秦属南海郡。汉初属南越国地，汉武帝元鼎六年（公元前111年）属苍梧郡猛陵县地。汉永寿三年（157年）境内有人口4.2万人。三国属吴，区域仍属猛陵。晋升平五年（361年）在永平郡安沂县。南朝属永平郡安沂、夫宁、峨安、丰城县。隋废永平郡；开皇十年（590年）置石州，十二年改石州为藤州，因境内盛产白藤得名。大业三年（607年），藤州复改永平郡，属永平、安基、防安、淳人等县，郡治永平县。义宁二年（618年）永平郡属梁。
唐武德四年（621年）改永平郡为藤州，领永平、安基、武林、防建、阳安、普宁、宁人、淳人、猛陵、大宾、戎城等县。五年以宁凤县地置燕州（治所在今平南县），七年改为泰州。七年淳人更名感义，贞观时改名谭津，为藤州治所。贞观元年（627年）属容州总管府，十二年有人口5.5万多人。天宝元年（742年）改名为感义郡。乾元元年（758年）复为福州，辖锋津（原永平县）、感义（原淳人县）、义昌、宁凤县。咸通三年（862年）属岭南西道巨管经略使。五代十国及宋仍为藤州。开宝五年（972年）宁风、感义、义昌三县并入谭津县，属藤州。
元代仍属藤州锋津县。明属梧州府，洪武二年（1369年）九月，并释津县入藤州。十年五月降州为县，始名藤县沿用至今。清藤县属梧州府，清嘉庆十一年（1816年）全县设3厢、10坊6乡、33都（里）、1499村。二十五年有人口18．6万多人。民国年间，藤县先后属材州道、郁江道、苍梧道、苍梧民团区、梧州行政监督区、梧州行政督答区。16年（1927年）有32506户，25．63万人。比同治三年（1864年）增13万多人。22年，全县由问个区210个地方民团组织并为7个区68个乡2个镇，下辖683个行政村、街。对年撤区并乡，划分为31个乡镇，至解放初期。
解放后，藤县属广西省梧州专区。1949年全县有88709户，38．49万人。1950年2月，全县划分为6个区29个乡、2个镇。1951年2月划分为12个区。1951年5月划糯们归岑溪。同年7月，梧、郁专区合并改名为容县专区。1953年3月，划三堡区归岑溪县，全县设166个乡、3个镇，区为县派出机关，共10个区；乡镇为一级政权组织。1955年5月第一至第十区依次改名为城厢、赤水、浪南、大坡、大黎、象棋、金鸡、天平、渡江、太平区。1958年1月1日撤区并乡，全县划分为44个乡；保留大黎区（辖8个乡）、太平区（辖11个乡）。同年5月撤销区，全县调整为31个乡。
1958年7月，藤县属梧州专区（1971年11月改称梧州地区，1997年4月改属梧州市）；8月撤乡镇，成立12个公社。1959年4月后，分出18个公社，下设生产大队。1960年，全县有104634户，人口423372人。1961年5月，全县划为6个区，区辖42个公社（称中等公社），公社辖684个大队。1962年10月，全县划为14个区、1个镇，区设乡，乡社合一，每乡一社（小公社），共200个小公社。1964年人口普查有人口453995人，人口密度是每平方千米117人。1968年11月改区为公社，乡改称大队。1969年8月，从城关分出白沙，金鸡分出新庆，大黎分出宁康，垠南分出同心，藤城镇改称藤城公社，共19个公社。
198O年8月，太平公社又分出太平镇公社。1982年有125466户，672312人，人口密度每平方千米170人。1984年8月，南安公社分出赤水公社；？月，各公社改称乡、镇；11月，白沙乡改称津北乡。1987年？月，太平乡和太平镇合并称太平镇。1990年有人口772357人，人口密度为每平方千米196人。1997年城关乡改称潭东镇，新庆、同心、津北、东荣乡改称镇。调整后，全县辖15个镇、5个乡：藤城镇、潭东镇、津北镇、南安镇、埌南镇、同心镇、金鸡镇、象棋镇、天平镇、濛江镇、和平镇、太平镇、古龙镇、东荣镇、大黎镇、平福乡、赤水乡、新庆乡、岭景乡、宁康乡。
1999年9月20日，广西壮族自治区政府同意新庆、岭景两乡改为镇建制，两乡改镇后原辖行政区域不变（桂政函[1999]163号）。调整后，全县辖17个镇、3个乡。2000年，藤县总人口916129人。
2000年第五次人口普查，藤县总人口848648人。其中：藤城镇55402人，潭东镇58036人，津北镇20389人，南安镇37073人，琅南镇40241人，同心镇20849人，金鸡镇57670人，新庆镇35223人，象棋镇37132人，岭景镇34353人，天平镇67331人，蒙江镇65998人，和平镇68598人，太平镇85352人，古龙镇37854人，东荣镇32997人，大黎镇37033人，平福乡27442人，宁康乡16836人，赤水乡12839人。
2001年，全县辖藤城、南安、浪南、津北、金鸡、象棋、同心、岭景、新庆、天平、漾江、和平、太平、古龙、东荣、大黎、潭东17个镇，赤水、宁康、平福3个乡；行政村266个，居民委员会13个。
2002年3月18日，广西壮族自治区政府（桂政函[2002]39号）同意将南安镇与赤水乡合并设立塘步镇，原南安镇、赤水乡所辖的行政区域全部归塘步镇管辖，塘步镇政府驻原南安镇政府驻地塘步街（4月实施）。至此，全县辖17个镇，2个乡：藤城镇、潭东镇、津北镇、塘步镇、琅南镇、同心镇、金鸡镇、新庆镇、象棋镇、岭景镇、天平镇、蒙江镇、和平镇、太平镇、古龙镇、东荣镇、大黎镇、平福乡、宁康乡。年末全县总户数229326户，总人口927847人。
2005年6月13日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]166号）同意调整藤县部分乡镇行政区划：撤销藤城镇、潭东镇、津北镇，设立藤州镇，以原藤城镇、潭东镇、津北镇的辖区为藤州镇的行政区域，藤州镇政府驻原津北镇白沙村；撤销宁康乡，整建制并入大黎镇，大黎镇政府驻地不变。调整后，全县辖15个镇、1个乡：藤州镇、塘步镇、琅南镇、同心镇、金鸡镇、新庆镇、象棋镇、岭景镇、天平镇、蒙江镇、和平镇、太平镇、古龙镇、东荣镇、大黎镇、平福乡。县政府驻藤州镇。