1987年12月23日，国务院批准（国函[1987]185号）：设立大化瑶族自治县，以都安瑶族自治县的大化、六也、百马、江南、都阳、雅龙、七百弄、板升八个乡和巴马瑶族自治县的板兰乡全部，东山、凤凰、羌圩三个乡的十七个村以及马山县的古感（镇）、贡川、永州三个乡镇的二十二个村为大化瑶族自治县的行政区域，县人民政府驻大化镇。
1988年3月30日，《广西壮族自治区办公厅关于大化瑶族自治县行政区域范围的补充通知》确定的行政区域：都安瑶族自治县的大化、六也、百马、江南、都阳、雅龙、七百弄、板升八个乡，棉山乡的棉山、下皇、吉发、六说、平方、协和、加城等7村；巴马瑶族自治县的板兰乡全部，凤凰乡的那色、京屯、巴、追、巴岩等4村，东山乡的弄冠村，羌圩乡的羌圩、坡马、艾圩、洪筹、那良、古龙、东杠、健康等8村，乙圩乡的乙圩、常吉、常怀、果好等4村；马山县的古感镇的古感、坡了2村，贡川乡的龙口、龙马、城内、等宦、龙眼、贡川、清坡（波）、什陇、龙江、龙勒、红柳等11村，永州乡的共和、中良、龙乐、颁桃、皂江、龙亮、水力、古乔等9村。
1996年，大化瑶族自治县面积2716平方千米，人口约40万人。辖3个镇、16个乡：大化镇、岩滩镇、都阳镇、共和乡、贡川乡、百马乡、古河乡、古文乡、江南乡、羌圩乡、乙圩乡、北景乡、板兰乡、板升乡、七百弄乡、镇西乡、雅龙乡、六也乡、流水乡。县政府驻大化镇。
2000年第五次人口普查，大化瑶族自治县总人口367970人。其中：大化镇51959人，都阳镇22142人，岩滩镇27721人，共和乡18612人，贡川乡23028人，百马乡17433人，古河乡5962人，古文乡7943人，江南乡28311人，羌圩乡18090人，乙圩乡13782人，北景乡14875人，板兰乡5576人，板升乡22193人，七百弄乡14351人，镇西乡12044人，雅龙乡13715人，六也乡24529人，流水乡25704人。
2003年，大化瑶族自治县辖3个镇、16个乡：大化镇、都阳镇、岩滩镇、共和乡、贡川乡、百马乡、古河乡、古文乡、江南乡、羌圩乡、乙圩乡、北景乡、板兰乡、板升乡、七百弄乡、镇西乡、雅龙乡、六也乡、流水乡。
2005年6月13日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]169号）同意调整大化瑶族自治县部分乡镇的行政区划：撤销流水乡，整建制并入大化镇，大化镇政府驻地不变；撤销镇西乡，整建制并入雅龙乡，雅龙乡政府驻地不变；撤销板兰乡，整建制并入北景乡，北景乡政府驻地不变；将贡川乡龙口、龙马、城内3个村划归大化镇管辖。
全县现辖3个镇、13个乡：大化镇、都阳镇、岩滩镇、共和乡、贡川乡、百马乡、古河乡、古文乡、江南乡、羌圩乡、乙圩乡、北景乡、板升乡、七百弄乡、雅龙乡、六也乡。县政府驻大化镇。