唐置石牛县，宋置中平县。明初改九名九姓独山州长官司，弘治七年（1494）置独山州，民国2年（1913）改独山县。因县城东南独坡(又称独山)，四野广陌平畴，一山中立，不连他山，故名。
1996年，独山县辖8个镇、7个乡、3个民族乡：城关镇、上司镇、麻尾镇、甲里镇、下司镇、基长镇、兔场镇、麻万镇、羊凤乡、尧梭乡、翁台水族乡、甲定水族乡、水岩乡、本寨水族乡、尧棒乡、董岭乡、黄后乡、打羊乡。县政府驻城关镇。
2000年第五次人口普查，独山县总人口317910人，其中：城关镇51733人，兔场镇13148人，麻万镇29447人，基长镇37944人，上司镇23354人，下司镇19366人，甲里镇12030人，麻尾镇21228人，尧梭乡16065人，羊凤乡14085人，甲定水族乡2824人，翁台水族乡2594人，本寨水族乡21432人，水岩乡10094人，打羊乡13049人，尧棒乡10710人，黄后乡10240人，董岭乡8567人。
2003年8月4日，贵州省人民政府批准，独山县变更上司镇塘八村打吉组隶属关系，将其划由打羊乡管辖。上司镇、打羊乡行政区域界线作相应调整。
2003年末，独山县总人口34.92万人，其中非农业人口3.76万人；少数民族24.06万人。辖8个镇、10个乡（其中3个民族乡），250个村委会、9个居委会。
2006年，独山县辖8个镇、10个乡（其中3个民族乡）：城关镇、兔场镇、麻万镇、基长镇、上司镇、下司镇、甲里镇、麻尾镇、尧梭乡、羊凤乡、甲定水族乡、翁台水族乡、本寨水族乡、水岩乡、打羊乡、尧棒乡、黄后乡、董岭乡。
2007年末，全县面积2422.2平方千米，总人口34.64万人，其中非农业人口3.96万人，占总人口的11.43%；少数民族人口26.4万人，占总人口的76.2%。辖8个镇、10个乡（其中3个民族乡），9个居委会、133个行政村。
2010年第六次人口普查，独山县常住总人口265212人，其中：城关镇56683人，兔场镇10687人，麻万镇25324人，基长镇28195人，上司镇18275人，下司镇15288人，甲里镇8407人，麻尾镇17781人，尧梭乡12612人，羊凤乡10750人，甲定水族乡1930人，翁台水族乡2191人，本寨水族乡18032人，水岩乡7043人，打羊乡9817人，尧棒乡8021人，黄后乡7827人，董岭乡6349人。
2010年末，独山县常住人口26.53万人。2011年末，独山县面积2442.2平方千米，常住人口26.34万人，户籍人口34.94万人，辖8个镇、10个乡（其中3个民族乡），9个居委会、133个行政村。
2013年，撤销城关镇、尧梭乡、羊凤乡，设立百泉镇；撤销麻尾镇、尧棒乡、黄后乡、董岭乡，设立新的麻尾镇；撤销兔场镇、甲定水族乡、翁台水族乡，设立影山镇；撤销基长镇、水岩乡，设立新的基长镇；撤销本寨水族乡，设立玉水镇；撤销上司镇、打羊乡，设立新的上司镇；撤销甲里镇，将四九村、星朗村划入下司镇，将甲里村、峰洞村、角寨村划入上司镇。
全县现辖8个镇：百泉镇、影山镇、麻万镇、基长镇、上司镇、下司镇、麻尾镇、玉水镇。县政府驻百泉镇。