境内有白龙江，藏语称为舟曲，县因水为名。西汉置羌道。西晋废羌道。明洪武七年（1374）置西固城千户所。1913年改置西固县。1954年改称宕昌县，同年置舟曲行政委员会。1955年末设立舟曲县，1959年置龙叠县，1961年复置舟曲县。
1955年12月26日国务院批复同意撤销甘南藏族自治州原属的舟曲、碌曲、玛曲3个行政委员会的组织，并分别设舟曲县、碌曲县、玛曲县。舟曲县管辖的区域是：原宕昌县（原名西固县）的峰叠区、武坪区、城关区、阳乡，原属岷县的洛大乡、官鹅乡、大河坝乡和原属武都县的坪牙乡等地区，并且把这些地区调整为3个区、25个乡。县人民委员会驻原西固县城。翌年4月9日正式成立。
1962年末，舟曲县辖28个公社：城关公社、坪定公社、江盘公社、井坪公社、峰迭公社、杜峰公社、憨板公社、大川公社、南岭公社、坪里公社、石门坪公社、中牌公社、八楞公社、三角坪公社、池干公社、斜坡公社、坪牙公社、铁坝公社、大年公社、拱坝公社、博峪公社、武坪公社、插岗公社、坝子公社、巴藏公社、除瓦公社、立节公社、大峪公社。
1963年3月17日，舟曲县坪牙公社旧墩大队与武都县角弓公社陈家大队发生荒地开耕纠纷，于6月14日将坪牙公社析出舟曲县划归武都县。又将博峪公社划归文县管辖。
1965年7月7日，撤销8个公社，增设1个公社：撤销杜坝、江盘公社建制，并入城关公社；撤销石门坪公社建制，并入大川公社；撤销池干公社建制，并入三角坪公社；撤销斜坡公社建制，并入八楞公社；撤销坝子公社建制，并入武坪公社；撤销井坪、坪里公社建制，并入新设立的弓子石公社。全县辖19个公社。
1979年11月，城关公社析设江盘公社；三角坪公社析设池干公社。1983年下半年，改公社为乡，生产大队改村委会，生产队改村民小组。1984年4月15日，原舟曲县析归文县的博峪乡复归舟曲县管辖。县辖乡镇增设22个。1985年1月，除瓦乡更名为曲瓦乡。
1996年，舟曲县面积2983.7平方千米，人口约12.5万人，其中藏族占29%。辖22个乡：城关乡、大川乡、三角坪乡、池干乡、八楞乡、武坪乡、憨班乡、峰迭乡、坪定乡、江盘乡、弓子石乡、中牌乡、南峪乡、插岗乡、拱坝乡、大年乡、铁坝乡、博峪乡、曲瓦乡、巴藏乡、立节乡、大峪乡。县政府驻城关乡。
2000年第五次人口普查，舟曲县常住总人口127889人，其中，曲瓦乡4658人，巴藏乡4820人，大峪乡5506人，立节乡5159人，憨班乡4889人，峰迭乡10869人，坪定乡4838人，城关乡18570人，江盘乡4772人，弓子石乡7838人，中牌乡2637人，南峪乡4040人，大川乡5863人，三角坪乡5514人，池干乡4083人，八楞乡4419人，武坪乡6402人，插岗乡3256人，拱坝乡5140人，铁坝乡7053人，大年乡3683人，博峪乡3880人。
2002年6月25日，甘肃省民政厅甘民区复字[2002]21号批复：撤销城关乡、大川乡，设立城关镇、大川镇。调整后，舟曲县辖2个镇、20个乡：城关镇、大川镇、曲瓦乡、巴藏乡、大峪乡、立节乡、憨班乡、峰迭乡、坪定乡、江盘乡、弓子石乡、中牌乡、南峪乡、三角坪乡、池干乡、八楞乡、武坪乡、插岗乡、拱坝乡、铁坝乡、大年乡、博峪乡。
2005年12月13日，甘肃省民政厅甘民区复[2005]59号批复：撤销弓子石乡、中牌乡，合并设立东山乡，乡政府驻地设在鲁家村；撤销其三角坪乡、池干乡，合并设立果耶乡；撤销其大年乡、铁坝乡，合并设立曲告纳乡，乡政府驻地设在拱坝河与铁坝河汇合处。
2005年末，舟曲县辖2个镇、17个乡：城关镇、大川镇、巴藏乡、曲瓦乡、立节乡、大峪乡、憨板乡、峰迭乡、坪定乡、江盘乡、东山乡、南峪乡、果耶乡、八楞乡、曲告纳乡、拱坝乡、搏峪乡、插岗乡、武坪乡。共有3 个居委会、210个村委会、528个村民小组，32687户134188人，3010平方千米。
2008年末，全县面积3010平方千米，农业人口2.76万户12.28万人。辖2个镇、17个乡：城关镇、大川镇、曲瓦乡、巴藏乡、大峪乡、立节乡、憨班乡、峰迭乡、坪定乡、江盘乡、东山乡、南峪乡、果耶乡、八楞乡、武坪乡、插岗乡、拱坝乡、曲告纳乡、博峪乡，210个行政村，531个村民小组。
2010年第六次人口普查，舟曲县常住总人口132108人，其中，城关镇21967人，大川镇5723人，曲瓦乡4370人，巴藏乡5040人，大峪乡5114人，立节乡5282人，憨班乡4907人，峰迭乡10945人，坪定乡5091人，江盘乡5149人，东山乡10639人，南峪乡4092人，果耶乡9063人，八楞乡4141人，武坪乡5656人，插岗乡3162人，拱坝乡5563人，曲告纳乡11581人，博峪乡4623人。
2013?年，撤销峰迭乡，设立峰迭镇。2015年，省民政厅（甘民复〔2015〕154号）批复同意撤销立节乡，设立立节镇。