宋崇宁四年于融水县三口寨置怀远军，后改为平州置怀远县。后几经兴废，自明洪武十三年（1380年）十一月二十六日复怀远县。民国三年（1914年）易名为三江县。1949年11月18日解放，12月18日成立县人民政府。1952年12月3日成立三江侗族自治区（县级），1955年9月改为三江侗族自治县。
1996年，三江侗族自治县面积2441平方千米，人口32.5万人。辖3个镇、13个乡（其中3个民族乡）：古宜镇、丹洲镇、斗江镇、林溪乡、周坪乡、高基瑶族乡、和平乡、老堡乡、程村乡、梅林乡、富禄苗族乡、洋溪乡、良口乡、同乐苗族乡、独峒乡、八江乡。县政府驻古宜镇。
2000年第五次人口普查，三江侗族自治县总人口304149人，其中：古宜镇21565人，丹洲镇15764人，斗江镇18890人，周坪乡19066人，程村乡7096人，和平乡6738人，老堡乡15243人，高基瑶族乡6727人，良口乡24008人，洋溪乡15932人，富禄苗族乡21475人，梅林乡9820人，八江乡27640人，林溪乡22019人，独峒乡36986人，同乐苗族乡35180人。
2002年9月29日，国务院批准（国函[2002]88号）：原柳州地区的鹿寨县、融安县、融水苗族自治县、三江侗族自治县划归柳州市管辖。
？年，全县总面积2454平方千米，总人口33.62万人，其中侗族人口占54.8％。辖3个镇、13个乡（其中3个民族乡）。
2005年6月13日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]165号）同意撤销周平乡，整建制并入古宜镇，古宜镇政府驻地不变。调整后，全县辖3个镇、12个乡（其中3个民族乡）：古宜镇、斗江镇、丹洲镇、独峒乡、八江乡、林溪乡、同乐苗族乡、梅林乡、富禄苗族乡、洋溪乡、良口乡、老堡乡、高基瑶族乡、和平乡、程村乡。