据《甘肃新通志》，北周置会州，因北周太祖曾于此地胜利会师而得名。西汉置祖厉县，属安定郡。西晋县废。唐为会州地。元至正十二年（1352年）改会州为会宁州。明洪武初降会宁州为会宁县。
1996年，会宁县面积6439平方千米，人口54.5万人。辖1个镇、32个乡：会师镇、丁家沟乡、中川乡、新添堡回族乡、侯家川乡、党家岘乡、杨崖集乡、青江驿乡、老君坡乡、太平店乡、翟家所乡、桃花山乡、柴家门乡、王家庙乡、八里湾乡、平头川乡、韩家集乡、掌里乡、大沟乡、四房吴乡、甘沟驿乡、汉家岔乡、土门岘乡、新塬乡、刘家寨子乡、草滩乡、土高山乡、白草塬乡、河畔乡、郭城驿乡、头寨子乡、新庄乡、塬边乡。县政府驻会师镇。
2000年第五次人口普查，全县常住总人口568634人，其中（2个镇、31个乡）：会师镇20210人，郭城驿镇32286人，丁家沟乡21524人，中川乡16527人，新添堡回族乡13642人，侯家川乡13759人，党家岘乡19617人，杨崖集乡22721人，青江驿乡9358人，老君坡乡21917人，太平店乡12708人，翟家所乡21296人，桃花山乡16672人，柴家门乡15378人，王家庙乡9237人，八里湾乡19755人，平头川乡14335人，韩家集乡18025人，掌里乡10398人，大沟乡14272人，四房吴乡19777人，甘沟驿乡23507人，汉家岔乡23178人，土门岘乡10985人，新塬乡11495人，刘家寨子乡20099人，草滩乡13346人，土高山乡9910人，白草塬乡23399人，河畔乡23039人，头寨子乡23162人，新庄乡13964人，塬边乡9136人。
2002年，全县辖4个镇、29个乡，357个行政村，2642个村民小组，有汉、回、蒙、藏、东乡6个民族，总人口58.46万人，其中农业人口55.88万人，总户数12.35万户，其中农业户11.46万户。
2005年，撤销桃花山乡并入会师镇，撤销青江驿乡并入太平店乡，撤销掌里乡并入大沟乡；撤销王家庙乡，分别并入会师镇、柴家门乡；撤销塬边乡，分别并入头寨子镇、新庄乡（本站整理，未全部证实）。区划调整后，全县辖4个镇、24个乡（其中1个民族乡）：会师镇、郭城驿镇、河畔镇、头寨子镇、丁家沟乡、中川乡、新添堡回族乡、侯家川乡、党家岘乡、杨崖集乡、老君坡乡、太平店乡、翟家所乡、柴家门乡、八里湾乡、平头川乡、韩家集乡、大沟乡、四房吴乡、甘沟驿乡、汉家岔乡、土门岘乡、新塬乡、刘家寨子乡、草滩乡、土高山乡、白草塬乡、新庄乡。共有290个行政村，2066个村民小组。
2006年11月3日，太平店乡正式撤乡设镇。调整后，会宁县辖5个镇、23个乡（其中1个民族乡）：会师镇、郭城驿镇、河畔镇、头寨子镇、太平店镇、丁家沟乡、中川乡、新添堡回族乡、侯家川乡、党家岘乡、杨崖集乡、老君坡乡、翟家所乡、柴家门乡、八里湾乡、平头川乡、韩家集乡、大沟乡、四房吴乡、甘沟驿乡、汉家岔乡、土门岘乡、新塬乡、刘家寨子乡、草滩乡、土高山乡、白草塬乡、新庄乡。
2008年末，全县辖28个乡镇，284个行政村，2040个村民小组，农村人口11.50万户55.27万人。
2009年，撤销甘沟驿乡设立甘沟驿镇。调整后，会宁县辖6个镇、22个乡（其中1个民族乡）：会师镇、郭城驿镇、河畔镇、头寨子镇、太平店镇、甘沟驿镇、丁家沟乡、中川乡、新添堡回族乡、侯家川乡、党家岘乡、杨崖集乡、老君坡乡、翟家所乡、柴家门乡、八里湾乡、平头川乡、韩家集乡、大沟乡、四房吴乡、汉家岔乡、土门岘乡、新塬乡、刘家寨子乡、草滩乡、土高山乡、白草塬乡、新庄乡。
2010年第六次人口普查，会宁县常住总人口541273人，其中，会师镇68958人，郭城镇34076人，河畔镇25403人，头寨子镇26994人，太平店镇18297人，甘沟驿镇20906人，丁家沟乡17639人，中川乡14729人，新添堡回族乡13055人，侯家川乡11485人，党家岘乡17866人，杨崖集乡19980人，老君坡乡21097人，翟家所乡17320人，柴家门乡19340人，八里湾乡16049人，平头川乡10978人，韩家集乡13989人，大沟乡18391人，四房吴乡19911人，汉家岔乡19394人，土门岘乡9105人，新塬乡13840人，刘家寨子乡16706人，草滩乡11294人，土高山乡10028人，白草塬乡21643人，新庄乡12800人。
2014年，省民政厅（甘民复〔2014〕154号）批复同意：撤销柴家门乡、侯家川乡，设立柴家门镇、侯家川镇。2015年，省民政厅（甘民复〔2015〕2号）批复同意：撤销中川乡、汉家岔乡、刘家寨子乡、白草塬乡、大沟乡、四房吴乡、老君坡乡、平头川乡，设立中川镇、汉家岔镇、刘家寨子镇、白草塬镇、大沟镇、四房吴镇、老君坡镇、平头川镇。调整后，全县辖16个镇、12个乡（其中1个民族乡）。