。辖4个镇、7个乡（其中1个民族乡）、1个经济技术开发区，9个居委会、129个行政村。
2012年，省政府（黔府函[2012]306号）批复同意撤销注溪乡，设置注溪镇，驻衙院村。2013年4月25日，省政府（黔府函[2013]81号）批复同意：撤销大有乡，设置大有镇，镇政府驻大有村；撤销凯本乡，设置凯本镇，镇政府驻大寨村。2014年，省政府黔府函[2014]185号批复同意撤销客楼乡、平庄乡，设置客楼镇、平庄镇。
至此，全县辖9个镇、2个乡（其中1个民族乡）：思旸镇、水尾镇、天马镇、龙田镇、注溪镇、大有镇、凯本镇、客楼镇、平庄镇、天星乡、羊桥土家族乡。