1995年10月27日，国务院（国函[1995]96号）批准同意贵港市升格为地级市，设立港南区、港北区，市政府驻港北区。港北区辖原县级贵港市的贵城、大圩、石卡、三里、覃塘、黄练、东龙7个镇和附城、武乐、庆丰、根竹、中里、奇石、大岭、五里、蒙公、山北、古樟、振南12个乡，区政府驻江滨大道。原县级贵港市的东津、桥圩、湛江、木格、木梓5个镇和八塘、新塘、瓦塘、横岭、平悦、思怀6个乡和贵城镇南江村公所、木松岭居委会划归港南区管辖。
1995年，撤销附城、庆丰、五里、八塘4乡，设立港城、庆丰、五里、八塘4镇；港北区实际管辖贵城、大圩、石卡、三里、覃塘、黄练、东龙、港城、庆丰、五里10个镇和武乐、根竹、中里、奇石、大岭、蒙公、山北、古樟、振南9个乡；港南区实际管辖东津、桥圩、湛江、木格、木梓、八塘6个镇和新塘、瓦塘、横岭、平悦、思怀5个乡及贵城镇南江村公所、木松岭居委会。
1996年6月18日，自治区政府批复将港南区南江村公所、木松岭居委会，八塘镇的高北、大新，新塘乡的大郑、西村、杩桕、山边、三平、三岸、陈村，横岭乡的新陆、苏湾、新蒙、湴村等15个村公所（居委会）划归贵城镇管辖。
1996年，港北区面积2445平方千米，人口约104万人。辖10个镇、9个乡：贵城镇、大圩镇、石卡镇、三里镇、黄练镇、港城镇、覃塘镇、东龙镇、庆丰镇、五里镇、大岭乡、山北乡、中里乡、古樟乡、奇石乡、武乐乡、根竹乡、振南乡、蒙公乡。区政府驻贵城镇江滨大道。
2000年第五次人口普查，港北区总人口1020701人。其中：贵城镇247244人，港城镇59588人，大圩镇76917人，庆丰镇67117人，覃塘镇67252人，东龙镇48400人，三里镇42084人，黄练镇34647人，石卡镇63059人，五里镇31762人，奇石乡25003人，中里乡62485人，根竹乡24862人，武乐乡27511人，山北乡30163人，古樟乡43246人，振南乡16493人，蒙公乡29510人，大岭乡23358人。
2001年2月28日，广西壮族自治区政府（桂政函[2001]26号）同意将港北区贵城镇的木松岭居委会、南江、三平、山边、大郑、乌桕、三岸、新陆、新蒙、苏湾、高北、大新、陈村、西村、湴村村委会划归港南区管辖；港南区与港北区以郁江为界。
2003年3月6日，国务院（国函[2003]37号）批准将港北区的覃塘镇、黄练镇、东龙镇、三里镇、五里镇、石卡镇、蒙公乡、山北乡、古樟乡、振南乡、大岭乡划归新设立的覃塘区管辖。调整后，港北区辖4个镇、4个乡：贵城镇、港城镇、大圩镇、庆丰镇、奇石乡、中里乡、根竹乡、武乐乡。
2005年7月19日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]206号）同意撤销港北区贵城镇，改设街道办事处，以原贵城镇的行政区域为该街道办事处的辖区。调整后，全区辖1个街道、3个镇、4个乡：贵城街道、港城镇、大圩镇、庆丰镇、奇石乡、中里乡、根竹乡、武乐乡。区政府驻贵城街道。