明万历二十九年(1601年)以草塘安抚司及瓮水，重安长官置瓮安县，取其中二字命名，时属平越军民府。
1996年，瓮安县辖8个镇、15个乡：雍阳镇、永和镇、中坪镇、草塘镇、平定营镇、天文镇、玉山镇、珠藏镇、木引槽乡、牛场坝乡、高水乡、铜锣乡、渔河乡、龙塘乡、木老坪乡、银盏乡、玉华乡、岚关乡、小河山乡、松坪乡、建中乡、白沙乡、老坟嘴乡。县政府驻雍阳镇。
2000年第五次人口普查，瓮安县常住总人口390245人，其中：雍阳镇60502人，平定营镇20029人，草塘镇33336人，中坪镇22412人，建中镇11815人，永和镇24226人，珠藏镇22988人，玉山镇18897人，天文镇18405人，玉华乡12308人，银盏乡12044人，松坪乡18728人，小河山乡6377人，白沙乡12823人，岚关乡12542人，老坟嘴乡9026人，高水乡13973人，木引槽乡8876人，铜锣乡13110人，牛场坝乡8066人，鱼河乡12417人，龙塘乡7696人，木老坪乡9649人。
2003年末，瓮安县辖9个镇、14个乡，247个村委会、17个居委会。总人口46.06万人，其中少数民族2.05万人；非农业人口4.59万人。
2007年末，全县总面积1974平方千米，总人口47.1万人，其中少数民族1.97万人，非农业人口4.44万人。辖9个镇、14个乡：雍阳镇、平定营镇、草塘镇、中坪镇、建中镇、永和镇、珠藏镇、玉山镇、天文镇、玉华乡、银盏乡、松坪乡、小河山乡、白沙乡、岚关乡、老坟嘴乡、高水乡、木引槽乡、铜锣乡、牛场坝乡、渔河乡、龙塘乡、木老坪乡。共有6个社区、2个居委会、247个行政村。
2010年第六次人口普查，瓮安县常住总人口380318人，其中：雍阳镇89257人，平定营镇21671人，草塘镇31283人，中坪镇18258人，建中镇9823人，永和镇19271人，珠藏镇20772人，玉山镇17706人，天文镇13511人，玉华乡10617人，银盏乡11413人，松坪乡17885人，小河山乡5296人，白沙乡10479人，岚关乡10801人，老坟嘴乡7521人，高水乡12124人，木引槽乡6731人，铜锣乡12651人，牛场坝乡5661人，鱼河乡10302人，龙塘乡7364人，木老坪乡9921人。
2010年末，常住人口38.10万人。2011年末，瓮安县面积1974平方千米，常住人口37.74万人，户籍人口46.50万人，其中非农业人口488万人，占户籍人口的1049%。少数民族人口271万人，占户籍总人口的582%。辖9个镇、14个乡。
2012年3月28日，省政府批复同意：撤销雍阳镇，设立瓮水、雍阳两个街道（黔府函[2012]61号）；撤销银盏乡、木老坪乡、松坪乡、原猴场镇，设立银盏镇、猴场镇；撤销龙塘乡、铜锣乡，设立江界河镇（黔府函[2012]60号）。新设立的银盏镇辖原银盏乡的飞练、穿洞、银盏、太平4个村，原木老坪乡的木老坪、印山、新寨3个村，原猴场镇大寨、新华2个村，镇政府驻银盏村；新设立的猴场镇辖原猴场镇的八一、金竹、猴场、河滨、迎宾5个村和猴场社区，原松坪乡的坪场、金龙井、大金星、清池、马场坪5个村，原木老坪乡的天堂村，镇政府驻猴场村；新设立的江界河镇辖原龙塘乡的尖坡、樱桃2个村，原铜锣乡的河兴、群心、三新3个村，镇政府驻尖坡村。调整后，瓮安县辖2个街道、10个镇、9个乡：雍阳街道、瓮水街道、平定营镇、草塘镇、中坪镇、建中镇、永和镇、珠藏镇、玉山镇、天文镇、银盏镇、江界河镇、玉华乡、小河山乡、白沙乡、岚关乡、老坟嘴乡、高水乡、木引槽乡、牛场坝乡、渔河乡。县政府驻雍阳街道。
2013年，撤销猴场镇、小河山乡，设立新的猴场镇；撤销永和镇、老坟嘴乡，设立新的永和镇；撤销建中镇、白沙乡，设立新的建中镇；撤销珠藏镇、牛场坝乡和高水乡，设立新的珠藏镇；撤销木引槽乡，将新兴村划入珠藏镇，沿江村划入江界河镇；撤销玉华乡，将岩根河村和太文村白溪组、民寨组、下朵良组、高白溪组、酸枣坪组划入银盏镇，将太文村（除白溪组、民寨组、下朵良组、高白溪组、酸枣坪组外）划入建中镇；撤销鱼河乡，将深溪村划入玉山镇，高枧村划入中坪镇，新场村划入银盏镇。
调整后，瓮安县辖2个街道、10个镇、1个乡：雍阳街道、瓮水街道、平定营镇、草塘镇、中坪镇、建中镇、永和镇、珠藏镇、玉山镇、天文镇、银盏镇、江界河镇、岚关乡。县政府驻雍阳街道。