江南区古为邕州城郊，解放前为邕宁县管辖的农村，1950年为南宁市第二区。1953年春南宁市将郊区的三个区并为第一区时，其大部分划入新的第三区（即后来的兴宁区）。1955年归邕江上段、邕江下段两个街道办事处管辖。1957年合并为水上办事处。
1958年在水上办事处的基础上，成立南宁市上游公社，1959年改称水上公社。1968年成立水上公社革委会，1971年5月改为江南街道公社革委会。1979年3月改江南区（城区建制），1980年5月召开江南区第一届人民代表大会，产生江南区人民政府。
1996年，江南区位于南宁市区南部，面积24平方千米，人口约12万人。辖2街道：福建园街道、江南街道。区政府驻福建路16号。2000年第五次人口普查，江南区总人口192545人，其中：福建园街道84339人、江南街道108206人。2001年，江南区面积30.15平方千米，人口13.61万人，辖2个街道，13个居委会。
2001年12月5日，南宁市行政区划调整，撤销郊区，将原郊区那洪镇、沙井镇、亭子乡划归江南区管辖，并同时撤销亭子乡。调整后，江南区管辖2个镇、2个街道，20个社区、28个行政村，辖区面积195平方千米，人口19.12万人，其中非农业人口14.06万人。
2002年末，江南区面积195平方千米。总人口24万，其中非农业人口13.6万，农业人口10.4万。辖2个镇、2个街道，20个社区、28个行政村。
2003年末，江南区面积195平方千米。总人口24.4万人，其中，非农业人口13.8万人，农业人口10.6万人。辖2个街道、2个镇（那洪镇委托南宁经济技术开发区管理），共20个社区、28个行政村。
2004年，江南区位于南宁市邕江南岸，面积195平方千米。辖2个街道办事处、2个镇（那洪镇委托南宁经济技术开发区管理）共24个社区、23个行政村。年末总人口209040人（农业人口54158人、非农业人口154882人）。
2004年9月15日，国务院批准（国函[2004]79号）调整南宁市部分行政区划：将原邕宁县的吴圩、苏圩、延安3个镇和原永新区江西镇的同新、同华、锦江、安平、同良、同宁、同江、那廊、智信、扬美10个村划归江南区管辖，江南区人民政府驻壮锦大道。区划调整后，江南区辖：江南街道、福建园街道、那洪镇、沙井镇、江西镇、吴圩镇、苏圩镇、延安镇。
2005年6月25日，《南宁市人民政府关于调整部分乡镇行政区划的通知》（南府发[2005]70号），同意撤销那洪镇、沙井镇，设立那洪街道、沙井街道。
2004年7月，江南区人民政府对街道及其社区的区划进行重新调整，调整后各街道及其社区的区划管辖范围基本合适。但是，因街道及其社区的区划管辖范围是以街道道路和辖区单位围墙为界线，而部分单位处于插花地带，为此出现了个别单位及其分机构、庭院的社区管辖范围不明确现象。2005年，为了使社区管辖单位、庭院和居民小区不重不漏，在原来基础上，江南区政府对街道办事处的社区管辖范围作了进一步明确，以下六个社区的管辖范围和办公地点也作了相应调整：（1）明确后金沙湾社区的管辖范围为：亭江路防洪堤以东至白沙村的白沙大道两边、荣和新城辖边及水塘江散居。（2）明确沙井大道中段社区管辖范围为：四桥头至铁二局生活采购站的沙井大道两旁（当地村民除外）。（3）明确后沙井大道南段社区管辖范围为：沙井南站和南站货场至铁二局生活采购站的沙井大道两旁（当地村民除外）。（4）明确后新锦大道社区管辖范围为：友谊路以西，南站路以北，旱塘岭西南，壮锦大道两旁。（5）明确后江南路西社区管辖范围为：江南路以北、西园路以东，北到邕江中线（不包括西园饭店工作区）。（6）明确后淡村路西社区（包括送变电）管辖范围为：东起西园路（包括西园饭店）、五一路北二里（包括皮鞋厂宿舍），南至淡村路、五一东路，西接永和大桥，北到邕江边（不包括淡村和南糖生活区）。有2个社区办公地点有变：二桥南社区办公地点由原来的三元小区内搬到五一中路26号丽江花园内；南糖社区办公地点由原来的南糖淡村路生活区搬到亭洪路46号南糖生活区内。沙井大道南段社区的办公地点确定为南站路28号南宁工务段沙井领工区内。
2009年末，江南区总面积1154平方千米。总人口44.07万人，其中农业人口24.19万人；壮族人口21.83万人。辖4个街道、4个镇，28个社区、68个行政村，780个自然村（屯）。
全区现辖5个街道、4个镇：福建园街道、江南街道、沙井街道、那洪街道、金凯街道、吴圩镇、苏圩镇、延安镇、江西镇。其中，那洪街道、金凯街道、吴圩镇由南宁经济技术开发区托（代）管。