晋置郁平县，南置方度县，唐置南流县，属郁林州。民国降为郁林县，1956年改玉林县。1952年8月撤销兴业县，归并玉林县。1983年撤销玉林县，设立玉林市（县级）。
1996年，玉林市面积2736平方千米，人口约144万人。辖20个镇、10个乡：玉林镇、南江镇、城西镇、名山镇、城北镇、茂林镇、新桥镇、沙田镇、樟木镇、福绵镇、成均镇、仁东镇、大平山镇、石南镇、葵阳镇、城隍镇、山心镇、沙塘镇、蒲塘镇、北市镇、小平山乡、卖酒乡、大塘乡、洛阳乡、高峰乡、博爱乡、铁联乡、仁厚乡、龙安乡、石和乡。市政府驻玉林镇。
1997年4月22日，国务院（国函[1997]26号）批准同意撤销玉林地区和县级玉林市，设立地级玉林市。原县级玉林市分设玉州区和兴业县：玉州区辖原县级玉林市的玉林、福绵、南江、城西、名山、仁东、樟木、成均、新桥、城北、茂林、沙田12个镇和石和、仁厚、大塘3个乡，区政府驻玉林镇民主路；兴业县辖原县级玉林市的石南、城隍、大平山、蒲塘、北市、葵阳、沙塘、山心8个镇和龙安、铁联、博爱、高峰、洛阳、小平山、卖酒7个乡，县政府驻石南镇。【注：福绵、成均、樟木、新桥、沙田、石和6个镇实际由福绵管理区管理】
2000年第五次人口普查，玉州区总人口918229人。其中：玉林镇201721人，南江镇77813人，城西镇51516人，城北镇45061人，名山镇72220人，茂林镇51408人，仁东镇49296人，福绵镇69053人，成均镇64811人，樟木镇70497人，新桥镇51823人，沙田镇44758人，仁厚乡24193人，大塘乡19173人，石和乡24886人。
2000年6月20日，广西壮族自治区政府（桂政函[2000]127号）同意仁厚乡改为镇建制，原辖行政区域不变。2001年4月6日，广西壮族自治区政府（桂政函[2001]53号）同意石和乡改为镇建制，原辖行政区域不变；12月24日，广西壮族自治区政府（桂政函[2001]455号）同意大塘乡改为镇建制，所辖行政区域不变。调整后，全区辖15个镇。
2003年7月，撤销玉林镇，改设玉城街道。2005年6月13日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]163号）同意调整玉州区部分乡镇的行政区划：撤销南江镇，改设街道办事处，以原南江镇的行政区域为该街道办事处的辖区；撤销名山镇，改设街道办事处，以原名山镇的行政区域为该街道办事处的辖区；撤销城西镇，改设街道办事处，以原城西镇的行政区域为该街道办事处的辖区；撤销城北镇，改设街道办事处，以原城北镇的行政区域为该街道办事处的辖区。
全区现辖5个街道、10个镇：玉城街道、南江街道、城西街道、城北街道、名山街道、大塘镇、茂林镇、仁东镇、福绵镇、成均镇、樟木镇、新桥镇、沙田镇、石和镇、仁厚镇。区政府驻玉城街道民主路。【注：福绵、成均、樟木、新桥、沙田、石和6个镇实际由福绵管理区管理；玉东新区托管位于二环路（迎宾大道）以外（不含二环路）的茂林镇和名山街道所辖的教育东路延长线沿线及其以南的和睦村、榕楼村、石棠社区、大囊村、长望村，规划用地面积112.53平方千米】