明初瑶族、壮族始来居住。明、清时期，县境分属修仁、荔浦、永安州、平南、桂平、武宣、象州等大瑶山周围州县，1940年置金秀警备区署，1942年改金秀设治局，1947年撤入周围各县。1953年置大瑶山瑶族自治区（县级），1955年改大瑶山瑶族自治县，1966年改金秀瑶族自治县。
1953年辖7个区，42个乡。1958年辖45个公社。1964年辖7个区，1个镇，？个公社。1984年辖2个镇、7个乡。1994年辖2个镇、9个乡。
1996年，金秀瑶族自治县面积2494平方千米，人口约14万人。辖3个镇、8个乡：金秀镇、桐木镇、头排镇、三角乡、忠良乡、罗香乡、六巷乡、大樟乡、长垌乡、三江乡、七建乡。县政府驻金秀镇。
2000年第五次人口普查，金秀瑶族自治县总人口134934人。其中：金秀镇16344人，桐木镇34180人，头排镇18518人，三角乡5307人，忠良乡9397人，罗香乡10985人，长垌乡5117人，大樟乡9868人，六巷乡5005人，七建乡10677人，三江乡9536人。
2003年，金秀瑶族自治县辖3个镇、8个乡：金秀镇、桐木镇、头排镇、三角乡、忠良乡、罗香乡、长垌乡、大樟乡、六巷乡、七建乡、三江乡。
2005年6月13日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]167号）同意撤销七建乡，整建制并入桐木镇，桐木镇政府驻地不变。
全县现辖3个镇、7个乡：金秀镇、桐木镇、头排镇、三角乡、忠良乡、罗香乡、长垌乡、大樟乡、六巷乡、三江乡。县政府驻金秀镇。
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